연구노트 부실작성으로 인한 기업부설연구소 법인세 부과
연구노트 판례 #4
이전 연구노트 판례 게시물 두 번째 판례에서는 ‘‘실패’ 정부과제, 지침대로 작성한 연구노트로 ‘성실수행 인정’을 주제를 다뤄봤습니다.
3#요약: 피고의 재량권 일탈·남용으로 성실하게 쓰여진 연구노트 및 사업계획서가 있음에도 실패, 불성실수행이라는 판단이 내려졌으나, 원고의 적극적인 주장 및 연구노트를 바탕으로 기술개발이 진행된 점, 사업비정산보고서, 사용내역, 사업계획서의 내용이 부합하는 점, 최종보고서에 실험 방법 변경 및 단계별 실험결과 등을 상세히 기술한 점, 연구개발 과정을 거쳐 얻은 결과를 통해 논문 등재 및 기술 특허 출원이 이루어진 점’ 등을 인정받아 기존의 판정을 뒤집었다.
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이번 게시물에서는 ‘기업부설연구소 연구노트 미작성, 법인세 부과처분’에 대하여, 다뤄보도록 하겠습니다.
기업부설연구소를 설립하여 운영하게 되면, 아래와 같은 다양한 혜택을 받을 수 있습니다.
연구 및 인력개발비 세액공제
연구 및 인력개발
기업부설연구소용 부동산 지방세 감면
연구전담요원 연구활동비 소득세 비과세
설비투자 세액공제
전문연구요원제도
하지만 연구소 설립 이후 연구개발 증빙자료(연구개발계획서, 연구노트 등)가 미흡한 경우 현지 실사 등에 따라 모든 혜택이 중단되며 연구소 직권 취소 처분을 받고 있습니다. 2021년 기준 3,602곳이 직권 취소 처분을 받았습니다(매년 평균 약 4천 건).
조세특례제한법 시행령, 시행규칙에 따르면 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제를 받는 기업부설연구소는 연구개발계획서, 연구개발보고서 및 연구노트 등 증거서류를 작성하고, 해당 과세연도의 종료일로부터 5년 동안 보관해야 하며, 국가연구개발사업 연구노트 지침에 따라 2021년부터 국가 R&D를 수행하는 경우에도 연구노트 작성은 의무사항입니다.
연구노트 부실작성으로 인한 기업부설연구소 법인세 부과
청주지방법원 2020구합7158 법인세부과처분 및 소득금액변동통지처분 취소
원고: 주식회사 A
피고: B 기관장
청구 취지: 피고의 귀속 법인세 부과처분 취소
결과: 원고 패
사건정황
원고A는 자동차 부품 및 선박 건설용 잭 볼트, 너트류 등 제조를 목적으로 설립된 회사이며, 원고B는 원고의 대표이사이자 사내이사이다. 원고는 사건과 관련하여 총 5개의 특허권을 취득하였다. 원고는 3번의 특허권을 제외한 나머지 1,2,4,5의 지분을 B에게 50% 이전하였으며 그 후 임주주주총회에서 직무발명보상제도를 도입하였다.
원고는 특허권의 발명사실을 신고하며, 각 감정평가결과에 따라 보상율 80% 적용하여 약 4억 7천만 원의 보상금을 승인하였다. 이에 따라 원고는 직무발명보상금을 B의 가지급금과 상계하기로 의결 후 가지급금상계 특허권의 명목으로 해당 금액 계상 후 감가상각비를 비용으로 회계처리 하였다.
이후 원고는 해당 특허권의 50%를 B로부터 현물출자받기로 하는 내용의 계획을 승인하였다. 이에 중부지방국세청장은 원고에 대한 정기감사를 실시하여 이 사건의 특허권은 당초부터 원고에게 귀속된 것으로 외견상 원고가 이 사건 특허권 중 일부를 B에게 이전한 뒤 다시 권리를 취득하는 거래 형식을 통하여 법인자금을 부당하게 유출한 것이라고 보았다.
피고는 원고에게 감사결과를 통보하여, 구 법인세법 시행령에 따라 각 연도의 법인세과세 예고 통지를 하였다.
원고의 주장
원고는 이 사건의 특허권은 발명자인 B가 원시적으로 취득하였지만 원고가 당시 중소기업으로서 B에게 정당한 보상금을 지급할 여력이 없었고, 회사가치평가 및 금융대출 등에서 유리한 이점을 얻기 위해 이 사건 특허권을 원고 명의로 등록하였을 뿐이며, B는 이 사건 특허권에 대한 원시적인 권리 귀속자로서 이에 대한 정당한 직무발명보상금을 지급받은 것이므로 이 사건의 처분은 위법하다고 주장.
관계법과 판단
특허법 제33조 제1항 본문은 발명은 한 자 또는 그 승계인은 특허법에서 정하는 바에 따라 특허를 받을 수 있는 권리가 있다. 따라서 발명자가 되기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나, 연구자를 일반적으로 관리하였거나, 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 하였거나 또는 자금 및 설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원 위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시/부가/보완한 자, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화한 자, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언 지도를 통하여 발명을 가능하게 한 자 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다.
위 법리에 비추어 앞서 든 증거들을 토대로 이 사건 특허권의 실질적인 귀속권자는 원고라고 봄이 타당하므로 이를 전제로 한 피고의 이 사건 각 처분은 적법하고 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 모두 이유 없다.
요점
원고는 오래전부터 현재까지 자동차 부품의 연구 및 개발을 위하여 기업부설연구소를 설립하여 운영 중이다. 2007년부터 이 사건 특허권이 모두 출원된 2013년까지 기업부설연구소의 연구비로 약 8억 9천여만 원을 지출하였고, 기업부설연구소 설립 후 현재까지 합계 11개의 새로운 특허를 출원 및 등록하였다. 이와 같이 원고는 기업부설연구소를 통하여 앞서 이 사건의 3,4,5 특허권을 포함한 자동차 부품 연구개발을 지속적으로 한 것으로 보인다.
또한 원고의 기업부설연구소가 설립되지 전 출원 및 등록이 이루어진 제 1,2 특허권에 관하여 살펴보더라도 1,2 특허권의 경우 개인의 구상만으로 발명하기 어려우며, 원고 회사의 설비 및 인력을 통하여 특허권이 발명된 것으로 보이는 점, 실제로 2002년경부터 기업부설연구소 설립 전까지 1,2 특허권 이외의 다른 특허권은 모두 원고 명의로 출원 및 등록이 이루어진 점 등에 비추어 보면, B개인이 발명한 것으로 보기 어렵다.
한편 원고가 B의 이 사건 특허권 발명 입증자료로 제출한 연구노트를 살펴보아도 B가 회사에서 매일 작성한 업무일지 중 일부 자동차 부품 개발에 관련된 내용이 기재되었을 뿐이며, 자동차 부품 등 개발을 위한 별도의 연구노트는 존재하지 아니한다.
따라서, 위와 같은 업무일지 형식의 연구노트만으로는 B가 이 사건 특허권과 관련하여 아이디어를 제공한 것을 넘어 특허법상 발명의 요건인 ‘기술적 사상의 창작행위’에 실질적으로 기여하였다고 인정하기 어렵다.
원고가 B의 독자적인 발명을 주장하면서도 이 사건 특허권 중 50%의 지분만을 B에게 이전하였는데, 위 경위에 관하여 적법한 법적 테두리 내에서 진행하고자 보수적으로 50%의 지분만 이전한 것이라고 주장하나, 위 주장은 받아들이기 어렵고 원고 스스로도 이 사건 특허권의 지분 양도가 법인자금의 부당유출에 해당할 가능성이 있음을 인식하고 위와 같이 이 사건 특허권 중 50%의 지분만 B에게 이전하였던 것으로 봄.
결과
기업부설연구소 운영 및 자동차 관련 부품을 연구 및 제조하는 원고의 회사A와 회사 내 대표이사로 등록된 B 사이의 특허권 이전 등 법인세 혜택 등을 이용하였지만, B의 연구노트에 관련 연구 개발 = 즉, 특허권에 실질적인 기여를 했다고 보기 어려워 법인세 혜택 내역을 재부과하여 청구한다.
원고의 청구를 모두 기각한다
소송비용은 원고가 부담한다
이번 회차에서는 기업부설연구소를 운영하며 특허권을 취득하고 특정 혜택을 수혜 받은 기업과 이 과정에서 개입된 원고B의 '특허 기여도 낮음 평가 및 연구노트 미흡작성'이라는 판정으로 부정적으로 혜택을 편취한 것으로 확인되어, 법인세 등이 혜택에 대한 내역을 재부과 청구된 사례를 살펴보았습니다.
연구노트는 이처럼 '기업부설연구소 증빙'에도 활용되지만 '지식재산권 관련 기여'에도 중요한 요소이니, 생성되는 모든 연구 과정을 상세히 기재하시길 바랍니다.
연구노트에 대한 문의사항은 아래 링크를 통해 부탁드립니다.
