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by 절세술사 Sep 15. 2020

일시적2주택 비과세 적용시 중과 배제되나요?!

1세대 1주택 비과세 적용시 고가주택의 중과 적용 여부

요 몇 년간 주택 양도세 관련하여 최대 화두는 양도세 중과세 적용이었죠. 특히나 최근에는 1세대 1주택 비과세를 적용받음에도 고가주택인 경우에는 9억원 초과분에 대하여 중과세율 적용 및 장기보유특별공제를 배제하여 충격을 받은 적이 있었는데요. 오늘은 1세대 1주택 비과세를 적용받는 고가주택의 중과세 적용 여부에 관해 살펴보도록 하겠습니다. 



▣ 서면부동산2018-3457(2019.02.14)


[제목] 조특법 제99조의2에 해당하는 주택을 보유하고, 1세대3주택자가 양도하는 주택이 고가주택에 해당하는 경우 세율 및 장기보유특별공제 적용


[요약] 『조세특례제한법』 제99조의2를 적용받는 주택을 보유하고, 일반주택을 양도할 때 양도주택이 고가주택에 해당하고, 1세대3주택자인 경우 고가주택에 해당하는 부분에 대해서는 중과세율 적용되고 장특공제 배제됨


[질의]


(사실관계)


- 2007. 12. 31. 서울 도봉 소재 상가주택(이하“A건물”) 부친으로부터 수증하여 취득 (공부상 근린생활시설, 실제사용 주택과 상가 겸용)


- 2013. 12. 11. 경기 성남 소재 아파트*(이하“B주택”) 분양계약 및 2016.10.06.소유권 등기 완료

* 조세특례제한법 제99조의2 적용대상임을 확인하는 날인을 받은 주택


- 2017.12.31. 서울 은평구 소재 아파트 취득(이하“C주택”)


- 2018.12월 A건물 양도(양도가액 9억초과)


(질의내용)


1세대가 감면주택(B주택)을 포함하여 3주택을 보유 중 일반주택(A건물)을 양도할 때 양도 하는 주택이 고가주택에 해당하는 경우 중과세율 적용 및 장기보유특별공제가 배제되는지 여부


[회신]


조세특례제한법 제99조의2에 해당하는 주택(B주택)은 소득세법 제89조제1항제3호를 적용할 때 해당 거주자의 소유주택으로 보지 아니하는 것이나, 양도하는 주택(A주택)이 고가주택인 경우에는 소득세법 제89조 제1항 제3호 단서 규정에 의해 1세대1주택 비과세 규정을 적용 할 수 없으며, 소득세법 제104조 제7항 제3호의 세율을 적용하는 것입니다.



위 사례에서 거주자는 1세대 3주택자이나 A주택 양도시 『소득세법시행령』 제155조 제1항(대체취득으로 인한 일시적 2주택 비과세 특례) 및 『조세특례제한법』 제99조의2 제2항(신축주택 취득자에 대한 양도세 과세 특례)을 동시에 적용받아 양도세 비과세를 받을 수 있습니다. 여기서 쟁점은 '1세대 1주택 비과세를 적용받는 경우로서 양도가액이 9억원 초과하는 고가주택의 경우 과세되는 9억 초과분에 대하여 중과세율 적용 및 장기보유공제가 배제되는지 여부'입니다. 

예규에 따르면 9억 초과분에 대하여는 중과세율이 적용되며 장기보유공제가 배제된다고 해석하고 있습니다. A주택 양도시 『조세특례제한법』 제99조의2를 적용받는 주택(B주택)을 제외하고도 A주택, C주택 2채가 남기 때문에 『소득세법시행령』 제167조의3 제1항 제10호에 따른 중과배제 주택에 포함되지 않아 중과세율 적용 및 장기보유공제가 배제되는 것으로 보입니다. 만약 B주택을 제외하고 A주택 1채만 남았다면 『소득세법시행령』 제167조의3 제1항 제10호를 적용받아 중과배제가 가능했을 것입니다.

이와 같은 해석은 아래 예규에서도 동일하게 해석하고 있습니다.



▣ 사전법령해석재산2019-368(2019.11.01)


[제목] 장기임대주택 특례와 일시적 2주택 특례를 동시 적용시 고가주택의 양도소득금액 및 중과세율 적용 여부 등


[요약] 장기임대주택 특례와 일시적 2주택 특례를 중첩적용하여 1세대 1주택으로 보되, 고가주택의 경우 양도가액 9억원 초과분에 대한 양도소득은 과세되며, 양도일 현재 3주택 이상인 경우 중과세율이 적용되고, 장기보유특별공제는 적용되지 않음


[회신] 위 사전답변 신청의 경우와 같이 거주자 및 거주자가 속한 세대가 거주주택과 신규주택을 보유하다 장기임대주택을 취득하고 조정대상지역 내 거주주택을 양도한 경우 거주주택과 장기임대주택이 「소득세법 시행령」제155조제20항 각 호의 요건을 충족하고, 거주주택 취득일로부터 1년 이상 지난 후 신규주택을 취득, 신규주택 취득일로부터 3년 내 거주주택을 양도한 경우에는 1세대1주택으로 보아 같은 령 제154조제1항을 적용하며, 해당 거주주택이 고가주택에 해당하는 경우에는 같은 령 제160조제1항에 따라 양도차익을 산정하는 것입니다.


또한, 이 때 적용할 세율은 「소득세법」 제55조 제1항에 따른 세율에 100분의20을 더한 세율을 적용하고, 장기보유특별공제는 적용하지 아니하는 것입니다.



위 사례 또한 마찬가지로 장기임대주택 특례와 일시적 2주택 특례를 동시에 적용받아 비과세는 가능하나, 장기임대주택을 제외하고 거주주택, 신규주택 2채가 남기 때문에 『소득세법시행령』 제167조의3 제1항 제10호에 따른 중과배제 주택에 포함되지 않아 중과세율 적용 및 장기보유공제가 배제되는 것으로 보여집니다.



▣ 『소득세법시행령』 제167조의3 제1항 제2호, 제5호, 제10호


① 법 제104조 제7항 제3호에서 "대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택"이란 국내에 주택을 3개 이상(제1호에 해당하는 주택은 주택의 수를 계산할 때 산입하지 않는다) 소유하고 있는 1세대가 소유하는 주택으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하지 않는 주택을 말한다.


2. 법 제168조에 따른 사업자등록과 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자 등록(이하 이 조에서 "사업자등록 등"이라 한다)을 한 거주자가 민간임대주택으로 등록하여 임대하는 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 주택(이하 이 조에서 "장기임대주택"이라 한다). 다만, 2003년 10월 29일(이하 이 조에서 "기존사업자기준일"이라 한다) 현재 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록을 하였으나 법 제168조에 따른 사업자등록을 하지 않은 거주자가 2004년 6월 30일까지 같은 조에 따른 사업자등록을 한 때에는 「민간임대주택에 관한 특별법」 제5조에 따른 임대사업자등록일에 법 제168조에 따른 사업자등록을 한 것으로 본다.


5. 「조세특례제한법」 제98조의2, 제98조의3, 제98조의5부터 제98조의8까지 및 제99조, 제99조의2 및 제99조의3까지에 따라 양도소득세가 감면되는 주택


10. 1세대가 제1호부터 제8호까지 및 제8호의2에 해당하는 주택을 제외하고 1개의 주택만을 소유하고 있는 경우에 해당 주택(이하 이 조에서 "일반주택"이라 한다)



한편, 똑같은 3채임에도 불구하고 중과배제되는 아래 예규를 살펴보도록 하겠습니다.



▣ 사전법령해석재산2020-738(2020.08.25)


[제목] 다주택 중과배제되는 주택의 장기보유특별공제율 적용방법


[요약] 보유기간 중 거주기간이 2년 이상인 1세대 1주택으로 보는 주택이 『소득세법시행령』 제167조의3 제1항 제12호를 적용받는 경우에는 같은 법 제95조 제2항 단서에 따른 '표2'의 보유기간별 공제율을 적용하여 장기보유특별공제액을 계산하는 것임


[질의]


(사실관계)


○ 2001.12.13. 서울 소재 A주택을 취득함


○ 2002.2월 서울 소재 B주택을 구입하고, 이를 2009.2.23. 배우자에게 증여하였으며, 2018.3.25. 임대사업 등록함

* A주택과 B주택은 각각「소득세법 시행령」제155조 제20항에 따른 거주주택과 장기임대주택 요건을 모두 갖춘 것으로 전제함


○ 2019.2.10. 서울 소재 C주택을 취득함


○ 2020.6.23. 고가주택인 A주택을 양도함


(질의내용)


○ 거주주택, 장기임대주택, 신규주택을 보유한 1세대가 거주주택을 양도함에 따라 1세대1주택 특례를 적용받아 양도가액 9억원 초과부분에 대하여 양도소득세가 과세되는 경우로서


-「소득세법 시행령」제167의3 제1항 제12호를 적용받아 중과배제되는 경우 장기보유특별공제율 적용방법(표1 vs 표2)


[회신]


「소득세법 시행령」제155조제20항에 따른 거주주택과 장기임대주택을 보유한 1세대가 신규주택을 취득한 후 거주주택을 양도하는 경우로서, 거주주택과 신규주택이 같은 영 같은 조 제1항의 특례요건을 갖춘 경우에는 이를 1세대1주택으로 보아 같은 영 제154조제1항을 적용하며, 해당 거주주택이 고가주택에 해당하는 경우에는 같은 영 제160조제1항에 따라 양도차익을 산정하는 것입니다.


또한, 해당 거주주택이「소득세법 시행령」제167조의3제1항제12호를 적용받는 경우에는 같은 법 제95조제2항 단서에 따른 ‘표2’의 보유기간별 공제율을 적용하여 장기보유특별공제액을 계산하는 것입니다.



위 사례는 앞서 본 두번째 사례와 동일하게 장기임대주택 특례와 일시적 2주택 특례를 동시에 적용받아 비과세는 가능하나, 장기임대주택을 제외하고 거주주택, 신규주택 2채가 남는 상황입니다. 그럼에도 불구하고 중과배제되며 최대 80%의 장기보유공제를 적용받을 수 있는데 그 이유는 양도하는 A주택이 소득세법시행령』 제167조의3 제1항 제12호에 따른 보유기간이 10년 이상이고 2020년 6월 30일까지 양도한 주택이기 때문입니다.

위 사례들을 쭉 살펴보면, 다주택자 중과배제 적용 여부를 결정함에 있어서는 조문 그대로 엄격하게 해석하고 있다는 생각이 듭니다. 따라서, 다주택자 중과배제 여부를 판단할 때에는 보수적으로 접근해야할 것으로 보이며, 양도세 비과세를 적용받는다 하더라도 고가주택의 경우에는 9억 초과분에 대해서는 중과세율 적용 및 장기보유배제될 수 있음에 꼭 유의해야겠습니다. 

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