생명과학: Cygwin_패키지설치
윈도우 환경에서 Cygwin을 설치하기 위해 다음과 같이 실행했다.
Cygwin 웹사이트 (http://www.cygwin.com)에 가서 설치용 실행 file (setup-x86.exe (32-bit용)
생물정보학과 관련된 패키지 설치는 다음을 참고하면 된다.
http://bioprofiler.tistory.com/4
※ Cygwin설치는 다음 블로그를 참고합니다.
http://webnautes.tistory.com/778
bash터미널 창에서 apt-get을 사용하여 패키지를 설치하기 위해서는 다음 과정이 필요합니다. (http://stackoverflow.com/a/16869816 )
추가패키지를 설치하기 위해서는 다음처럼 해야합니다. 로컬디렉토리로 하면 에러를 뿜어냅니다.
제 경우 apt-cyg패키지를 설치하기 위한 wget이 설치되어 있지 않기에 다음처럼 시행했습니다.
wget를 서치창에서 입력한후 에터키를 누르면 다음과 같은 화면이 나옵니다.
Web부분을 클릭하면 skip으로 되어 있습니다. 이것을 클릭하여 install로 바꾼후 다음을 누르면 됩니다. 사진은 이미 설치했기에 keep으로 표시 되어 있습니다.
배시터미널에서 다음처럼 입력하면 apt-cyg패키지가 설치됩니다.
wget raw.github.com/transcode-open/apt-cyg/master/apt-cyg
chmod +x apt-cyg (+x는 실행권한을 부여한것입니다.)
mv apt-cyg /usr/local/bin
※유닉스 파일권한설정중 chmod에 관한 내용은 다음을 참고
http://javafrost.tistory.com/m/770?category=641836
다음 명령처럼 apt-cyg install 뒤에 원하는 패키지명들을 적어주면 됩니다.
apt-cyg install vim bash binutils bzip2 cygwin gcc-core gcc-g++ gzip m4 make unzip zip
원하는 패키지를 찾아볼때에는 다음 명령을 사용하시면 됩니다 …
apt-cyg searchall nano | grep nano
추가로 apt-cyg를 사용하여 R 과 nono를 설치했습니다. 시그윈실행파일을 사용하여 서치창에서 설치하는 것이 번거롭기에 직접설치 해 봤습니다.
test2라는 이름의 디렉터리를 만들고, 그 안에 아래의 내용을 hello_sh라는 이름의 텍스트 파일로 저장한다.
1) mkdir test2
2) touch hello_sh
3) vi hello_sh로 들어가서 위 내용을 입력한다. 입력을 원할때는 알파벳 i 자판을 눌러주면 되며 빠져나가고 싶을때는 esc키를 누른후 :wq를 입력한다.
<참고>
시그윈설치_설정바꾸기
http://restever.tistory.com/3
시그윈 추가패키지
