직무발명보상금 CEO가 알아야 할 절세와 함정
직무발명 보상금 비과세 가이드
기업의 가장 귀중한 자산은 단연 '기술'과 '인재'입니다. 이 두 가지를 모두 지키고 성장시키는 강력한 도구가 바로 '직무발명보상제도'입니다. 이는 단순히 직원에게 보너스를 주는 것을 넘어, 회사의 핵심 지식재산(IP)을 법적으로 확보하고, 연구·개발(R&D) 비용에 대한 세액공제 혜택까지 누릴 수 있는 고도의 경영 전략입니다.
하지만 2024년부터 이 제도의 세법이 크게 바뀌면서, 잘 활용하면 '절세'가 되지만 잘못 접근하면 '세금 리스크'가 될 수 있는 양날의 검이 되었습니다. 특히 대표이사, 창업주, 오너 일가와 같은 경영진에게는 그 영향이 더욱 직접적입니다.
변리사의 입장에서, 경영자 관점에서 직무발명보상제도를 어떻게 전략적으로 활용하고, 숨겨진 세무 리스크를 피할 수 있는지 핵심만 짚어드리겠습니다.
1. 직무발명보상, 왜 단순한 '비용'이 아닌 '투자'인가?
직무발명보상제도는 발명진흥법에 따라 보장된 발명자의 법적 권리이며, 단순한 상여금이나 포상금이 아닙니다. 회사의 성장을 이끄는 혁신적인 아이디어에 대한 정당한 대가이자, 강력한 세제 혜택을 제공하는 투자입니다.
회사: R&D 세액공제로 법인세 절감
직원에게 지급한 직무발명보상금은 조세특례제한법에 따라 연구·인력개발비(R&D)로 인정되어 법인세 세액공제를 받을 수 있습니다. 이는 보상금 지급에 따른 현금 유출을 세금 절감으로 상당 부분 상쇄할 수 있다는 의미입니다.
직원: 연 700만원 한도의 비과세 혜택
핵심 인재는 소득세법에 따라 연간 700만원까지의 직무발명보상금을 세금 없이 수령할 수 있습니다. 이는 단순 급여 인상보다 훨씬 강력한 동기 부여 수단이 되어, 우수 인재의 이탈을 막고 혁신적인 아이디어를 지속적으로 창출하게 하는 원동력이 됩니다.
재직 중 수령 시: '비과세 근로소득'으로 처리됩니다.
퇴직 후 수령 시: '비과세 기타소득'으로 처리됩니다.
이 연간 700만원 한도는 재직 중 받은 금액과 퇴직 후 받은 금액을 합산하여 적용됩니다.
2. 2024년의 경고: '대표님'은 이제 비과세 혜택을 받을 수 없습니다!
2024년 세법 개정의 가장 큰 변화는 바로 '특수관계인'이 받는 직무발명보상금은 비과세 혜택에서 완전히 제외된다는 점입니다. 이는 일부 기업 오너들이 제도를 악용해 세금 없이 법인 자금을 이전하는 것을 막기 위해 도입되었습니다.
그렇다면 누가 '특수관계인'에 해당할까요?
법인의 경우, '지배주주등' 및 그와 특수관계에 있는 자가 해당됩니다. 이는 단순히 지분율이 가장 많은 주주를 넘어, 다음과 같은 인물들을 포괄하는 넓은 개념입니다.
지분율 기준: 본인과 친족 등 특수관계인의 지분을 모두 합쳤을 때, 회사 내에서 가장 큰 지분율을 가진 그룹에 속하는 사람. 개인 지분율이 낮더라도 가족이나 지배하는 다른 법인의 지분을 합산하여 최대주주 그룹에 속하면 해당될 수 있습니다.
사실상 영향력 기준: 보유 주식 수와 상관없이 임원의 임면권을 행사하거나 사업 방향을 결정하는 등 회사 경영에 실질적인 영향력을 행사하는 사람.
친족 등: 위 지배주주의 배우자, 4촌 이내 혈족, 3촌 이내 인척 등.
결론적으로, 창업주 대표이사, 최대주주 및 그 가족 등은 이제 직무발명보상금 비과세 혜택을 받을 수 없습니다. 이들이 받는 보상금은 700만원 공제 없이 전액 과세 대상이 됩니다. 과거처럼 보상금 제도를 활용한 절세 전략은 이제 불가능하며, 오히려 세무조사의 표적이 될 수 있습니다.
"그럼 우리 회사 임원은요?"
임원이라고 해서 무조건 비과세 혜택에서 배제되는 것은 아닙니다. 핵심은 그 임원이 위에 설명한 '특수관계인(지배주주등)'에 해당하는지 여부입니다.
혜택 적용 가능 (O): 지분이 없거나 소액주주인 전문경영인처럼 회사의 지배주주가 아닌 임원은 일반 직원과 동일하게 연 700만원의 비과세 혜택을 받을 수 있습니다.
혜택 적용 불가 (X): 반면, 창업주이거나 최대주주인 임원은 '지배주주등'에 해당하므로, 받는 보상금 전액이 과세 대상이 됩니다.
3. 가장 큰 경영 리스크: '보상규정'이 없다면 핵심 기술은 직원 소유입니다
많은 경영자께서 간과하시는 가장 위험한 부분입니다. 만약 회사에 명확한 '직무발명보상규정'이 없다면, 직원이 개발한 기술의 권리는 발명진흥법 원칙에 따라 법적으로 발명한 직원 개인에게 귀속됩니다.
이 경우 회사는 다음과 같은 치명적인 리스크에 노출됩니다:
회사는 해당 기술을 무상으로 사용할 권리(통상실시권)만 가질 뿐, 독점적 권리가 없습니다.
핵심 기술을 개발한 직원이 퇴사 후 경쟁사로 이직하거나 직접 창업하여 동일 기술을 사용해도 막을 방법이 없습니다.
회사는 해당 기술을 제3자에게 라이선스하여 수익을 창출할 수 없습니다.
스타트업이나 기술 중심 기업에서 이는 회사의 존립을 위협하는 수준의 리스크입니다. 따라서 직원과의 협의를 거친 체계적인 '직무발명보상규정'을 마련하는 것은 선택이 아닌 필수입니다. 이 규정이야말로 회사의 핵심 IP를 보호하는 가장 기본적인 안전장치입니다.
4. 세무조사를 피하는 마지막 관문: 보상금의 '적정성'
모든 형식적 요건을 갖추었더라도 마지막 관문이 남았습니다. 바로 보상금액의 '적정성'입니다.
만약 지급된 보상금이 발명의 가치나 회사가 얻은 이익에 비해 사회 통념상 '과다하다'고 판단되면, 과세당국은 이를 문제 삼을 수 있습니다.
회사 측 리스크: 과다 지급된 부분에 대해 R&D 세액공제가 부인될 수 있으며, 특수관계인에 대한 부당한 자금 이전('부당행위계산 부인')으로 보아 추가적인 세금이 부과될 수 있습니다.
수령자 측 리스크: 비과세 혜택이 부인되고, 해당 금액이 상여나 배당으로 처리되어 높은 세율의 소득세가 부과될 수 있습니다.
따라서 보상규정에는 객관적인 산정 기준 (예: 매출 기여도, 기술의 독점성, 개발 난이도 등)을 명시하고, 모든 보상금 지급은 그 근거를 명확히 문서화해야 합니다.
CEO를 위한 Action Plan
즉시 점검:
우리 회사에 '직무발명보상규정'이 있는지, 있다면 2024년 개정 세법을 반영하고 있는지 법률 전문가(변리사, 세무사)와 함께 검토하십시오.
리스크 식별:
재무팀에 '특수관계인'에 해당하는 임직원 목록을 전달하고, 이들에 대한 보상금은 전액 과세 대상임을 명확히 하여 원천징수 오류를 방지하십시오.
시스템 구축:
보상금 산정의 근거를 마련하기 위한 객관적인 '발명 평가 시스템'을 구축하십시오. 이는 세무 리스크를 줄일 뿐만 아니라, 직원들에게도 공정한 보상에 대한 신뢰를 줍니다.
결론: 똑똑하게 챙기는 회사의 성장과 나의 권리
직무발명보상제도는 더 이상 단순한 복리후생이 아닙니다. 기업의 핵심 자산을 지키고, 인재 경쟁력을 높이며, 재무 건전성까지 확보하는 고도의 경영 전략입니다. 2024년부터 변경된 세법 내용을 정확히 이해하고 활용한다면, 회사와 발명자 모두에게 큰 이익이 될 수 있습니다.
제도가 복잡하게 느껴진다면, 지금 바로 변리사나 세무사와 같은 전문가의 도움을 받아 우리 회사에 맞는 최적의 전략을 세우는 것을 추천합니다.
저자 소개 | 이호준 변리사
이호준 변리사는 기술 기반 기업의 공공조달 시장 진출을 위한 특허 전략 수립 전문가입니다. 최근 강화된 조달청 우수제품 지정 제도의 변화에 맞춰, 단순한 특허 등록을 넘어 '가치 있는 특허'를 확보하는 전략에 집중하고 있습니다. 이 변리사는 잘 만들어진 '강한 특허' 하나가 기업의 미래를 바꿀 수 있다는 믿음으로, 고객사의 기술이 시장에서 최고의 가치를 인정받을 수 있도록 돕고 있습니다.
