공통매입세액 안분 실질 기준으로 승소한 사례
안녕하세요. 법무법인 리브로의 김미래 변호사/공인회계사입니다.
기업이 글로벌 시장으로 진출하거나 해외 자회사와의 거래 구조를 변경할 때, 예상치 못한 세무 이슈에 부딪히는 경우가 많습니다. 특히 서류상으로만 매출 구조를 바꾸었을 뿐인데, 갑자기 부가가치세 '매입세액 불공제' 대상이 되어 수억 원의 세금 폭탄을 맞는 사례가 발생하곤 합니다. 오늘은 이처럼 억울하게 공통매입세액 안분 대상이 된 기업이 조세심판원을 통해 세금을 크게 줄인 최신 결정례를 변호사의 시각에서 논리적으로 분석해 드립니다.
반도체 후공정 업체를 운영하는 청구법인은 필리핀에 자회사를 두고 완제품을 제조하여 해외 고객사에게 직접 납품하는 방식을 취하고 있었습니다. 그러던 중 2019년 7월부터 계약을 변경하여, 청구법인이 필리핀 자회사로부터 완제품을 장부상 매입한 뒤 아무런 추가 가공 없이 해외 고객사에게 동일한 가격으로 재판매하는 이른바 '국외거래' 구조를 도입했습니다.
청구법인은 이 국외거래를 부가가치세 과세 대상이 아니라고 보아 면세 매출로 취급하여 계산서를 발급해 왔습니다.
그러나 세무조사에 나선 과세관청은 청구법인에 면세(비과세) 매출이 대거 발생하여 과세사업과 면세사업을 겸영하게 되었다고 판단했습니다. 이에 따라 인사팀, 재무팀 등 전사 지원조직에서 발생한 공통비용의 매입세액을 총매출액 대비 면세매출액 비율로 안분하여 매입세액의 상당 부분을 불공제하는 처분을 내렸고, 청구법인은 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하게 되었습니다.
과세관청은 거래 구조 변경에 따라 청구법인이 해외 고객사와 직접 계약을 체결하고 대금을 수취하는 등 부가가치세법상 실질적인 면세 거래가 새롭게 발생했다고 주장했습니다. 기존에는 없었던 면세 매출이 전체 회사 공급가액의 절반 가까이 차지하게 되었으므로, 회사 전체를 유지하고 관리하는 공통 지원조직에서 발생한 매입세액 역시 과세사업과 면세사업 양쪽에 공통으로 기여한 것으로 보아야 한다는 것입니다.
따라서 부가가치세법 시행령 제81조에 따라 실지귀속이 불분명한 공통매입세액 전체를 법정 안분 기준인 '공급가액 비율'에 따라 나누어 불공제 세액을 산정 및 부과한 과세 처분은 적법하고 정당하다고 맞섰습니다.
청구법인은 새롭게 추가된 국외거래가 사실상 대금 결제만 거치는 서류상 도관 역할에 불과하다고 억울함을 호소했습니다. 거래 구조 변경 전후로 국내 공장의 지원 부서 인원이나 물적 설비에 아무런 변화가 없었으며, 단지 서류상 전표 입력과 계산서 발행이라는 극히 단순한 업무만 추가되었을 뿐이라는 것입니다. 특히 과세관청이 면세사업과 관련된 공통비용으로 보아 불공제한 항목들에는 공장관리비, 출퇴근 버스 운영비, 기숙사 관리비, 직원 식대 등이 포함되어 있었는데, 이는 오로지 국내 과세사업(제조업) 공장을 돌리기 위해 필수적으로 수반되는 비용이므로 서류상 국외거래와는 아무런 연관이 없다고 반박했습니다.
따라서 이 비용들은 면세 사업과 무관하게 100% 과세사업에만 귀속되는 매입세액이므로 부가가치세 매출세액에서 전액 공제되어야 한다고 강력히 주장했습니다.
조세심판원은 청구법인의 주장을 상당 부분 받아들여 과도하게 부과된 세금을 취소(경정)하라고 합리적인 결정을 내렸습니다. 심판원은 우선 청구법인의 거래 구조가 변경되어 총 공급가액 중 면세 매출의 비율이 0%에서 44~51% 수준으로 크게 증가한 것은 사실이므로, 매입세액을 안분 계산하여야 하는 상황 자체가 발생했다는 과세관청의 전제는 맞다고 보았습니다.
하지만 과세관청이 안분 대상으로 삼은 '공통매입세액'의 범위를 실질적인 업무 연관성을 무시한 채 너무 넓게 잡은 것이 문제라고 지적했습니다.
구체적으로 살펴보면, 서류상 매출 통로가 변경되어 추가된 업무는 단순한 전표 처리 등에 불과한데, 이를 이유로 공장관리비, 출퇴근 버스 운영비, 기숙사 관리비, 공장 식대 등 명백히 현장 제조(과세사업)와 짙게 연관된 유지 비용까지 면세 사업에 쓰인 공통비용으로 묶어버리는 것은 부당하다는 것입니다.
심판원은 이러한 공장 인프라 관련 비용들은 새로운 서류상 국외거래 구조와는 무관하다고 보아 100% 매입세액 공제를 허용하였습니다. 결론적으로 전산 관리비, 소모품비, 회의비 등 극히 일부의 일반 행정 비용만을 진짜 공통매입세액으로 인정하여, 이를 기준으로 불공제 세액을 대폭 축소하여 다시 계산하라는 판결을 내렸습니다.
해외 자회사와의 거래를 직접 매출로 잡는 형식적 구조 변경 시, 장부상 비과세 매출이 폭증해 부가가치세 공통매입세액 안분(불공제) 리스크가 크게 발생할 수 있습니다.
과세관청은 지원부서의 모든 비용을 공통 비용으로 보아 세금을 부과했지만, 실질과세 원칙상 국내 공장 운영과 직결된 인프라 비용은 안분 대상이 아닙니다.
새로운 거래가 단순 서류 작업 증가에 불과함을 논리적으로 소명하여, 출퇴근 버스비나 식대 등 현장 관련 부가세를 전액 공제받고 억대 세금을 방어한 성공적인 사례입니다.
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작성: 김미래 변호사 / 법무법인 리브로
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