초딩, 결핵 과학연구에 참여하다(5)

일반인이 시민과학자로 참여하는의약개발 시스템 - EteRNA 체험기

이 미션에서는 블로킹(Blocking)이라고 부르는 스킬이 있는데, 이는 부푼 염기쌍에 많이 쓴다. 만약 부푼 염기쌍에 연결된 염기쌍 줄의 끝이 AU이고, 나머지 부분들이 모두 A라면, 그 U가 자신과 옆에 연결된 A 이외의 A와 반응을 하고 싶어 진다. 그 현상을 막기 위해 U아래의 A를 U로 바꾸어서 반응을 막는 것이다.

미션을 수행하면서 RNA들의 규칙은 계속 늘어났다. 멀티고리에 연결된 염기쌍 줄의 끝부분(즉, 둘이 이어지는 부분)들의 순서가 시계방향이나 반시계 방향으로 돌아가야 하는 규칙이 있다. 만약 GC로 시작이 되었을 때, 시계방향이라면 다음 염기쌍 줄에서 나타나는 염기쌍은 G가 되고, 반시계 방향으로 보면 다음 염기쌍 줄에서 나타나는 염기쌍은 C가 되어야 한다는 뜻이다. 부푼 염기쌍에 붙은 염기쌍 줄의 끝부분들은 어떻게 배치를 하느냐에 따라 흡수하는 에너지의 양이 달라진다. 같은 GC라고 해도 배치 순서에 따라 에너지가 달라진다. 결합들의 힘은 GC 결합이 가장 세고 그 뒤가 AU, UG 결합 순이다. 여기서 무언가가 좀 어색했다. A는 T(DNA)나 U(RNA)와 결합하고 C는 G와 결합을 하는 것으로 알고 있었는데, UG결합이라니! 새롭게 안 사실은  U와 G도 서로 결합을 할 수가 있다는 것이었다. 

AU 결합은 순서를 바꾸면 방출하는 에너지의 양이 더 많았고,

UG 결합은 순서를 바꾸지 않은 상태가 방출하는 에너지가 더 높았다. 이러한 현상은 "줄" 형식으로 되어있는 염기쌍만을 포함한다. 이점을 참고하면서 문제를 풀어보니, 풀기가 더욱더 수월해졌다. 그러한 작은 차이가 에너지의 양을 좌우한다니, 미시의 세계는 참 까다로운 세계이었다는 생각이 들었다.