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by CREATIVE PARTNERS Nov 17. 2023

자회사와의 거래에서 발생할 수 있는 세무이슈

1️⃣ 계열사 간 내부거래는 어떤 리스크가 있을까?

법인의 사업이 점차 성장함에 따라 하나의 법인으로 지점을 설립하여 사업을 확장할 수 있지만 이와 다르게 자회사를 설립하여 사업을 확장하는 방법도 존재한다. 지점은 본점과 하나의 회사에 속하는 것으로 본점과 동일한 사업 운영을 수행하는 별도의 사업장을 운영하는 것이고 자회사는 어느 한 법인이 다른 법인의 주식을 50% 이상 소유하여 단독적인 경영의사결정권을 행사할 수 있는 회사를 말한다. 이와 같이 자회사는 주식으로 지배할 뿐 엄연히 다른 법인에 해당하기에 자회사와 거래를 할 경우 세무적으로 주의해야할 부분이 존재한다.


https://www.thepublic.kr/news/articleView.html?idxno=104778

<대기업이 계열사와 내부거래를 많이 하는데, 이러한 거래는 세무 리스크가 일반적으로 매우 크다.>


2️⃣ 계열사 간 내부거래 시 “가격”은 어떻게 해야할까?

세법에는 “특수관계인”이라는 표현이 있다. 

어느 법인의 대주주와 친인척, 기업의 임원, 출자관계에 있는 법인이나 개인 등을 지징하는 넓은 범위의 용어이다. 자회사와 그 자회사의 주식을 지배하고 있는 법인(이하 모회사)은 출자관계에 있기 때문에 특수관계인에 해당한다. 특수관계인과 거래를 하는 경우 그 거래가액은 시가로 해야한다. 시가란, 당해 거래와 유사한 상황에서 법인이 특수관계인 외의 불특정 다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 비특수관계의 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격을 말한다.

만일 특수관계인과 시가가 아닌 저가로 양도하거나 고가로 매입하는 거래를 통해 조세를 부당하게 감소시키는 경우 이러한 특수관계인과의 거래를 부인하고 시가를 기준으로 해당 거래를 통한 소득금액을 다시 계산하게 된다. 이를 세법에서는 “부당행위계산부인”이라고 말한다. 저가로 양도하는 경우 그 양도금액을 시가로 할 경우를 가정하여 그 차액만큼을 법인의 이익에 가산하고 고가로 매입하는 경우 그 매입금액을 시가로 할 경우를 가정하여 그 차액만큼을 법인의 비용에서 차감한다. 따라서 차액에 대한 법인세가 추가적으로 발생하게 된다.

참고로 이번 글의 주제가 자회사와의 거래에 대한 부분이기에 부당행위계산부인으로 인해 추가적으로 발생하는 소득세 및 증여세를 서술하지 않지만 만일 거래 상대방이 자회사가 아닌 특수관계에 있는 개인이라면 추가적인 소득세 및 증여세가 발생할 수 있다.


3️⃣ 계열사 간 내부거래 시 세금계산서는 어떻게 발급해야할까?

자회사와 거래를 하는 경우 그 거래대금의 100%를 현금으로 주고받는 경우도 있지만 상당수의 거래가 대금의 일부분을 자회사의 용역으로 제공받고 나머지 차액만을 지급하거나 반대로 대금의 일부분을 모회사가 용역을 제공하고 나머지 차액만을 지급한다. 이렇게 차액(이하 순액)만을 지급하는 과정에서 많은 법인이 세금계산서를 잘못 발급하는 경우가 발생한다.

최근 세무조사를 대행한 법인 A는 제조업을 하는 회사인데 도소매를 전문으로 하는 법인 甲을 설립하면서 법인 A는 모회사, 법인 甲은 자회사가 되었고 둘 사이에 위탁판매계약을 통해 모회사 A의 제품을 자회사 甲이 위탁판매하기로 하면서 자회사 甲이 판매를 위한 제반행위(마케팅, 배송, 반품 등)를 모회사 A에게 제공하였다. 자회사 甲은 이렇게 제품을 판매한 후 판매대금을 모회사 A에게 지급할 때 일반적으로 자신들이 제공한 용역에 대한 수수료를 제외한 차액만을 지급하였다.

모회사 A는 자회사 甲에게 지급받은 순액만큼을 자회사 甲에게 매출세금계산를 발급하였고 자회사 甲은 자신이 판매한 제품가액 총액을 자신의 매출로 인식 후 모회사 A로부터 수취한 매입세금계산서를 비용으로 인식하여 자신이 받은 수수료만큼을 순이익으로 인식하였다.

이 경우 법인세는 매출에서 비용을 차감한 순이익에 대하여 납부하는 세금이기때문에 세금계산서가 순액을 기준으로 발급되었다고 해도 큰 문제가 발생하지 않지만 부가가치세의 경우 얘기가 달라진다. 모회사 A는 원칙적으로 순액이 아닌 자회사 甲이 판매한 제품의 총액을 매출세금계산서로 발급한 후 자회사 甲에게 甲이 제공한 용역의 수수료 금액에 해당하는 매입세금계산서를 수취해 순액만큼 순이익으로 인식되어야 한다. 따라서 자회사 甲의 순이익만큼 매출세금계산서 미발급가산세가 발생하게 되고 반대로 자회사 甲 역시 동일하게 자신의 수수료만큼 매출세금계산서 미발급가산세가 적용된다. 또한 모회사의 경우 자회사 甲에게 수수료만큼 매입세금계산서를 미수취한 것으로 적용되어 부가가치세 과소신고·납부가산세까지 발생하게 된다.

추가로 주의할 점은 어쩌면 당연한 부분이겠지만 가공세금계산서의 발급이다. 법인을 영위하다 보면 실제보다 매출이 더 필요한 경우나 비용이 더 필요한 경우는 매우 자주 발생하게 된다. 이때 지배하고 있는 자회사가 존재할 경우 자칫 모회사와 자회사 간에 적당한 계약서를 작성한 뒤 그 계약서에 맞춰 세금계산서를 주고 받는 경우가 있다. 이는 명백한 가공세금계산서에 해당하며 가공세금계산서 발급이나 거짓작성 등은 3년 이하의 징역과 벌금형이며, 그 금액이 고액일 경우 1년 이하의 유기징역과 수배의 벌금형을 받을 수 있다. 또한 가공세금계산서의 경우 세액추징과는 별개로 그 가공세금계산서의 부가가치세만큼 범칙금이 발생하기에 주의가 필요하다.

가공세금계산서는 그 거래의 실물 등을 조사할 경우 무조건 드러날 수 밖에 없다. 실제 업무를 진행한 것과 동일한 수준의 증빙을 업무를 하지 않고서 만든다는 것이 처음부터 불가능에 가깝다. 지금 당장의 이익을 위해 가공세금계산서를 발급하거나 수취하는 실수는 절대 하지 말아야 한다.


4️⃣ 자회사의 비용을 모회사가 대납하는 경우 발생하는 세무 리스크

기존에 이미 사업을 영위하던 법인을 자회사로 하는 경우에는 잘 발생하지 않지만 사업의 확장 등 특정한 목적을 가지고 새로운 법인을 설립하면서 자회사로 지배하는 경우 자회사의 비용 대납이 자주 발생한다. 모회사가 설립과 동시에 100% 지배하는 자회사는 일반적으로 자본금이 소액일 가능성이 매우 높다. 소액의 자본금만 이용하여 자회사의 사업을 영위하기 어렵기때문에 자회사의 비용을 직접 또는 간접적으로 대납하거나 부담하는 경우가 많다. 예를 들어 현재 임차하여 사용중인 모회사의 사업장 중 일부를 자회사에게 전대하면서 그 임차료를 받지 않는다거나 모회사의 직원이 자회사의 업무까지 수행하는 경우가 자주 발생한다.

이렇게 모회사가 자회사의 비용을 직접 또는 간접적으로 부담하는 경우 그 비용은 업무와 무관한 비용으로 보아 법인세법상 비용으로 인정되지 않는다. 만일 모회사의 직원이 자회사의 업무까지 수행했다면 그 직원의 인건비뿐만 아니라 4대보험료 역시 업무와 무관한 비용에 해당된다. 앞서 언급했던 최근 세무조사를 받은 법인 A는 모회사의 직원이 자회사의 업무를 수행한 부분이 상당하여 복리후생비의 일부까지도 업무무관으로 부인당하였다.

따라서 100% 자회사를 설립할 때 자본금을 너무 소액으로 하기보다는 적정한 사업자금을 자본금으로 설정하는 것이 좋다.


�마치며

자회사와의 거래는 국세청에서 매우 예의주시하는 거래에 해당한다. 본문에 언급한 법인 A 역시 자회사와의 거래가 세무조사 심리분석보고서에 언급되어 세무조사를 받은 사례였다. 이와 같이 자회사와의 모든 거래는 무조건 특수관계인과의 거래에 해당하기에 세법에서 제재의 목적으로 규정한 법령이 상당히 많다. 따라서 자회사를 설립하거나 기존 법인을 자회사로 지배한 후 거래를 할 계획이라면 주변 세무전문가와 충분히 논의를 거친 후 진행하는 것을 추천한다.



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