대법원 2025두34147 판결로 본 재건축 신축주택 양도세의 함정
안녕하세요. 법무법인 리브로의 김미래 변호사/공인회계사 입니다.
"낡은 아파트를 수십 년 보유했고, 재건축된 새 아파트도 받았습니다. 1세대 1주택자니까 양도소득세 걱정은 없겠죠?"
많은 재건축 조합원분들이 이렇게 생각하십니다. 특히 '장기보유 특별공제(장특공)' 혜택을 믿고 계실 텐데요. 만약 재건축 과정에서 추가분담금(청산금)을 납부하셨다면, 계산기를 다시 두드려보셔야 합니다. 최근 대법원은 추가분담금으로 발생한 이익에 대해서는 '새 아파트'에서의 거주기간을 별도로 따져야 한다는 판결을 내놓았습니다. 자칫하면 수천만 원, 많게는 억 단위의 세금이 더 나올 수 있는 이 판결, 변호사의 시선으로 꼼꼼히 분석해 드립니다.
원고는 재건축 사업이 진행되기 전부터 오랫동안 해당 주택을 보유하고 거주해 왔습니다. 재건축이 진행되면서 원고는 더 넓거나 좋은 평형을 받기 위해 조합에 청산금(추가분담금)을 납부했고, 마침내 신축 아파트를 취득했습니다.
이후 원고는 이 신축 아파트를 팔면서 양도소득세를 신고했습니다. 원고는 자신이 '1세대 1주택자'이고 전체 보유기간이 매우 길기 때문에, 전체 양도차익에 대해 최대 80% 공제율(표 2)을 적용하는 장기보유 특별공제를 받으려 했습니다.
하지만 과세관청(피고)의 계산은 달랐습니다. "기존 집값만큼의 이익은 80% 공제해 드리겠습니다. 하지만 추가로 낸 돈(청산금)으로 인해 불어난 이익은 이야기가 다릅니다. 선생님은 새 아파트 완공 후 2년을 살지 않으셨으니, 이 부분은 혜택을 줄 수 없습니다."
이 사건의 핵심 쟁점은 '청산금 납부로 취득한 부분'에 대해 1세대 1주택 장특공(최대 80%)을 받기 위한 '2년 거주 요건'을 어떻게 판정할 것인가였습니다.
"저는 이 집의 뿌리가 되는 구 주택에서 이미 수년 간 살았습니다. 재건축은 연속된 사업이고, 저는 1세대 1주택자입니다. 기존 주택에서의 거주기간과 신축 주택에서의 거주기간을 합산(통산)해서 판단해야지, 청산금 부분만 따로 떼어내서 거주 요건을 따지는 건 부당합니다."
"세법 시행령에 따르면 재건축 양도차익은 '기존건물분'과 '청산금납부분'으로 쪼개서 계산하게 되어 있습니다. 2020년 세법 개정으로 1세대 1주택 장특공을 받으려면 '2년 거주'가 필수 요건이 되었습니다. 청산금 부분은 사실상 새 아파트를 짓는 동안 새로 투자한 것과 같으므로, 새 아파트에서의 거주기간(2년)을 채우지 못했다면 일반 공제율(최대 30%, 표 1)만 적용해야 합니다."
원심(2심)과 대법원 모두 과세관청의 손을 들어주었습니다(원고 패소).
원심은 "청산금납부분 양도차익에 대한 장기보유 특별공제는 신축주택에서의 거주기간이 2년 이상이어야만 높은 공제율(표 2)을 적용받을 수 있다"고 보았습니다. 원고는 신축주택에서 2년을 살지 않았기 때문에, 청산금 부분 이익에 대해서는 낮은 공제율(표 1)을 적용하는 것이 맞다고 판단했습니다.
대법원 역시 원심의 판단이 정당하다고 확정했습니다. 그 논리적 근거는 다음과 같습니다.
법령의 구조적 분리: 소득세법 시행령 제166조는 재건축 양도차익을 계산할 때 '기존건물분'과 '청산금납부분'을 명확히 구분하고 있다. 또한, 각각의 장기보유 특별공제액을 산정할 때 적용하는 보유기간의 기산점도 다르다(기존건물분은 취득일, 청산금분은 관리처분계획 인가일 등).
개정 입법 취지: 2020년 소득세법 시행령 개정으로 '거주기간 2년' 요건이 추가된 것은, 1주택자에 대한 파격적인 혜택을 '실수요자(실거주자)' 중심으로 개편하려는 의도이다.
결론: 따라서 청산금납부분 양도차익에 대해 1세대 1주택자 특례(최대 80% 공제)를 적용받으려면, '신축주택'에서의 거주기간만으로 2년 요건을 충족해야 한다. 기존 주택에서 아무리 오래 살았어도, 추가 분담금을 낸 부분에 대해서는 새집에서 살지 않으면 혜택을 줄 수 없다.
이번 판결은 재건축·재개발 입주권을 보유한 분들에게 매우 중요한 시사점을 줍니다. 기존 주택에서 오래 거주했더라도, 재건축 과정에서 추가분담금을 냈다면 그 돈으로 불어난 차익에 대해서는 '새 아파트 완공 후 2년 실거주'를 해야만 최대 80%의 장기보유 특별공제를 온전히 받을 수 있습니다.
단순히 "나 1주택자야"라고 안심하지 마시고, 매도 계획을 세우실 때 '청산금 납부 여부'와 '신축 후 실거주 여부'를 반드시 체크하시기 바랍니다.
재건축 아파트를 팔 때, 추가분담금(청산금)을 냈다면 그 부분의 양도차익은 기존 집값과 별도로 계산된다.
대법원은 청산금 부분의 이익에 대해 '1세대 1주택 장기보유 특별공제(최대 80%)'를 받으려면, 반드시 '새 아파트'에서 2년 이상 실거주해야 한다고 판결했다.
옛날 집에서 오래 살았더라도 새 집에서 살지 않고 팔면, 추가분담금 수익 부분은 공제율이 대폭 깎여(최대 30%) 세금 부담이 커진다.
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작성: 김미래 변호사 / 법무법인 리브로
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