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by 정동근 변호사 Apr 19. 2021

공익법인과 세금

공익법인이 세법 이외의 다른 법영역에서 논의될 때 공익법인의 설립·운영에 관한 법률(이하 '공익법인법')상 공익법인과 다른 법령상 공익법인이 있다는 점과 상속세 증여세법상 공익법인에 대한 과세제도에 대해서는 지난 포스팅에서 살펴보았습니다.

이번 포스팅에서는 법인세법,부가가치세법, 지방세법상 공익법인에 대한 과세제도에 대하여 살펴보겠습니다.

1. 법인세법상 공익법인에 대한 과세제도

우리나라의 경우 비영리법인은 원래는 법인세가 비과세되나, 수익사업에서 생기는 소득에 대해서는 법인세가 과세됩니다(법인세법 제3조 제3항). 법인세 과세와 관련하여 공익법인은 비영리법인 중 공익사업을 하는 법인이므로 비영리법인의 일종으로 볼 수 있습니다.

법인세법 제1조 제2호에서는 비영리내국법인에 ⅰ) 민법 제32조에 따라 설립된 법인 ⅱ) 사립학교법 이나 그 밖의 특별법에 따라 설립된 법인으로서 민법 제32조에 규정된 목적과 유사한 목적을 가진 법인(대통령령으로 정하는 조합법인 등이 아닌 법인으로서 그 주주(株主)ㆍ사원 또는 출자자(出資者)에게 이익을 배당할 수 있는 법인은 제외한다) ⅲ) 국세기본법 제13조제4항에 따른 법인으로 보는 단체를 포함하고 있습니다. 민법상 법인이 아니라도 세법상 법인세 납세의무자가 될 수 있습니다.

2. 부가가치세법상 공익법인에 대한 과세제도

공익법인에 대해서는 법인세, 상속세, 증여세뿐만 아니라 부가가치세상 혜택도 주고 있습니다. “종교, 자선, 학술, 구호(救護), 그 밖의 공익을 목적으로 하는 단체가 공급하는 재화 또는 용역으로서 대통령령으로 정하는 것”은 부가가치세가 면세됩니다(부가가치세법 제26조 제1항 제18호, 동법시행령 제45조).

3. 지방세법상 공익법인에 대한 과세제도

공익법인에 대해 국세만 과세상 혜택을 인정하는 것은 아닙니다. 취득세의 경우만 본다면 비영리법인에 대한 취득세 세율인하, 고유목적 직접 사용 부동산 취득에 대한 취득세 감면(추징사유 존재) 등이 인정됩니다.

지방세법상 공익법인의 용어는 없으나 학교법인 등 교육단체, 평생교육단체(지방세법 시행령 제22조 제2호), 종교단체(지방세법 시행령 제22조 제1호), 사회복지법인(지방세법 시행령 제22조 제3호) 등이 공익법인에 해당하는 것으로 보입니다. 이와 같은 공익법인이 취득하는 부동산에 대하여 취득후 유예기간(1년 또는 3년) 안에 목적사업에 직접사용하지 아니하는 경우 감면받은 취득세, 재산세 등을 추징하도록 사후관리규정을 두고 있습니다.

부동산 취득의 세율은 상속으로 인한 취득 외의 무상취득의 경우 1천분의 35인데, “대통령령으로 정하는 비영리사업자”의 취득은 1천분의 28로 규정되어 있습니다(지방세법 제11조 제1항 제2호).

이 때 비영리사업자는

ⅰ) 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체

ⅱ) 초ㆍ중등교육법 및 고등교육법에 따른 학교, 경제자유구역 및 제주국제자유도시의 외국교육기관 설립ㆍ운영에 관한 특별법 또는 기업도시개발 특별법 에 따른 외국교육기관을 경영하는 자 및 평생교육법 에 따른 교육시설을 운영하는 평생교육단체

ⅲ) 사회복지사업법에 따라 설립된 사회복지법인

ⅳ) 양로원ㆍ보육원ㆍ모자원ㆍ한센병자치료보호시설 등 사회복지사업을 목적으로 하는 단체 및 한국한센복지협회

ⅴ) 정당법 에 따라 설립된 정당 등입니다(지방세법시행령 제22조).

공익법인이라 하더라도 여기에 열거되어 있지 않으면 낮은 취득세율 적용을 받지 못합니다.

4. 공익법인의 의무

공익법인에 대해 혜택만 주는 것이 아니고 다양한 의무도 부여되고 있습니다(상속세 및 증여세법 제48조 이하).

공익법인은 고유목적사업(법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업)과 관련해서

① 출연재산을 3년 이내 직접공익목적에 사용

상속세 및 증여세법 제48조(공익법인등이 출연받은 재산에 대한 과세가액 불산입등) ② 세무서장등은 제1항 및 제16조 제1항에 따라 재산을 출연받은 공익법인등이 다음 제1호부터 제4호까지, 제6호 및 제8호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 가액을 공익법인등이 증여받은 것으로 보아 즉시 증여세를 부과하고, 제5호 및 제7호에 해당하는 경우에는 제78조 제9항에 따른 가산세를 부과한다. 다만, 불특정 다수인으로부터 출연받은 재산 중 출연자별로 출연받은 재산가액을 산정하기 어려운 재산으로서 대통령령으로 정하는 재산은 제외한다.

1. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업 등(직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우를 포함한다. 이하 이 호에서 같다)의 용도 외에 사용하거나 출연받은 날부터 3년 이내에 직접 공익목적사업 등에 사용하지 아니하는 경우. 다만, 직접 공익목적사업 등에 사용하는 데에 장기간이 걸리는 등 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우로서 제5항에 따른 보고서를 제출할 때 납세지 관할세무서장에게 그 사실을 보고하고, 그 사유가 없어진 날부터 1년 이내에 해당 재산을 직접 공익목적사업 등에 사용하는 경우는 제외한다.

출연재산을 공익목적에 직접 사용하는 것과 관련하여, 출연재산을 수익용 수익사업용으로 운용할 경우 출연재산을 직접공익목적사업에 사용한 것으로 인정됩니다. 따라서 정기예금, 채권, 부동산 임대와 같이 출연재산을 운용하여 발생한 이자,배당, 임대소득 등을 공익목적사업에 지출할 수 있습니다.

재산세과-4167 (2008. 12. 10)

공익법인 등이 출연받은 현금 등을 금융기관에 예금하여 이자 등의 소득을 직접공익목적사업에 사용하는 경우 당해 출연받은 현금 등은 직접공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것임

재산세과-912 (2009. 12. 3)

상기 공익법인이 출연자로부터 “청소년회관 연수원”건립 명목으로 현금을 출연받았으나, 출연받은 현금 만으로는 자금이 부족하여 그 현금을 Fund에 가입하여 자금을 증식하여 건립비용에 충당할 계획으로 있으며, 연수원 건립 착공까지는 약 10년 정도가 소요될 것으로 예상됨. 출연받은 재산을 직접 공익목적사업에 충당하기 위하여 수익용 또는 수익사업용으로 운용하는 경우에도 직접 공익목적사업에 사용한 것으로 보는 것임

② 출연재산 매각대금을 1년 이내 30%, 2년 이내 60%, 3년 이내 90% 이상 직접공익목적에 사용

③ 출연재산 운용소득을 1년 이내에 70% 이상 직접공익목적에 사용

④ 내국법인 주식은 발행주식총수의 5% 이하 취득 및 보유(성실공익법인 10%, 20%)

⑤ 출연자 또는 특수관계인의 이사(1/5초과) 및 임직원 취임제한

⑥ 특정기업의 광고 등 금지

⑦ 자기내부거래 금지

⑧ 특정 계층에만 공익사업의 혜택 제공 금지

⑨ 공익법인 해산시 잔여재산 국가 등에 귀속 등을 지켜야 합니다.

또한 공익법인은

ⅰ) 공익법인 출연재산 등에 대한 보고서 제출의무

ⅱ) 공익법인 결산 서류 공시의무

ⅲ) 장부의 작성·비치의무