불기소 결정을 했다는 통지서를 우편으로 받거나 불기소 결정을 알게 된 날로부터 30일 이내에 “이러이러한 부분에 대한 조사나 법리 검토가 충분히 이루어지지 않았다”는 취지로 그 결정을 다시 판단해 달라고 요청할 수 있는 '검찰 항고'라는 제도가 있다. 이 제도는 해당 처분에 대해 다시 한번 판단할 수 있는 기회를 주기 위해 불기소 결정을 내린 검사에게 항고장을 제출하도록 하고 있다. 담당 검사가 원래의 결정을 바꾸어 기소를 할 수도 있지만, 기존의 결정이 옳다고 판단되면 20일 이내에 기록과 함께 항고장을 고등검찰청으로 보내게 된다.
그리고 고등검찰청에서 항고의 내용 중 일부라도 타당하다고 판단하면 불기소 결정을 한 검사에게 “이러이러한 부분에 대해 추가로 조사해 보라”라고 지시하는 '재기 수사' 명령을 내리게 된다.
이렇게 보완된 수사 내용을 다시 올리면 고등검찰청에서는 이를 토대로 '기소'를 하거나(인용 결정), 기소를 하지 않는 '기각 결정'을 하게 된다. 예를 들어, “항고 담당 검사가 새로이 기록을 살펴보아도 원 불기소 처분이 부당하다고 인정할 자료를 발견할 수 없으므로 항고를 기각한다”는 내용으로 기각될 수 있다.
하지만 고등검찰청에서 '기각 결정'을 내렸을 때도, 원래의 불기소 처분이 적절했는지를 판단해 달라는 '재정신청'을 관할 고등법원에 신청할 수 있다.
이마저도 기각되었을 경우 대법원에 '즉시항고'를 하여 다시금 그 처분이 적절했는지 여부를 판단해 달라고 할 수 있다.
사안에 따라서는 '헌법소원'도 제기할 수 있다. 이는 국가가 공권력을 행사하거나 행사하지 않아 기본권이 침해되었을 때 변호인을 대리인으로 해서 헌법재판소에 이를 바로잡아 달라고 신청하는 제도이다.
그러나 '재정신청'의 경우, 절차가 예전보다 간소화되었지만 법률 적용이 잘못되었거나 하는 요건이 맞지 않으면 받아들여지지 않는다. 실제로 인정되는 비율이 1%도 되지 않는 것이 현실이다.
이처럼 이의 신청을 한다는 것은 이전 결정을 뒤집을 만한 새로운 사유(목격자가 나타났다든가)나 사정 변경(합의 여부 등)이 있어야 의미가 있다. 단순히 변호인의 요청에 의해 “이 부분에 대해 참고인 00을 추가로 조사해 보라든가, 00의 진술을 보다 명확히 한 다음에 다시 판단해 보자”는 식의 재기수사명령이 내려지면, 전체적인 사건의 흐름이 바뀌는 것은 아니고, 나름 최선을 다해 조사하고 감정까지 해봤기 때문에 할 것은 다 해봤다는 결론만 분명해질 뿐이다.
“약촌 오거리 살인 사건”과 같이 진범이 스스로 경찰서에 찾아와 자신이 범행을 저질렀다고 자백하지 않는 한, 또는 새로운 결정적인 증거를 발견하여 당시 수사나 재판이 잘못되었음을 입증하지 않는 한,
‘원심의 판단에 논리와 경험의 법칙을 위반하여 자유심증주의의 한계를 벗어나거나, 법리 오해 등의 잘못이 없다’는 한 줄 문구와 함께 이미 확정된 결정을 뒤집기는 거의 불가능하다.
다시 말해, 진범이 직접 나타나 자백하지 않는 한 새로운 명백한 증거를 찾기란 매우 어렵다(재심에서 무죄를 선고받는 비율은 약 10%에 불과하다).
과거 고기잡이배가 실수로 북으로 넘어갔다가 돌아온 경우나 독재 권력에 맞서 싸우다 반공법 위반으로 처벌받은 사람이 시대가 바뀌면서 “이번 결정으로 피고인의 명예가 회복되길 바란다”는 짧은 사과 성명과 함께 가끔 재심을 통해 무죄 판결을 받는 경우도 있다.
하지만 대부분의 경우는 이미 지나간 일이라며 주위 사람들도 사실을 말해주지 않기 때문에, 기존 결정을 뒤집을 만한 증거를 찾기 어렵고, 수사나 재판이 잘못되었다는 것을 밝히기 위해 관공서도 적극적으로 나서지 않는다.
게다가 새로운 무죄 증거가 나와 잘못된 판결을 바로잡아달라는 재심 사건도 처음에는 TV에서 떠들썩하지만, 재심 개시 여부를 판단하는 데만 1년 정도가 걸리며, 그마저도 3건 중 2건은 기각된다. 그리고 이를 전문적으로 다루는 법조인조차 대한민국에서는 손에 꼽을 정도로 적다.