우리나라의 소득세법은 종합과세, 신고납세제도, 누진과세제도 등 몇 가지 특징을 보이고 있다. 이 중 종합과세란 과세기간 동안 발생한 소득을 그 종류에 관계없이 모두 합산하여 과세하는 방식이다. 이 종합과세제도는 개인의 세금부담능력에 따라 과세할 수 있어 세금 부담에 대한 형평성(equity)을 높일 수 있는 등 장점을 가지고 있다.
하지만 퇴직소득이나 양도소득의 경우 장기간에 걸쳐 발생한 소득이 특정 연도에 한꺼번에 실현되는 특징을 가지고 있기 때문에, 이들 소득까지 모두 합산하여 누진세율로 과세하면 합리적이지 않다. 예를 들어 30년 동안 근무한 근로소득자가 12월 31일에 퇴직을 하면서 받은 퇴직금이 3억이고, 퇴직한 연도의 근로소득이 1억이라 하자. 종합과세 방식에 따르면 두 소득을 합산한 4억에 대해 세금을 부과하여야 한다. 이렇게 할 경우, 두 가지 소득은 대부분 높은 세율이 적용되어 세 부담이 급격히 늘어나게 된다. 뿐만 아니라, 퇴직소득은 근로소득자의 근속기간인 30년 동안 형성된 소득이기 때문에, 이를 퇴직금을 수령한 연도의 소득에 전부 합산시켜 과세하는 것은 논리적으로도 맞지 않다.
이를 반영하여 우리나라의 소득세법에서는 과세대상인 소득을 크게 종합소득, 퇴직소득, 양도소득의 세 가지로 분류한 다음 이들에 대해서는 별도의 과세체계에 따라 세금을 계산·납부하도록 하고 있다. 퇴직소득, 양도소득에 대해서는 장기간에 형성된 소득임을 고려하여 연분연승법, 장기보유특별공제 등의 제도를 두어 특정 연도의 세 부담이 급격히 늘어나는 것을 방지하고 있는 것이다. 연분연승법이란 퇴직소득을 퇴직기간으로 나누어(年分) 1년 치 퇴직소득을 산출한 후, 여기에 세율을 곱하여 산출세액을 산출한 다음, 다시 산출세액에 근속연수를 곱해서(年乘) 퇴직소득세를 산출하는 방식을 말한다. 이와 같이 세 종류의 소득에 대해 각각의 세금계산구조에 따라 세금을 계산하는 것을 분류과세라 한다.
퇴직소득과 양도소득을 제외한 나머지 소득들은 과세기간별로 합산하여 과세하게 되는데 이것이 종합과세이다. 우리나라의 경우 이자소득, 배당소득, 사업소득, 근로소득, 연금소득, 기타소득의 6가지 소득금액은 1년 단위로 합산하여 종합과세하도록 규정하고 있다. 하지만 종합과세 대상인 6가지 소득 전부에 대해 종합과세를 적용하는 것은 아니다. 그 예로 이자소득과 배당소득의 합계액(금융소득)이 2천만 원 이하인 경우에는 종합과세하지 않고 분리과세한다. 또한 일용근로자의 급여는 분리과세 근로소득으로 보아 종합과세하지 않는다.
분리과세란 특정한 소득을 종합소득에 합산하지 않고 분리하여 과세하는 것을 말한다. 분리과세 대상 소득은 종합과세에서 제외되기 때문에 누진세율의 적용을 배제할 수 있어 특별한 경우를 제외하고는(예:비실명 이자·배당소득) 세부담을 줄일 수 있다. 분리과세는 대부분 원천징수의 형태로 행해진다. 원천징수란 소득을 지급하는 자(은행이나 회사, 정부기관 등)가 소득을 지급받는 자의 소득세를 미리(원천적으로) 징수하여 정부에 납부하는 제도이다. 원천징수세액은 대개 총수입금액이나 소득금액에 일정한 세율(통상적인 이자·배당소득의 경우 총수입금액의 14%)을 곱함으로써 간단하게 산출할 수 있다. 분리과세 대상 소득에 대해서는 원천징수만으로 납세의무를 종결시킴으로써 납세의무자의 세 부담을 완화하거나 납세편의를 돕는다. 정부의 입장에서는 분리과세 제도를 시행함으로써 종합과세로 인한 세무행정이나 인력의 낭비를 최소화하고 세금 탈루를 줄일 수 있는 장점이 있다.
분리과세 이자소득으로는 직장공제회 초과반환금, 법원보관금의 이자소득, 비실명 이자소득, 조세특례제한법에 따른 분리과세 이자소득, 개인종합자산관리계좌(ISA) 중 일정 금액 이상의 이자소득 등이 있고, 분리과세 배당소득으로는 비실명 배당소득, 조세특례제한법에 따른 분리과세 배당소득, 개인종합자산관리계좌(ISA) 중 일정 금액 이상의 배당소득 등이 있다. 앞서 언급한 바와 같이 이자·배당소득의 합계액이 2천만 원 미만인 경우의 금융소득도 분리과세대상이다. 사업소득의 경우 분리과세 대상인 것은 없으며, 근로소득의 경우 일용근로자나 일정 요건을 갖춘 외국인 근로자의 근로소득은 분리과세 대상이다. 연금소득의 경우 이연퇴직소득을 연금으로 수령하는 경우와 연 1,200만 원 이하의 사적연금소득으로서 분리과세를 선택한 경우에는 분리과세된다. 기타소득의 경우 연금계좌에서 수령한 금액 중 연금소득 외의 소득, 서화·골동품의 양도로 발생하는 소득, 복권당첨소득, 300만 원 이하 기타소득 중 분리과세를 선택한 경우 등은 분리과세 대상이다.
결국 우리나라의 소득세 제도의 경우, 분류과세나 분리과세 제도로 인하여 완전한 종합과세는 이루어지지 않고 있는 셈이다. 소득세 제도가 불완전한 종합과세 제도라고 해서 무조건 나쁘다는 것은 아니다. 퇴직소득이나 양도소득을 분류과세하는 제도는 이론적으로 타당하다고 생각되며, 분리과세 제도도 비용-효익(cost-benefit)이나 저소득층에 대한 세부담 완화로 인한 형평성 증대 등의 측면에서 볼 때 이 제도에 대한 타당성이 인정된다. 완전한 종합과세를 시행할 경우, 은행 예금에서 발생하는 소액의 이자에 대해서도 전부 종합소득세 신고·납부를 해야 한다. 이에 따라 납세자들의 불편이 커지고, 세무행정에 막대한 인력을 투입해야 하기 때문에 이로 인한 효익보다는 비용이 더 커지는 것이다. 다만 분리과세 대상을 너무 확대하거나 분리과세 세율을 과도하게 내림으로써 종합과세의 취지를 훼손해서는 안 될 것이다.
소득세에 대한 종합과세와 분리과세를 설명함에 있어서 추가적으로 언급해야 할 대상이 비과세 항목들이다. 이들 항목은 소득세 계산구조의 첫 단계인 총수입금액 산정 시 아예 제외시킴으로써 소득세를 과세하지 않는다. 분리과세 항목들도 총수입금액에서 제외되지만, 이들은 소득을 지급할 때 그 금액의 일정 비율을 원천징수당하기 때문에 소득세 부담은 지는 셈이다. 따라서 소득세에 대한 종합과세나 분리과세, 분류과세 등은 소득세가 과세되는 항목들에게만 해당되며, 비과세 항목들에 대해서는 적용될 여지가 없는 것이다.