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by 정동근 변호사 Jun 04. 2022

[세금전문변호사] 경정청구와 취소소송(항고소송)

1. 경정청구제도의 의의


부과처분이 없는 신고납세의 경우에는 국세청에 대한 심사청구, 조세심판원에 대한 심판청구 등 행정처분에 대한 쟁송절차가 적용되지 않습니다. 신고납세의 경우 당초 신고한 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액과 다른 경우 그 내용을 변경할 필요성이 생기는데, 이 때 당초 신고세액보다 늘리는 변경(환급세액의 경우 이를 줄이는 변경)은 국세기본법 제45조(이하 “법”이라 한다.)의 수정신고를 통하여, 반대로 신고세액보다 줄이는 변경(환급세액의 경우 이를 늘리는 변경)은 법 제45조의2 경정청구를 통하여 변경하게 됩니다.


경정청구제도의 의의는 ‘항고소송의 배타성’과 유사하게 신고납세방식에서 과오납금이 생긴 경우에 경정청구(또는 경정거부처분에 대한 취소소송)를 통하여 신고에 부여된 형식적 확정력을 배제하여 조세법률관계의 명확성과 안정성을 확보하려는 것에 있습니다(경정청구의 배타성).



2. 경정청구 종류


가. 통상적 경정청구


과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자는 ① 신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하거나, ② 신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때에 법정신고기한 후 5년 이내에 최초로 신고한 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 청구할 수 있습니다(국세기본법 제45조의2 제1항).


나. 후발적 사유에 의한 경정청구


과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 그 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때 등의 후발적 사유가 있는 경우에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날로부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있습니다(국세기본법 제45조의2 제2항).



3. 통상적 경정청구


가. 청구권자


통상적 경정청구권자는 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 납세의무자이어야 한다.


나. 청구사유


① 과세표준 등이 과대신고된 경우, 즉 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과한 때와 ② 결손금액 등이 과소신고된 경우, 즉 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달한 때에 그 세액의 감액 또는 환급세액의 증액을 요구하는 경정청구를 할 수 있습니다.


다. 경정청구기간


경정청구는 법정신고기한으로부터 5년 이내에 하여야 합니다.


- 1994. 12. 22. 경정청구기간이 1년

- 2000. 12. 29. 법 개정 시에 청구기간이 2년으로 연장

- 2005. 7. 13. 법 개정 시에 청구기간이 3년으로 연장

- 2014. 12. 23. 법 개정으로 경정청구기간이 5년으로 연장



라. 경정청구절차


1) 경정청구를 하고자 하는 자는 시행령 제25조의3 소정의 사항(경정 전의 과세표준 및 세액과 경정 후의 과세표준 및 세액 등)을 기재한 경정청구서를 관할세무서장에게 제출하여야 합니다.


2) 경정청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날로부터 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 경정청구가 이유 없다는 뜻을 청구인에게 통지하여야 하는데(국세기본법 제45조의2 제3항), 과세관청이 법정기간 내에 경정청구가 이유 없다는 통지를 하지 않으면 경정청구에 대한 거부처분으로 보아 행정소송을 제기할 수 있습니다.






4. 후발적 사유에 의한 경정청구


가. 청구권자


과세표준신고서를 법정신고기한 내에 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자가 그 청구권자가 됩니다.


나. 청구사유


통상적 경정청구의 경우와는 달리 후발적 사유에 의한 경정청구의 경우에는 그 청구사유가 국세기본법 제45조의2 제2항에 명시되어 있습니다. 대개 과세표준신고 후 또는 부과처분 후에 그 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 판결 등에 의하여 다른 것으로 확정된 때 등의 특별한 사정을 후발적 사유로 들고 있다.


국세기본법 제45조의2(경정 등의 청구) ② 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 사유가 발생하였을 때에는 제1항에서 규정하는 기간에도 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다. <개정 2015.12.15.>


1. 최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결(판결과 같은 효력을 가지는 화해나 그 밖의 행위를 포함한다)에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때

2. 소득이나 그 밖의 과세물건의 귀속을 제3자에게로 변경시키는 결정 또는 경정이 있을 때

3. 조세조약에 따른 상호합의가 최초의 신고·결정 또는 경정의 내용과 다르게 이루어졌을 때

4. 결정 또는 경정으로 인하여 그 결정 또는 경정의 대상이 되는 과세기간 외의 과세기간에 대하여 최초에 신고한 국세의 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과할 때

5. 제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후에 발생하였을 때


국세기본법시행령 제25조의2(후발적 사유) 법 제45조의2제2항제5호에서 "대통령령으로 정하는 사유"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

1. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 관청의 허가나 그 밖의 처분이 취소된 경우

2. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등의 효력과 관계되는 계약이 해제권의 행사에 의하여 해제되거나 해당 계약의 성립 후 발생한 부득이한 사유로 해제되거나 취소된 경우

3. 최초의 신고·결정 또는 경정을 할 때 장부 및 증거서류의 압수, 그 밖의 부득이한 사유로 과세표준 및 세액을 계산할 수 없었으나 그 후 해당 사유가 소멸한 경우

4. 그 밖에 제1호부터 제3호까지의 규정에 준하는 사유가 있는 경우



다. 경정청구기간


당초 경정청구기간은 후발적 사유가 발생한 날로부터 2개월 이내로 정하여져 있다가, 2000. 12. 29. 개정된 법에서는 후발적 사유가 발생한 것을 안 날로부터 2개월 이내로 그 경정청구기간이 사실상 연장되었습니다. 2015. 12. 15. 법률 제13552호로 개정법률(2016. 7. 1. 시행)에 의하여 그 청구기간이 3개월로 연장되었습니다(국세기본법 제45조의2).



대법원 2006.1.26. 선고 2005두7006 판결 【경정청구거부처분취소】


국세기본법 제45조의2 제2항 제1호에 의하면, 최초에 신고하거나 결정 또는 경정한 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때에는 제1항에서 규정하는 기간에 불구하고 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 2월 이내에 경정을 청구할 수 있도록 규정하고 있는바, 최초에 신고하거나 결정 또는 경정한 과세표준 및 세액의 계산근거가 된 거래 또는 행위 등에 대하여 분쟁이 생겨 그에 관한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때에는, 납세의무자는 국세부과권의 제척기간이 경과한 후라도 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호의 규정에 따른 경정청구를 할 수 있다.



대법원 2008.7.24. 선고 2006두10023 판결 【법인세경정신청거부처분취소】


【판시사항】

법인세 신고 당시의 사실관계를 바탕으로 그 손금귀속시기만을 달리 본 과세권자의 손금귀속방법이 위법하다는 이유로 어느 과세기간의 부과처분을 취소한 확정판결은, 그 다음 과세기간의 법인세와 관련하여 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호, 제5호, 같은 법 시행령 제25조의2에 정한 후발적 경정청구사유에 해당하지 않는다.


【판결요지】

...그런데 법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 ‘거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’라 함은 ‘거래 또는 행위 등에 대하여 분쟁이 생겨 그에 관한 판결에 의하여 다른 것으로 확정된 때’를 의미하므로( 대법원 2006. 1. 26. 선고 2005두7006 판결 참조), 원고의 법인세 신고 당시의 사실관계를 바탕으로 그 손금귀속시기만을 달리 본 피고의 손금귀속방법이 위법하다고 판단하여 부과처분을 취소한 이 사건 확정판결은 법 제45조의2 제2항 제1호 소정의 판결에 포함되지 않는다고 봄이 상당하다.


그리고 법 제45조의2 제2항 제5호 및 시행령 제25조의2 제1호 내지 제4호의 각 규정 내용에 비추어 볼 때, 위와 같이 그 손금귀속시기만을 한 달씩 늦춘 피고의 손금귀속방법이 위법하다고 판단하여 1992 내지 1995 사업연도의 법인세 부과처분을 취소한 이 사건 확정판결1996 사업연도 법인세에 대한 관계에서 법 제45조의2 제2항 제5호, 시행령 제25조의2 제1호 내지 제4호 소정의 후발적 경정청구사유에도 해당하지 않는다고 봄이 상당하다.



대법원 2002. 9. 27. 선고 2001두5989 판결 【부가가치세부과처분취소】


【판시사항】

매매계약이 해제된 경우 그 해제 전에 이루어진 부가가치세부과처분은 위법한 것인지 여부(적극) 및 과세관청의 부과처분이 있은 후에 계약해제 등 후발적 사유가 발생한 경우 이를 원인으로 한 경정청구와는 별도로 그 처분 자체에 관하여 다툴 수 있는지 여부(적극)


【판결요지】

건물에 대한 매매계약의 해제 전에 부가가치세부과처분이 이루어졌다 하더라도 해제의 소급효로 인하여 매매계약의 효력이 소급하여 상실되는 이상 부가가치세의 부과 대상이 되는 건물의 공급은 처음부터 없었던 셈이 되므로, 위 부가가치세부과처분은 위법하다 할 것이며, 납세자가 과세표준신고를 하지 아니하여 과세관청이 부과처분을 한 경우 그 후에 발생한 계약의 해제 등 후발적 사유를 원인으로 한 경정청구 제도가 있다 하여 그 처분 자체에 대한 쟁송의 제기를 방해하는 것은 아니므로 경정청구와 별도로 위 부가가치세부과처분을 다툴 수 있다.



대법원 2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 【상속세경정거부처분취소】


【판시사항】

감액경정청구에서 주장하지 아니한 사유를 경정거부처분 취소소송에서 주장할 수 있는지 여부(적극)


【판결요지】

감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 대하여 조사·확인할 의무가 있다 할 것이므로, 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체적·절차적 위법 사유를 취소 원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부라 할 것이고, 그 과세표준 및 세액의 인정이 위법이라고 내세우는 개개의 위법사유는 자기의 청구가 정당하다고 주장하는 공격방어방법에 불과한 것이므로, 감액경정청구를 함에 있어 개개의 위법 사유에 대하여 모두 주장하여야 하는 것은 아니고, 감액경정청구 당시 주장하지 아니하였던 사항도 그 거부처분 취소소송에서 새로이 주장할 수 있다.




5. 원천징수의 경우 경정청구


가. 원천징수의 경우에는 2003. 12. 30. 개정된 법 제45조의2는 제4항의 규정을 신설하여 일정한 요건 하에서는 원천징수의 경우에도 경정청구권을 인정하고 있습니다. 원천징수의무자(지급인) 뿐만 아니라 근로소득자 등 원천납세의무자도 청구권자가 되지만, 원천징수의 대상이 되는 모든 소득 중 소득세법 제73조 제1항 제1호 내지 제8호에 규정된 자, 즉 ① 근로소득만 있는 자, ② 퇴직소득만 있는 자, ③ 연금소득만 있는 자, ④ 원천징수되는 사업소득으로서 대통령령이 정하는 사업소득만 있는 자 등 과세표준 확정신고가 면제되는 자에 한하여 그 경정청구권이 인정됩니다.


2006. 12. 30. 개정된 법에서는 비거주자 또는 외국법인의 국내원천소득 중 일부 소득, 즉 소득세법 제119조 제4호부터 제8호까지, 제11호, 제12호에 해당하는 소득과 법인세법 제93조 제4호부터 제6호까지, 제9호 및 제10호에 해당하는 국내원천소득이 있는 자에 대하여도 경정청구권이 인정됩니다.


나. 원천징수의무자 또는 원천납세의무자가 경정청구를 하려면, ① 원천징수의무자가 소득세법 제137조(근로소득세액의 연말정산), 제138조(재취업자에 대한 근로소득세의 연말정산), 제143조의4(연금소득세액의 연말정산), 제144조의2(사업소득세액의 연말정산)의 규정에 의한 연말정산에 의하여 소득세를 납부하고 지급조서를 제출기한 내에 제출한 경우이거나, ② 원천징수의무자가 소득세법 제146조(퇴직소득에 대한 원천징수)의 규정에 의하여 원천징수한 소득세를 납부하고 지급조서를 제출기한 내에 제출한 경우에 한하여 경정청구를 할 수 있습니다. 경정청구는 연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한경과 후 5년 이내에 할 수 있다. 그밖에 경정청구사유나 절차 등은 다른 통상적 경정청구의 경우와 같습니다.


다. 원천징수의 대상이 되는 조세에 관하여 경정청구권이 인정되는 것은 근로소득, 연금소득, 일정한 사업소득, 퇴직소득 등의 경우에 한정되는 것이고, 그 외에 원천징수의 대상이 되는 이자소득, 배당소득, 기타소득 등에 대하여는 여전히 경정청구권이 인정되지 않습니다.



6. 지방세에 있어서의 경정청구제도


가. 과거 판례는, 경정청구에 관한 국세기본법 제45조의2의 규정이 지방세법에 의한 등록세의 부과에 준용될 수는 없고 달리 조리에 의한 경정청구권이 인정된다고 볼 여지도 없다고 하면서, 경정청구권이 인정되지 않는 경우에는 과세관청이 납세자 등의 경정청구에 대하여 이를 거부하는 회신을 하였다고 하더라도 이를 가리켜 항고소송의 대상이 되는 거부처분으로 볼 수도 없다고 판시하였습니다(대법원 1999. 7. 23. 선고 98두9608 판결).


나. 그러나 2011. 1. 1.부터 시행 중인 현행 지방세기본법은 그 제51조에 감액경정청구에 관한 규정을 신설하였는데, 그 내용은 국세기본법상의 감액경정청구 제도와 동일합니다. 이에 따라 종전에 지방세 신고납부를 처분으로 의제하던 규정은 삭제되었고, 따라서 자진 신고한 지방세의 불복청구방법은 국세의 경우와 동일합니다.



https://brunch.co.kr/@jdglaw1/261



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법무법인 조율 정동근 변호사세무사

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