1823년에 시작됩니다. 한 정신병원에서 '살리에르(F. 머레이 아브라함)'가 자살에 실패한 것입니다. 그 후 신부에게 고해하며 자신의 죄를 고백합니다. 그리고 과거로 장면이 바뀝니다. 살리에르는 황제인 요제프 2세(제프리 존스)의 음악장으로 활동하고 있었습니다.
어린 시절의 살리에르는 가난했고, 무식한 아버지는 음악마저 반대했습니다. 아버지가 죽고 나서야 음악을 공부할 수 있게 된 그는 피나는 노력으로 마침내 성공했습니다. 그러던 어느 날, 모차르트의 공연을 보고 천재성에 감탄하게 됩니다.
당시의 '볼프강 아마데우스 모차르트'는 혜성처럼 떠오르는 음악계의 아이콘이었습니다. 그래서 살리에르도 관심을 가지게 된 것이었지만, 모차르트의 사생활은 너무나 사치스럽고 방탕하며 지저분했습니다. 그는 엄청난 돈을 벌고 있었지만, 그의 실상을 본 살리에르는 큰 실망과 함께 충격마저 받게 됩니다.
살리에르의 충격은 이런 방탕한 자에게 신이 내린 천재성이었습니다. 자신은 그렇게 노력해도 되지 않던 것을 모차르트는 너무나 쉽게 얻은 것입니다. 살리에르는 신에게 분노를 느끼기도 합니다. 그러나 영화 아마데우스의 줄거리는 모차르트의 성공만 계속되고 살리에르는 점점 더 작아집니다.
결국 황제까지도 모차르트에게 관심을 가지게 됩니다. 또다시 유명해지는 모차르트... 살리에르는 한편으론 시기하면서도 또 반대편에서는 음악성에 감탄하고 있었습니다. 살리에르만 그런 것은 아니었습니다. 궁정 오페라 감독도 모차르트를 경계했습니다.
그렇지만 모차르트는 모르고 있었습니다. 오페라 "피가로의 결혼"에 발레를 넣고 싶었으나 어려움에 부닥친 모차르트는, 오히려 살리에르를 찾아와서 도와달라고 부탁하기도 합니다. 다행히 우연히 황제가 리허설을 보러 왔다가 발레를 허용해 주자, 모차르트는 기뻐하며 진정으로 감사해했습니다.
이제부터, 영화 아마데우스의 결말에 이르기까지 살리에르의 비밀이 나옵니다. 살리에르는 자신의 심복을 하녀로 위장시켜서 모차르트에게 보냅니다. 틈을 봐서 죽이려는 것이었습니다. 하지만 그럴 필요도 없었습니다. 너무 놀고, 너무 일하는 불규칙한 생활 때문에, 이미 병에 걸려 있었던 것입니다.
그러나 모차르트는 지나치게 방탕한 생활을 했기에 돈이 없었습니다. 살리에르는 이를 노리고 오히려 더 많은 일거리를 연결시켜 주었습니다. 결국 돈이 필요한 모차르트는 몸을 혹사하다가 기절하게 되었습니다. 살리에르는 놀란 척하면서 자신의 자택에서 건강을 찾도록 해 주었습니다.
하지만, 그것 또한 살리에르의 흉계였습니다. 밤을 새워서 해야 할 일을 또 연결시켜 줍니다. 생각이 단순한 모차르트는 또 밤샘 작업으로 완성했습니다. 살리에르는 그의 천재성에 또 한 번 속으로 감탄했습니다. 하지만 모차르트의 아내 콘스탄체(엘리자베스 베리지)는 이것 때문에 병이 났다며 장에 넣고 잠가버렸습니다.
시간이 지나고, 돈을 다 써버리게 한 원인 중 하나였던 아내 콘스탄체도 모차르트를 버리고 가버립니다. 병이 심한 그는 이제 죽을 순간을 맞습니다. 이때 영화 아마데우스의 줄거리는 의외의 장면이 나옵니다. 살리에르가 힘없는 그를 대신해서 장송곡을 받아 적어 주는데, 모차르트가 진정으로 감사하다며 용서해 달라고 한 것입니다.
그 후, 모차르트가 죽은 뒤인 현재로 시간이 바뀝니다. 살리에르는 신부님과의 고해에서 자신의 마음을 다 고백합니다. 평범한 사람은 아무리 노력해도 절대로 천재를 따라잡을 수 없는 현실이 분노하게 했다는 것입니다. 그러면서 자신은 모든 평범한 자들의 대변자일 뿐이라고 말합니다.
결국, 이 영화의 주인공은 천재 모차르트가 아니라 인간 살리에르였던 것입니다. 그리고 영화 아마데우스의 결말은 신부님의 대사로 이어집니다. "너의 죄를 사하노라"... 마지막 장면에서, 만족한 듯한 살리에르가 웃는 얼굴로 걸어 나가는데, 모차르트의 경박스러운 웃음소리가 그것을 덮으며 끝나게 됩니다.
