최초의 천주교 탄압, 신해박해 발발하다
당시 조선 천주교회는 북경 교구에 속하였는데, 북경 교구장인 구베아(Alexander de Gouvea) 주교가 조선 로마 가톨릭교회에 제사 금지령을 내리자(1790년), 전라도 진산군에 사는 선비 윤지충 바오로와 그의 외종사촌 권상연 야고보는 함께 이 가르침을 따르고자 집안에 있던 신주를 불살랐다.
1791년 여름 윤지충이 모친상을 당하여 권상연과 함께 어머니의 유언대로 유교식 상장(喪葬)의 예를 쓰지 않고 조문을 받지 않았으며, 로마 가톨릭 예식으로 장례를 치러 종친들을 분노케 했다.
이에 대한 소문이 조정에 전해짐으로써 이 문제는 당쟁으로 비화되었다. 당시 서학 탄압에 앞장서온 홍낙안은 좌의정 채제공에게 윤지충의 체포와 사형을 요구하고 나섰다. 정조는 천주교 탄압을 주장하는 노론 벽파의 주장에 힘을 실어주어, 그들을 체포하라 일렀으나 도망가고 난 후라 윤지충의 숙부를 잡아 가둔다.
피해 있던 윤지충과 권상연은 윤지충의 숙부가 감금됐다는 소식에 1791년 10월 진산 관아에 자수했다. 그러나 그들은 로마 가톨릭 신앙을 버리라는 말을 듣지 않아 두 사람을 전주의 전라 감영으로 이송했다.
전라 감영에서 갖은 문초와 혹독한 고문에도 두 사람은 끝까지 신앙을 버리지 않자, 조정에서 두 사람을 처형해야 한다는 소리가 커졌고 결국 임금은 처형을 윤허했다. 이로써 윤지충과 권상연은 두 사람이 사회도덕을 문란케 하고 무부무군(無父無君)의 사상을 신봉하고 난행(亂行)하였다는 죄명으로 1791년 12월 8일 전주 남문 밖(현재 전주 전동성당 자리)에서 차례로 참수형에 처해졌다.
정조는 한편으로는 천주교 탄압을 반대하는 노론 시파의 의견을 받아들여 천주교도에 대한 박해를 더 이상 확대시키지는 않았다. 그러나 조정은 이를 둘러싸고 남인 계통이면서 당시의 상국(相國)인 채제공을 중심으로 한 소위 신서파와 이에 반대하는 홍의호 등의 소위 공서파가 대립, 1801년 신유박해로 신서파가 결정적 타격을 입을 때까지 10여 년간 암투가 계속되는 계기를 가져왔다.