일곱 명의 프라임의 리더 “더 폴른”과 싸우는 옵티머스 프라임
2007년에 개봉된 영화 <트랜스포머>가 큰 성공을 거두자 2년 뒤인 2009년 제2편인 <트랜스포머: 패자의 역습>(Transformers: Revenge of the Fallen)이 제작되었다. 전작은 대부분의 사건과 전투가 미국을 배경으로 이루어졌으나, 이번에는 상하이, 런던, 파리, 이집트 등 세계 각지에서 전작을 뛰어넘는 규모로 이야기가 전개되고 있다.
미션 시티에서의 전투로부터 2년이 지났다. 옵티머스 프라임이 이끄는 오토봇은 지구를 새로운 고향으로 삼아 재집결하고, 미군과 함께 숨어있는 디셉티콘을 섬멸하기 위해 “대 디셉티콘특수부대”(NEST) 결성하여 활동하고 있다. 어느 날, 옵티머스 프라임 등은 상하이에 나타난 디셉티콘 데몰리셔를 격퇴한다. 그런데 데몰리셔는 죽으면서 옵티머스 프라임에게 "폴른(Fallen) 님이 부활하였다 . 타락한 자가 부활한다"라는 말을 남긴다.
이 말을 들은 옵티머스 프라임은 앞으로 닥칠 위협에 대해 미군 상층부에 보고하는데, 이때 시어도 갤러웨이 국가안보보좌관이 나타나 큐브가 사라졌어도 디셉티콘이 지구에 눌러앉아 있는 것은 오토봇이 있기 때문인 것이 아닌가라고 오토봇들을 의심하는 말을 꺼낸다. 그즈음 미군이 보관하고 있던 큐브 조각을 탈취한 디셉티콘은 해저에 가라앉은 디셉티콘의 리더 메가트론을 부활시키고, 메가트론은 디셉티콘의 본거지로 돌아온다. 그곳에는 메가트론이 군주로 모시고 있는 더 폴른이 기다리고 있었다. 더 폴른은 지구에 대한 복수심을 불태우고 있다.
한편, 대학 진학을 앞둔 소년 샘 위트위키는 부모와 여자친구 미카엘라 바니스, 친구인 오토봇 범블비 등과 이별을 아쉬워하면서도, 앞으로 시작될 새로운 삶에 가슴 벅차하고 있다. 그러나 이사를 하던 중 옷에 붙어 있는 큐브 조각을 발견하고는 무의식 중에 그것을 만진다. 그러자 한 번도 본 적이 없는 문자들이 머리에 떠오르기도 하고, 시계에 영사되기도 하며, 수업 중에 착란을 일으키기도 하는 등 이상한 증상이 나타나기 시작된다.
옵티머스 프라임은 샘에게 갤러웨이를 비롯한 미국 정부의 오해를 풀기 위해 중재를 요청하지만, 평범한 삶을 원하는 샘은 이를 거절한다. 그러나 곧 디셉티콘이 대학에 나타나 샘은 다시 트랜스포머 전쟁에 휘말리게 된다. 샘은 미카엘라와 룸메이트 레오 스피츠와 함께 디셉티콘에게 납치되어 메가트론에게 끌려갔다. 그들의 목적은 큐브 조각에서 샘의 뇌로 전송된 "올스파크"에 대한 정보를 확보하는 것이었다.
샘 일행은 옵티머스 프라임과 범블비의 도움으로 탈출하는 데 성공하지만, 이 와중에서 옵티머스 프라임이 희생된다. 디셉티콘에 맞서 싸울 수 있는 최후의 전사 옵티머스 프라임이 사라지자, 폴른은 세계를 향해 샘을 데려오지 않으면 세상을 파괴하겠다고 선언한다. 이 때문에 샘은 국제적으로 지명수배된다. 옵티머스 프라임의 유해는 NEST 기지로 옮겨지지만, 갤러웨이가 찾아아 대통령 명령으로 부대를 해산한다고 통보한다. 그리고 오토봇들을 체포한다.
샘 일행은 레오의 도움으로 해산된 비밀조직 섹터-7의 수사관 출신인 시모어 시몬즈와 재회한다. 미카엘라가 잡은 디셉티콘 페리의 협조를 얻어 샘의 머리에 떠오른 문자는 “고대 사이버트론 어”라는 것을 알게 되고, 그것을 읽을 수 있는 트랜스포머를 찾아 샘 일행은 스미소니언 항공우주박물관으로 간다. 그곳에서 옛 디셉티콘 출신의 노병 제트파이어와 만난다. 제트파이어는 샘 일행과 함께 이집트로 텔레포트하여 과거에 일어났던 일을 이야기해 주기 시작한다.
기원전 17,000년, 트랜스포머의 초대 리더였던 일곱 명의 프라임은 트랜스포머의 생명의 원천인 에너곤을 찾기 위해 지구로 날아갔다. 에너곤은 태양과 같은 항성을 파괴함으로써 만들 수 있는데, "생명체를 가진 항성을 파괴해서는 안된다"는 규칙으로 인해 그들은 태양의 파괴를 포기하였다. 그러나 그들 가운데 가장 강력한 힘을 가진 “더 폴른”이 독단으로 항성파괴장치를 작동시켜 태양을 파괴하려고 하였다. 나머지 6명의 프라임은 더 폴른의 힘에 대항할 수 없었고, 그들은 할 수 없이 터 폴른의 행동을 막기 위하여 항성파괴장치 작동에 핵심 기능을 하는 아이템인 “리더스 매트릭스”를 이집트 어딘가에 숨긴 것이다.
샘은 매트릭스가 옵티머스 프라임을 되살릴 수 있는 힘을 가지고 있다고 믿고, 매트릭스를 찾기 위해 이집트로 간다. 다행히 매트릭스는 쉽게 발견하였는데, 샘이 매트릭스에 손을 대자 매트릭스는 부스러져 모래로 흘러내린다. 그렇지만 샘은 포기하지 않고 모래로 변한 메트릭스를 모아 옵티머스 프라임을 되살리려 한다. 그즈음 시몬스로부터 연락을 받은 윌리엄 레녹스와 다른 NEST 부대 요원들은 갤러웨이의 명령을 무시하고 옵티머스 프라임의 시신과 함께 이집트에 도착한다. 이와 동시에 통신을 도청한 디셉티콘 부대도 이집트로 와 샘과 네스트 대원들을 공격한다. 샘은 치열한 총격전 속에서 정신을 잃는다.
샘은 정신을 잃은 가운데 꿈속에서 여섯 프라임을 만나 그들로부터 리더 매트릭스는 얻는 것이 아니라 싸워 이겨서 빼앗는 것이라는 말과 함께 샘이 리더가 되기에 적합한 사람이라는 말을 듣는다. 샘이 정신을 차리는 순간 모래로 변했던 매트릭스가 원래의 모습으로 돌아온다. 샘은 매트릭스의 힘으로 옵티머스 프라임을 되살리는 데 성공하지만, 곧 매트릭스를 폴른에게 빼앗기고 만다. 폴른은 매트릭스를 이용하여 피라미드에 숨겨진 항성파괴장치를 가동시킨다.
돌아가는 상황을 살피던 제트파이어는 스스로를 파괴하여 자신의 부품을 옵티머스 프라임에게 주며, 이를 통해 파워 업된 옵티머스 프라임은 제트 파워 옵티머스 프라임이 되어 순식간에 장치를 파괴해 버린다. 그리고 공격해 온 메가트론과 터 폴른을 압도하여 마침내 더 폴른을 쓰러트린다. 메가트론은 어디론가 도망을 쳐버리고, 지구에는 다시 평화가 찾아온다.