[판결] 매매무효 농지 취득세 위법

"매매 무효 농지에 대한 취득세 부과는 위법"… 법원, 경정청구 거부처분 취소 판결
서울고등법원이 농지 매매계약이 무효인 경우 취득세를 부과할 수 없다며 지방자치단체의 경정청구 거부처분을 취소하는 판결(2024누48482)을 2024년 12월 20일 선고했다.

이번 사건은 주택건설 및 임대업 등을 목적으로 하는 甲(가) 주식회사가 농지와 기타 토지를 매수한 뒤 취득세를 납부했으나, 이후 농지를 제외하는 방식으로 계약을 변경하였음에도 불구하고 농지 부분에 대한 취득세 환급을 거부당한 데서 비롯됐다.

■ 농지 포함한 계약, "원시적 무효"
법원에 따르면 甲 회사는 농업경영 목적이 없는 일반 법인으로, 농지를 적법하게 소유할 자격이 없음에도 농지를 포함한 매매계약(제1매매계약)을 체결한 뒤 잔금을 모두 지급하고 취득세까지 납부했다.

하지만 이후 甲 회사와 매도인 乙은 농지를 매매 대상에서 제외하고 매매대금을 감액하는 새로운 계약(제2매매계약)을 체결, 기타 토지만 소유권이전등기를 완료했다.

이에 甲 회사는 애초 농지에 관한 매매계약이 무효이므로 납부한 농지 관련 취득세를 환급해 달라며 경정청구를 했지만, 관할 지방자치단체장은 이를 거부했다.

■ 법원 "농지 취득행위 성립 안 돼… 취득세 과세대상 아냐"
이에 대해 법원은 **"농지법상 요건을 갖추지 못한 법인은 농지를 취득할 수 없고, 농지를 포함한 제1매매계약은 처음부터 원시적으로 무효"**라고 판시했다.

또한 **"매매계약이 무효인 이상 사실상 취득행위가 성립하지 않아 취득세 과세대상이 될 수 없다"**며, **"甲 회사가 잔금을 모두 지급했더라도 농지를 취득한 것으로 볼 수 없다"**고 밝혔다.

특히 농지전용허가 신청이 없었던 점 등을 근거로 **"농지를 매매 대상으로 삼는 계약이 유효하기 위해 필요한 절차가 전혀 이루어지지 않았기 때문에 제1매매계약은 확정적으로 무효"**라고 판단했다.

■ 지방자치단체 처분 취소… 취득세 환급 인정
결국 법원은 **"농지에 대한 사실상 취득행위가 성립하지 않았으므로, 이를 전제로 한 취득세 부과는 위법"**이라며, 지방자치단체의 경정청구 거부처분을 취소하였다.

■ 판결의 의미
이번 판결은 농지와 관련된 매매계약이 법적 요건을 갖추지 못해 무효인 경우, 아무리 계약서가 작성되고 대금이 지급되었다 하더라도 취득세를 과세할 수 없음을 명확히 한 사례로 평가된다.

특히 토지 거래와 관련한 계약 무효 시 조세 환급 문제에 대한 중요한 법적 기준을 제시한 판결로서, 향후 유사한 법률 분쟁에서 참고가 될 것으로 보인다.