수정 보물을 둘러싼 루팡과 다국적 기업간의 대결
이 애니메이션은 몽키 펀치 원작의 애니메이션 <루팡 3세>의 TV 스페셜 시리즈 24번째 작품으로서, 2013년에 제작되었다. 이 작품은 오랫동안 쇄국 정책을 펼쳐온 고산지대의 샤하르타 공화국의 보물을 둘러싸고, 루팡 일행과 샤하르타의 실권을 장악한 글로벌 기업 간의 쟁탈전을 그리고 있다. 스토리상 많은 비행선이 등장하며, 대부분이 CG로 묘사되어 루팡 시리즈 중에서도 CG 비중이 높은 편이다.
암스테르담 상공에서 샤하르타 공화국 개국 기념 파티가 열린 거대 비행선에 수많은 보물들이 전시된다. 이때 공중 도둑들이 나타나 가장 진귀한 보물인 수정(水晶)을 노리자, 파티에 잠입해 있던 루팡은 경비원으로 변장해 보물을 가로채기 위해 공중 도둑들과 쟁탈전을 벌인다. 공중 도둑 멤버 가운데 한 명인 젊은 미인 유티카와 가방을 뺏고 빼앗기는 와중에 루팡이 실수로 그녀의 가슴을 만지게 된다. 화가 난 유티카는 루팡의 따귀를 때리고, 루팡은 그 충격으로 가방과 함께 비행선에서 떨어진다.
루팡은 무사히 파리의 아지트에 도착하지만, 가방 안에는 보물이 아닌 라암이라는 아기와 텅 빈 케이스만 들어 있었다. 루팡 1세의 기록에 따르면, 쿠데타로 공화국이 된 샤하르타에는 왕국 시절의 보물이 숨겨져 있었는데, 루팡은 이 진정한 보물을 손에 넣기 위해 라암을 데리고 일부러 유럽의 유명 박물관들을 털기 시작한다.
한편, 샤하르타의 총리인 시온과 샤하르타의 헬륨에 대한 독점권을 가지고 있는 다국적 기업의 중역 코샬은 루팡을 유괴범으로 몰아 제니가타 경감에게 라암을 구출해 달라고 요청한다. 루팡이 유괴 따위의 허접한 짓을 했을 리 없다고 생각한 제니가타는 무언가 배후가 있음을 직감하며 수사를 시작하고, 로마에 나타난 루팡을 체포하려 하지만 놓쳐버리고 만다.
제니가타를 따돌린 루팡과 지겐 앞에 유티카가 나타나 라암을 빼앗고, 지난번의 복수를 위해 루팡을 성추행범으로 매도한다. 유티카는 라암을 데리고 공중 도둑들의 아지트로 돌아왔지만, 루팡과 지겐이 그녀를 미행하여 따라왔다. 유티카는 그들을 동료들에게 소개한다. 유티카의 동료들은 라암은 죽은 동료의 아기이며, 자신들은 라암을 보호하고, 수정과 함께 빼앗긴 샤하르타의 보물인 '영혼'을 되찾기 위해 싸워왔다고 털어놓는다.
얼마 지나지 않아 공중 도둑들의 아지트에 코샬의 부대가 들이닥쳐 왕가의 비보 절반을 빼앗는다. 공적단의 리더 지바는 루팡에게 샤하르타의 보물을 보상으로 줄 테니 유티카를 지켜달라고 부탁하며, 아내 카밀라와 함께 동료들의 도주 시간을 벌기 위해 아지트를 자폭시킨다.
자신의 아지트로 돌아온 루팡 일행은 상심한 유티카를 위로하고, 샤하르타로 향해 빼앗긴 왕가의 비보를 되찾으려 한다. 그들은 성에 잠입하며, 그곳에서 루팡은 헬륨 추출 기술 특허를 노리고 잠입한 후지코를 만난다. 유티카는 자신과 똑같이 생긴 라샤를 만나게 된다. 유티카와 라샤는 쌍둥이 자매로서, 샤하르타 왕의 딸이었다. 이때 코샬이 나타나 유티카를 잡자, 루팡은 그녀를 구하기 위해 보물의 위치가 담긴 지도를 넘겨주지만 코샬의 부하 시온의 총에 맞아 중상을 입는다. 이 광경을 목격한 제니가타는 루팡 일행을 구해주고 일시적으로 놓아준다. 유티카는 카밀라에게 배운 치료법으로 루팡을 살려내는 데 성공한다. 한편, 코샬의 비서로 잠입했던 후지코는 정체가 발각되어 빌러에게 붙잡혀 세뇌당한다.
루팡은 루팡 1세의 지인인 미스터 G와 죽은 줄 알았던 지바 일행의 도움, 그리고 본 정신으로 돌아온 후지코와 지겐의 협력을 받아 빌러를 쓰러뜨린다. 그들은 샤하르타의 보물 창고를 발견한다. 그것은 평소에는 땅속에 잠들어 있다가 중요한 때 거대한 풍선에 의해 공중에 떠오르는 거대한 그릇 모양의 구조물이었다. 그 보물 창고는 역사의 혼란 속에서 사라졌던 샤하르타의 항공 기술의 산물이었다.
모든 음모가 실패로 돌아가자 코샬과 시온은 내분을 일으켜 서로 다투는데, 그때 들이닥친 제니가타는 사건의 모든 원흉인 코샬을 체포한다. 보물 창고는 시온의 시신과 함께 호수에 추락하고 만다.
모든 사건이 종결되었다. 루팡은 할아버지가 남긴 수기에 적힌 포도 모양의 장식이 달린 코르크 마개가 진정한 보물이었다고 밝힌다. 코샬을 체포한 제니가타는 다시 본연의 임무인 루팡 체포를 위해 달려오고, 루팡은 동료들과 함께 도망길에 오른다.