초딩, 결핵 과학연구에 참여하다(2)

일반인이 시민과학자로 참여하는의약개발 시스탬 - EteRNA 체험기

이터나 사이트로 들어가니, 매우 친숙한 RNA 모형이 나타났다. 이 모형에 들어있는 공을 마우스로 움직여서 미션을 수행 하도록 설계되어 있었다. 1단계에서는 주로  규칙을 소개하고 있어 빨리 지나갈 수 있었다. 

공을 클릭하면 빨간색, 노란색, 파란색, 초록색으로 바뀐다는 것과 주어진 틀에 RNA를 맞추어야 한다는 내용이다. 화면에 등장하는 공들을 보니 염기서열을 뜻하는 AUGC 임을 금방 알아챌 수 있았다. 

다음은 1단계의 11개 레밸을 마치고 2단계 4레벨로 들어간 화면이다.

얼핏 보면 쉬워 보이지만, 규칙을 잘 이해해야 한다. 빨간색과 초록색이 결합된 부분 아래 나머지 공들은 모두 노란색이다. 이 노란색공은 A{아데닌}이다. 하지만 A는 자기들끼리 결합하지 않는다. 위 사진의 A - U - G - C 에서 보여주듯, U 하고만 붙는다. 이러한 공들의 색을 바꾸어 가며 미션이 제시하는 목표를 달성해 나가면 된다.

2단계 4레벨을 마치니 다음과 같은 화면이 나타났다.

방금 내가 한 것은 RNA의 구조를 만드는데 쓰는 하나의 "방법"인 부스팅을 한 것이다.
부스팅은 고리(loop)의 에너지를 줄이는 데에 아주 큰 역할을 한다.
각 레벨이 제시하는 조건은 에너지의 값이 음수로 되면서 주어진 모양에 RNA를 맞추는 것을 요구한다.
염기쌍들이 결합을 하면 에너지를 방출하고 내보내는데, 줄로 된 RNA는 에너지를 방출하고 고리는 에너지를 흡수하는 경향이 있다. 부스팅은 이 고리에서 흡수하는 에너지를 줄이는 역할을 하며 그 방법은 다양하다. 
부스팅에서 가장 대표적인 방법은 빨간색 G를 위 그림의 C-G 줄에서 C 아래에 붙이는 방법이다. 
줄이 연결된 고리부분에 있는 CG염기쌍을 기준으로 그 다음 염기쌍들을 바꾸는 것이라고 말할 수가 있는데,
AG, GA, UU방법이 대부분 쓰인다.

그 이외 나머지 방법들은 여기를 참조하자  http://eternawiki.org/wiki/index.php5/Boosting