지구에서 벌어지는 우주 최강 전투 생명체들의 싸움
1990년대에 제작된 SF 영화에서 강하고 흉폭한 외계생명체를 꼽으라면 단연 에일리언과 프레대터일 것이다. 에일리언은 폭발적인 번식력과 강한 체력적 능력으로 우주 공간에서 인간을 살상한다. 이에 대하여 프레대터는 먼 우주에서 지구로 날아와 인간의 과학을 훨씬 상회하는 고도의 과학기술을 이용하여 인간을 잔인하게 죽인다. 이 두 극강의 우주 생명체가 싸운다면 누가 이길까? 이렇게 시작된 것이 바로 영화 <에일리언 대 프레대터>(Aliens versus Predator)이다. 이 영화는 2004년 미국에서 제작되었다.
2004년 10월 4일, 인공위성이 남극의 부베 섬 지하에서 대규모 열원을 발견했고, 그 지하에서 연이어 고대 도시의 유적이 발견되었다. 대기업인 웨이랜드 사의 사장인 비숍 웨이랜드는 유적조사팀을 편성하여, 여성 탐험가인 알렉스를 그 리더로 임명한다. 또한 재정적 어려움을 겪고 있던 고고학자 웰스도 웨이랜드의 재정적 후원을 받기로 하고 조사팀에 합류한다.
알렉스가 원정대의 베이스캠프인 쇄빙선 하이퍼 호에 도착하자, 이미 원정대로 선발된 여러 전문가들이 그곳에 모여있었다. 웨이랜드 사장도 이미 그곳에 도착해 있었는데, 그는 대원들에게 7일 전에 이 유적을 발견한 경위에 대해 말해준다. 그러나 알렉스는 웨이랜드 사장의 의도가 무엇인지 알 수 없고, 탐사에 따른 리스크가 너무 크다고 생각하여 임무수행을 거부한다. 그러나 웨이랜드 사장이 알렉스 대신 탐색대의 리더로 지명한 인물이 경험이 부족하다는 것을 안 알렉스는 그를 리더로 하였다가는 리스크가 더욱 커질 것 같아 어쩔 수 없이 리더 역할을 맡는다.
부베 섬에서는 1904년 의문의 주민 실종사건이 발생한 이후 방치된 포경기지가 있는데, 그곳에서 탐사대는 지하까지 연결되는 인공적인 큰 구멍을 발견한다. 탐사대는 곧 선발대를 구성하여 구멍으로 내려간다.
한편 하늘에서는 갑옷과 같은 복장을 한 수상한 그림자들이 그들의 동향을 살피고 있었다. 그들은 우주의 사녕꾼인 프레대터이다. 지상으로 내려온 프레대터들은 탐사대의 지상 잔류팀 멤버들을 한 사람 한 사람씩 사냥한 후, 선발대를 노리고 큰 구멍으로 들어간다. 몸 컨디션이 좋지 않은 웨이랜드 사장에게 알렉스는 등산 사고로 목숨을 잃은 자신의 아버지의 이야기를 들려주며 설득하지만, 웨이랜드 사장은 그 말을 듣지 않고 조사대와 함께 떠난다.
큰 구멍 아래에서는 멕시코 피라미드와 같은 모양의 건조물이 발견되었다. 조사단은 구조물 속으로 들어가는데, 도중에 대원 중 한 명이 밟은 바닥돌 가운데 하나가 가라앉기 시작했다. 그 바닥돌은 천천히 하강하였기 때문에 대원들은 이를 알아차리지 못하였다. 그런 변화 때문인지 지하 깊은 곳에서 얼음에 갇혀 있던 퀸 제이모프(에일리언의 성충체)가 눈을 뜨고 산란을 시작한다.
그런 가운데 조사팀은 피라미드 속에서 여러 개의 미이라가 누워있는 방을 발견한다. 미이라 옆에는 비문이 새겨져 있는데, 세바스찬의 조교 토마스는 비문의 글을 “사냥을 위한 재물로 바쳐졌다.”라고 해독한다. 탐사대는 그곳에 일부 조사팀을 남겨두고 더욱 지하로 내려가 석관을 발견한다. 세바스찬은 석관의 고대문자를 해독하여 석관을 여는데 성공한다. 그 속에서는 고대의 무기로 보이는 물건이 나타난다.
사태가 예상치 못한 방향으로 전개되는 데다 웨이랜드 사장의 몸상태가 더욱 나빠지자, 알렉스는 일단 임시 기지로 돌아가자고 제안한다. 그러나 용병 대장인 맥스 스태포트는 그 말을 듣지 않고 석관 속에서 총을 끄집어낸다. 그러자 방안에 있던 기관이 작동하여, 미이라 사이에 있던 조사대원들은 방에 갇혀버리고, 알에서 부화한 페이스허거(제노모프를 인간에게 기생시키는 유체)의 먹이가 되고 만다.
알렉스를 비롯한 조사대원들은 위기를 맞아 출구를 찾지만, 이번에는 프레대터의 습격을 받아 한 사람씩 죽어간다. 게다가 방에 설치된 기관에 의해 조사대원들은 둘로 분단되어 더욱 큰 위기에 직면한다. 조사대원들은 어찌할 바를 몰라하는데, 그런 가운데서도 웨이랜드, 알렉스, 세바스찬은 10분마다 벽이 이동한다는 사실을 알아내고, 이를 이용하여 전진을 계속한다.
한편 알렉스 일행은 도중에 프레대터 무리를 만나 위기를 맞게 되는데, 마침 그곳에 에일리언이 나타나 그 기회를 이용하여 그 자리에서 벗어난다. 그러나 프레대터 무리는 계속 알렉스 일행을 쫓아온다. 그러자 웨이랜드가 자신의 목숨이 얼마 남지 않았다는 사실을 알고, 동료들을 대피시키고 혼자 프레대터에 맞서지만, 눈 깜박할 사이에 프레대터에 의해 죽는다. 이제 생존자는 렉스와 세바스찬뿐이다.
세바스찬은 이 건물이 프레대터 종족의 어떤 의식과 관계있을 것이라는 가설을 세운다. 또 알렉스는 프레대터가 자신들을 추격하고 있는 것은 자신이 가지고 있는 고대무기를 되찾기 위서서가 아닐까 생각한다. 그래서 프레대터에게 총을 돌려주는 대신 그들을 아군으로 끌어들일 생각을 한다. 알렉스와 세바스찬은 가는 도중 제노모프를 다시 만나 필사적으로 탈출하지만, 알렉스가 발을 헛디뎌 높은 곳에서 떨어질 뻔한다. 세바스찬이 그녀를 끌어올리려고 하지만, 그곳에 갑자기 나타난 제노모프에게 잡힌다.
다시 혼자 남은 알렉스의 뒤 쪽에서 프레대터가 나타난다. 알렉스는 무기를 돌려주면서 목숨을 살려달라고 하고, 프레대터가 그런 알렉스를 바라보고 있을 때 제노모프가 나타나 프레대터를 공격한다. 알렉스도 프레대터가 떨어뜨린 창을 집어 들고 함께 제노모프와 싸워 쓰러트린다. 프레대터는 알렉스의 용기를 칭찬하면서, 제노모프를 해체하여 제노모프의 머리로 방패를 꼬리로 창을 만들어 알렉스에게 준다. 알렉스와 프레대터는 다시 미이라가 누워있던 “제물의 방”으로 돌아온다.
알렉스는 제노모프에게 붙잡혀 갔던 세바스찬을 만난다. 불행히도 세바스찬의 몸에는 이미 에일리언이 기생하고 있었다. 세바스찬은 자신을 죽여달라고 애원하고, 알렉스는 슬퍼하면서 세바스찬을 향해 방아쇠를 당긴다. 그런 다음 프레대터는 방에 폭탄을 설치하고 알렉스와 함께 탈출한다. 한편 어린 제노모프들은 퀸 제노모프를 묶고 있는 쇠사슬을 녹여 퀸 제노모프를 해방시킨다.
알렉스와 프레대타가 지상으로 올라오려고 할 때 구멍 주위는 이미 함몰되고 있었지만, 겨우 지상으로 올라오는 데 성공한다. 그들이 안도의 한숨을 내쉬고 있을 때 퀸 제노모프가 지상에 나타난다. 두 사람은 필사적으로 저항하지만, 퀸 제노모프의 공격에 위기를 맞는다. 두 사람은 마지막 방법으로 퀸 제노모프의 몸을 묶고 있는 쇠사슬과 거대 물탱크를 연결하여 퀸 제노모프를 바다 밑으로 가라앉히려는 계획을 생각해 낸다. 그러나 마지막 순간 프레대터는 퀸 제노모프의 꼬리에 맞아 죽는다. 그 틈을 이용하여 알렉스는 퀸 제노모프를 바닷속으로 빠뜨리는 데 성공한다.
갑자기 동료 프레대터들이 우주선을 타고 지상에 내려와 죽은 프레대터의 시신을 거두어 간다. 그리고는 프레대터의 지도자가 알렉스의 용기를 칭찬하면서 한 자루의 창을 주고는 지구를 떠난다.
지구를 떠난 우주선 안의 침대에 프레대터의 시체가 누워있다. 그때 갑자기 프레태터의 배에서 체스트 버스터(제노모프의 유충)가 나타난다.