정부지원금 수령 시 회계·세무 처리 유의사항
스타트업 세무산책_07
▣ 에피소드
"대표님, 작년에 받으신 정부지원금 3천만 원이 법인세 신고에서 통째로 누락되었습니다."
소셜 임팩트 스타트업을 운영하는 A대표. 그는 창업 1년 차에 중소벤처기업부로부터 '청년창업사관학교' 지원금 3천만 원을 받았다. 가뭄의 단비 같은 자금이었고, 대부분 인건비와 마케팅비로 소중하게 사용했다. 당연히 '세금과는 무관한 돈'이라고 생각했다.
다음 해, 법인세 신고를 검토하던 공인회계사가 말했다.
“대표님, 이 지원금은 회계장부에 국고보조금 (영업외수익)으로 반영됐어야 합니다. 국세청은 '과세자료제출법'에 따라 정부 각 부처의 지원금 지급 내역을 전산으로 모두 확보하고 있습니다. 이건 의도의 문제가 아니라 명백한 신고 누락입니다.”
A대표는 황망한 표정으로 되물었다.
“아니, 공짜로 받은 것도 아니고, 사업계획서 쓰고 발표해서 받은 격려금인데... 여기에 세금을 내야 한다고요?”
결국 그는 누락된 법인세뿐 아니라, 신고불성실가산세(과소신고세액의 10~40%)와 납부지연가산세(연 8.03%)까지 더해 수백만 원의 ‘세금 수업료’를 내야 했다. 정부지원금도 세법의 눈으로 보면 결국 ‘소득’이라는 현실을 그때서야 깨달았다.
▣ 해설: 국고보조금, 세법의 눈으로 본 '공짜 돈'의 정체
많은 창업자가 '정부지원금(국고보조금)'은 비과세 소득, 이른바 ‘공돈’이라 착각하지만, 세법의 대원칙은 다르다. 상환 의무가 없는 모든 지원금은 원칙적으로 과세 대상 소득(익금)으로 본다(법인세법 제15조). 다만, 그 성격과 사용 목적에 따라 회계와 세무 처리 방식이 달라진다.
[심화] R&D 지원금과 R&D 세액공제의 함정
많은 대표님들이 R&D 지원금을 받아 연구원 인건비 등으로 지출한 뒤, 해당 인건비 전체에 대해 R&D 세액공제(비용의 25%)를 적용하는 실수를 범하곤 하는 데, 조심해야 한다. 조특법에서는 다른 곳에서 보전받은 비용에 대해서는 세액공제를 적용하지 않는다.
(예시) 연구원 인건비 1억 원 지출 (정부지원금 4천만 원 + 회사 자체자금 6천만 원)
잘못된 계산: 1억 원 × 25% = 2,500만 원 세액공제 (X)
올바른 계산: (1억 원 - 정부지원금 4천만 원) × 25% = 1,500만 원 세액공제 (O)
이 차이를 놓치면, 추후 세무조사 시 1,000만 원의 세액공제를 추징당하고 가산세까지 부담할 수 있다.
□ 실무에서 가장 흔한 오류
신고 자체를 누락: 지원금을 아예 장부에 기록하지 않는 경우. 100% 추징 대상.
대출과 보조금 혼동: 정부의 '정책자금 대출'은 상환해야 할 '부채'이므로 과세대상이 아니지만, 상환 의무 없는 '보조금'은 '수익'이므로 과세 대상. 둘을 혼동하는 경우.
자산 취득 보조금의 잘못된 처리: 보조금으로 취득한 기계장치를 즉시 비용 처리하거나, 세법상 과세이연 절차를 누락하여 불필요한 세금을 납부하는 경우.
□ 실무 TIP: 정부지원금, 똑똑하게 관리하고 절세하는 법
지원금 전용 통장을 개설하고, 모든 증빙은 별도 관리하라.
- 지원금은 전용 계좌(별도의 사업용 계좌)로 받아 관리하면 자금의 입출금과 사용 내역을 소명하기 매우 편리하다.
- 사업계획서, 협약서, 결과 보고서, 지출 증빙 등 관련 서류는 별도의 파일로 철저히 보관해야 한다.
자산 취득 지원금은 '과세이연'으로 세금을 미뤄 현금흐름을 관리하라.
- 기계장치 등 고정자산을 취득하는 조건으로 지원금을 받았다면, 법인세 신고 시 '일시상각충당금' 또는 '압축기장충당금'을 설정하여 과세소득(익금)에 산입하지 않을 수 있다.
- 이렇게 하면 당장의 세금 부담 없이, 해당 자산을 사용하는 기간에 걸쳐 세금을 나누어 내는 효과를 얻을 수 있다. (반드시 전문가와 상의할 것)
국세청은 모든 것을 알고 있다고 생각하라.
- 국세청은 중소벤처기업부, 고용노동부 등 각 정부 기관으로부터 지원금 지급 내역 전산자료를 정기적으로 수집함. 따라서, '설마 알겠어?'라는 생각은 절대 금물이다.
- 회계상 누락은 세무조사 없이도 전산 시스템만으로 100% 적발 가능한 가장 쉬운 추징 항목이다. 고의가 아니었더라도 무신고에 대한 책임은 온전히 회사의 몫이다.
▣ 마무리 한 줄 요약
정부지원금은 '공짜 점심'이 아니라, '엄격한 조건이 붙은 소득'이다. 감사의 마음으로 받되, 회계 처리는 얼음처럼 차갑고 정확하게 해야 한다.
