휴·폐업 의료기관 진료기록보관시스템 도입과 법적 효과
의료법 제40조 개정으로 달라진 폐업 의료기관 기록 관리 제도 총정리
2025년 7월부터 시행된 ‘휴·폐업 의료기관 진료기록보관시스템’의 도입 배경, 이관 절차, 보관 기간, 법적 효과까지 정리했습니다. 폐업 의료기관 개설자와 환자가 알아야 할 핵심 내용을 제공합니다.
1. 의료정보보관시스템 도입 배경 및 개요
휴·폐업 의료기관 진료기록보관시스템(chmr.mohw.go.kr) 로그인 화면 예시
의료법은 의료기관이 폐업·휴업할 때 환자 진료기록부 등을 관할 보건소장에게 제출하도록 규정하고 있습니다. 그러나 현실적으로 대부분의 휴·폐업 의료기관이 보건소장의 허가를 받아 개설자가 직접 진료기록을 보관해오고 있었습니다. 이로 인해 환자 개인정보 유출 위험, 환자의 진료기록 열람·사본 발급 곤란 등의 문제가 지속 제기되었습니다. 특히 폐업 의사와 연락이 두절되어 환자가 본인 기록을 찾지 못하거나, 보건소에 보관된 전자의무기록(EMR)을 읽을 시스템이 없어 기록 열람이 불가능한 사례도 발생했습니다.
폐업한 의료기관의 진료기록 이전 문제:
https://www.medicaltimes.com/Main/News/NewsView.html?ID=1165772
이러한 문제를 해소하기 위해 보건복지부와 한국보건의료정보원은 ‘휴·폐업 의료기관 진료기록보관시스템’을 구축하였습니다. 2024년 말부터 일부 지역 보건소를 대상으로 약 7개월간 시범운영을 거쳐 안정성과 편의성을 검증하였으며, 2025년 7월 21일부터 정식 서비스를 개시하였습니다. 이 시스템은 폐업하는 의료기관의 전자의무기록(EMR) 데이터를 인터넷을 통해 국가 중앙 서버로 자동 이관하고 안전하게 중앙 보관하는 플랫폼입니다. 국가정보자원관리원 내 정부 서버에 데이터를 저장함으로써, 의료기관 개설자가 일일이 개인정보 보호 조치를 취하지 않아도 국가가 안전하게 관리합니다. 또한 환자는 전국 보건소를 직접 방문하거나 폐업 의사와 연락할 필요 없이 온라인 발급 포털(medichart.mohw.go.kr)을 통해 언제 어디서나 본인 진료기록을 열람·발급받을 수 있게 됩니다. 보건소 입장에서도 더 이상 기록 보관 장소를 마련하거나 수기로 자료를 찾을 필요 없이, 중앙 시스템이 이관·보관 업무를 자동대행하여 행정 인력과 예산을 절감할 수 있습니다.
요약하면, 휴·폐업 의료기관 진료기록보관시스템은 폐업 의료기관의 진료기록을 국가가 중앙에서 안전하게 보존하고 환자가 손쉽게 본인 기록을 조회·발급받을 수 있도록 2025년 하반기에 도입된 새로운 제도입니다. 이는 의료법 개정(제40조, 제40조의2 및 제40조의3 신설)과 그 하위규정 정비를 통해 법적 근거가 마련되었으며, 보건복지부 고시 「휴·폐업 의료기관의 진료기록 이관 및 진료기록보관시스템 운영에 관한 고시」(2025-120호/524호)로 세부 운영 기준이 제정되었습니다.
2. 시스템을 활용한 진료기록 이관 절차 및 요건
의료기관 개설자가 휴업 또는 폐업을 결정하면, 우선 폐업(휴업) 예정일 14일 전까지 환자들에게 폐업 일자 및 진료기록 이관·보관 방법, 사본 발급 방법 등을 안내하는 공지를 의료기관 내 잘 보이는 곳과 홈페이지 등에 게시해야 합니다(「의료법 시행규칙」 제30조의3). 이는 환자들의 기록 열람권 보장을 위한 사전조치로, 시스템을 사용하든 종전 방식을 따르든 공통적인 의무입니다.
이후 폐업 신고 시, 진료기록 이관 방법으로 진료기록보관시스템을 활용하기로 결정하였다면, 의료기관 개설자는 보건소 방문 없이 온라인으로 이관 절차를 진행하면 됩니다. 구체적인 절차는 다음과 같습니다.
이관 신청 및 계정 등록: 폐업 신고 전에 진료기록보관시스템 포털(https://chmr.mohw.go.kr)에 접속하여 의료기관 대표자 명의로 회원가입 및 기관 등록을 한다. 시스템 내에서 *이관 신청서(진료기록 이관계획)*를 제출하여 어떤 기록을 어떤 방식으로 이관할지 사전에 신고한다. (※ 참고로 보건복지부 지침에 따르면 폐업·휴업 신고 전에 시스템을 통해 진료기록 이관 신청을 해야 한다고 안내하고 있다.)
전자의무기록(EMR) 연계 이관: 현재 사용 중인 EMR 소프트웨어가 시스템과 연계된 경우, EMR 상에서 곧바로 “휴·폐업 의료기관 진료기록보관시스템으로 이관” 기능을 실행하면 전자차트 데이터가 자동으로 업로드된다. 2025년 7월 기준으로 의원급 의료기관들이 많이 사용하는 7개 주요 EMR 제품에 이관 기능이 탑재되어 있으며d, 기타 EMR을 위한 오픈API도 제공되어 대부분의 전자의무기록을 지원한다. 만약 EMR을 사용하지 않거나 연계되지 않은 경우, 시스템에 안내된 방법에 따라 진료기록 데이터 파일을 수동으로 업로드하거나, 필요 시 스캔한 이미지/PDF를 등록할 수 있다 (※ 이에 대한 구체적 지침은 보건복지부 고시 및 시스템 이용매뉴얼에서 상세히 안내).
이관 내용 확인 및 완료: 진료기록이 성공적으로 업로드되면, 시스템을 통해 이관된 기록 목록과 건수를 확인할 수 있다. 이때 환자 식별 정보와 진료내역 등이 정확히 이전되었는지 검증하고, 필요시 추가 자료를 보완한다. 모든 자료 이관이 끝나면 보건소 승인 절차가 진행되며, 시스템 상에서 해당 의료기관의 진료기록이 “중앙보관 완료” 상태로 전환된다.
위와 같은 절차를 따르면, 의료기관 개설자는 폐업 신고 시 별도로 보건소에 진료기록을 물리적으로 제출하지 않아도 되는 효과가 있습니다. 법적으로도 「의료법 시행규칙」 제30조의5제1항에서 “개설자가 보건소장에게 진료기록부 등을 이관하는 경우 진료기록보관시스템을 이용하여 이관할 수 있다”고 규정하여, 시스템을 통한 전자 이관을 정식 이관 방법으로 인정하고 있습니다. 또한 같은 조 제2항 위임에 따라 제정된 보건복지부 고시에서 이관 신청서 제출, 데이터 형식, 이관 시기 등 세부 요건을 정하고 있으므로, 이를 준수하여야 합니다.
특히 의료기관이 EMR 등 전자 형태로 진료기록을 보관해온 경우, 종전에는 이를 직접 보관하려면 보존시설(전산서버, 백업, 보안장비 등) 요건을 충족해야 했으나, 진료기록보관시스템을 통해 보관하는 경우에는 별도의 자체 보존시설 요건 증빙을 면제받습니다. 시행규칙 제30조의4제1항제3호 단서에서 “법 제40조의3에 따른 진료기록보관시스템을 통하여 진료기록부 등을 직접 보관하려는 경우에는 (보존설비 증명서류) 제출을 생략할 수 있다.”고 규정하여, 중앙 시스템 사용 시 개설자의 부담을 덜어주고 있습니다.
정리하면, 폐업 의사가 진료기록보관시스템을 활용하려면 사전 환자공지 → 시스템 회원가입 및 이관신청 → EMR 연계 또는 데이터 업로드 → 이관 완료 확인 순으로 진행하면 됩니다. 이 과정에서 관할 보건소장의 별도 허가를 받을 필요는 없으며(단, 시스템 이관 자체가 보건소 신고이자 이관으로 간주됨), 정해진 법정 이관 절차를 모두 마쳤다면 이후 추가적인 의무를 면제받게 됩니다(자세한 내용은 아래 5번 항목 참조).
3. 이관된 진료기록의 보관 주체, 보관 기간, 열람 절차
진료기록이 중앙 시스템으로 이관되면, 해당 기록의 실질적 보관자는 국가가 됩니다. 「의료법」 제40조의3에 따라 보건복지부장관이 휴·폐업 의료기관의 진료기록을 안전하게 보존·관리하기 위한 진료기록보관시스템을 구축·운영하도록 규정되어 있으며, 보건복지부장관은 이 업무를 한국보건의료정보원에 위탁할 수 있습니다(동조 제4항, 시행령 제42조제5항). 현재 한국보건의료정보원이 시스템 운영을 담당하고, 국가정보자원관리원 내의 정부 서버에 데이터를 저장하여 물리적 보관을 수행합니다. 다만 법령상으로는 환자 진료기록의 관리 책임이 관할 보건소장에게 있음을 그대로 유지하면서, 보건소장이 시스템을 통해 통합 관리하도록 역할을 부여하고 있습니다. 실제로 각 보건소는 시스템에 접속하여 자기 관할구역 내 폐업 의료기관 목록과 이관된 기록을 열람·관리할 수 있고, 필요한 경우 시스템을 통해 환자에게 기록 사본을 발급해 줄 수도 있습니다. (예컨대, 정보화에 익숙하지 않은 환자가 보건소를 방문하여 발급을 요청하면, 보건소 직원이 시스템에서 해당 환자 기록을 찾아 출력해주는 형태로 지원한다.)
중앙 보관된 진료기록은 의무기록 보존연한에 따라 보관됩니다. 의료법령에서는 진료기록부 등의 최소 보존기간을 규정하고 있는데, 주요 예시를 들면 진료기록부 및 수술기록은 10년, 검사내용·방사선사진·간호기록부·조산기록부는 5년, 진단서 등의 증명서 사본은 3년, 처방전은 2년 등으로 정해져 있습니다. 보건복지부 고시에서도 “진료기록은 법령에서 정한 보존기간 이상 중앙시스템에 보관”하도록 명시하고 있습니다. 따라서 시스템으로 이관된 자료는 각 문서 종류별로 10년, 5년 등 해당 기간 동안 국가가 책임지고 보존하며, 보존기간이 지난 기록은 관련 규정에 따라 폐기 처리됩니다. (시스템상에서도 보존기간이 만료된 건에 대해서는 관리자 승인하에 데이터를 영구 삭제하는 등 파기 절차가 운영됩니다.)
중앙 보관된 진료기록은 환자 본인이 언제든 열람 및 사본 발급을 신청할 수 있습니다. 가장 편리한 방법은 온라인 ‘대국민 포털’인 메디차트(MedicChart) 웹사이트(https://medichart.mohw.go.kr)를 이용하는 것입니다. 해당 포털에 본인확인(공동인증서 등)으로 로그인하면, 자신이 과거 이용했던 폐업 의료기관 목록과 진료기록 내역이 조회됩니다. 여기에서 필요한 문서를 선택하여 전자파일(PDF)로 내려받거나 출력물 형태로 발급 신청할 수 있습니다. 현재 포털에서 발급 가능한 진료기록은 총 17종으로, 진료기록부, 조산기록부, 간호기록부, 입·퇴원기록, 수술기록지, 처방전, 각종 검사결과지, 진단서 사본, 진료비 계산서·영수증, 진료비 세부산정내역서 등 보험청구나 자격확인 등에 주로 사용되는 서류들을 포함합니다. 이외의 진료기록(예를 들어 의료영상 원본파일 등 17종에 포함되지 않은 자료)은 현재 포털에서는 직접 발급이 어려울 수 있는데, 이 경우 관할 보건소를 통해 별도로 열람 절차를 안내받거나, 보건복지부 또는 정보원에 문의하여 도움을 받을 수 있습니다.
환자가 온라인 이용이 어려운 경우에는 보건소 창구를 통해 오프라인 발급도 받을 수 있습니다. 앞서 언급한 대로 각 보건소는 진료기록보관시스템을 통해 자기 관할 폐업의료기관 기록을 조회할 수 있으므로, 환자가 신분증 등을 지참하고 보건소를 방문하면 직원이 시스템에서 해당 환자 정보를 검색하여 필요한 기록을 출력해주는 방식입니다. 실제 시범운영 기간 동안 보건소에서 이러한 방식으로 1300건 이상의 사본 발급이 이루어진 바 있습니다. 정식 서비스 개시 후에는 환자 편의를 위해 전국 보건소와 연계한 안내를 강화하고 있으며, 궁극적으로 대부분의 환자들이 집에서 직접 본인 기록을 내려받을 수 있도록 홍보와 지원을 확대하고 있습니다.
요약하면, 중앙 시스템으로 이관된 진료기록은 국가 및 보건소가 법정기간 동안 보존하며, 환자는 온라인 포털 또는 보건소 방문을 통해 손쉽게 본인 기록을 열람·발급받을 수 있습니다. 보존기간 내에는 환자의 열람청구에 응해야 할 주체가 개설자 개인이 아니라 국가(보건소)로 전환되므로, 환자 서비스 접근성이 크게 향상되고 기록관리의 공공성이 확보되었다고 볼 수 있습니다.
다만, 시스템 활용은 아직 초기 단계이므로 의료현장에서는 이용률 제고와 기술 지원이 과제로 남아 있습니다. 보건당국은 계속해서 시스템 사용을 독려하고 있다. EMR을 전혀 사용하지 않는 한의원·치과 등도 존재하므로, 이들을 위한 기록 이관 대책(예컨대 별도의 스캔 지원 등)도 추후 보완이 필요한 부분입니다. 그럼에도 법령상으로는 시스템과 기존 방식이 동등한 선택지로 열려 있으며, 개설자는 자신의 상황에 맞게 이관 방법을 선택할 수 있다. 단, 어느 방식을 택하든 환자 안내 의무나 보존기간 준수 등 기본적인 책무는 동일합니다.
4. 시스템 활용 시의 법적 효과 및 책임 면제 요건
의료기관 개설자가 진료기록보관시스템을 통해 기록을 이관하면, 이는 곧 「의료법」상 요구되는 진료기록부 등 이관 의무를 이행한 것으로 인정됩니다. 다시 말해 보건소에 기록을 제출한 것과 동등한 효력을 가지며, 의료법 제40조 및 제40조의2에서 정한 절차를 준수한 상태가 됩니다. 의료법령에 따른 행정처분이나 벌칙 측면에서도, 정해진 기한 내에 시스템으로 이관을 완료했다면 기록 미이관으로 인한 법 위반이 성립되지 않습니다. (만약 이를 이행하지 않을 경우, 의료법 제66조 등에 따라 업무정지나 과태료 등의 처분 대상이 될 수 있습니다.)
시스템으로 기록을 넘긴 순간부터, 환자 진료기록 관리에 대한 1차 책임은 의료기관 개설자에서 보건소(국가)로 이전됩니다. 이에 따라 개설자는 더 이상 해당 진료기록의 물리적·기술적 보안조치를 직접 수행할 필요가 없고, 개인정보 유출 등에 대한 부담에서도 상당 부분 벗어나게 됩니다. 실제 보건복지부는 “이관된 전자진료기록은 국가가 운영하는 서버에 안전하게 저장되므로 개설자는 별도의 개인정보 보호·관리에 신경 쓰지 않아도 된다”고 설명하고 있습니다. 즉, 시스템을 제대로 활용한 의료기관 개설자는 법에서 요구하는 보존 의무를 이행한 것으로 보고, 이후 기록 관리상의 과실에 대해 면책되는 효과가 있다고 볼 수 있습니다.
또한 환자 응대 의무 경감도 중요한 변화입니다. 의료법 제21조 등은 환자나 보호자가 자기 진료기록 열람이나 사본을 요청하면 정당한 사유 없이 거부하지 못하도록 정하고 있는데, 폐업 후에는 이러한 의무 주체가 개설자 본인이 아닌 보건소(시스템 운영자)로 넘어갑니다. 따라서 시스템에 맡긴 뒤에는 환자가 기록 사본을 요청할 경우 직접 대응하지 않아도 되는 것이며, 환자에게는 “보건소나 메디차트 포털을 통해 발급받으라”는 안내만 하면 된다. 이는 개설자 입장에서 업무 부담 및 법적 책임의 상당 부분을 덜어주는 면제 효과입니다.
다만 이러한 책임 면제가 성립하려면 정해진 절차를 모두 준수하여 이관을 완료했어야 합니다. 구체적으로, 폐업 신고 시점까지 진료기록 전부를 빠짐없이 시스템에 등록하고, 시스템 이관 신청 등 행정요건을 갖추었으며, 환자 안내 공지도 적법하게 시행한 경우에 한합니다. 예를 들어 일부 기록 누락이나 잘못된 업로드로 인해 환자 정보가 시스템에 빠진 경우, 해당 부분에 대해서는 여전히 개설자에게 책임이 돌아갈 소지가 있습니다. 따라서 이관 단계에서 철저한 확인과 보안이 필요합니다.
한편, 시스템을 통해 기록을 이관·보관한 이후에는 국가 또는 위탁기관(KHIS)이 기록 관리의 주체가 되므로, 만약 향후 데이터 유실이나 해킹 등 문제가 발생하더라도 개설자가 아닌 국가·위탁기관이 1차적인 책임을 집니다. 이를 위해 보건복지부는 시행규칙 제30조의6을 통해 시스템 운영 기관이 갖춰야 할 기술적·물리적 보안설비 기준을 규정하고, 고시로 세부 보안지침을 두고 있습니다. 예컨대 이중 백업, 접근통제, 암호화 등으로 법정 보존기간 동안 데이터의 완전성을 지켜야 하며, 만약 이를 소홀히 해 사고가 발생하면 운영 기관이 법적 책임을 지게 됩니다. 개설자는 이를 신뢰하고 맡긴 것이므로, 본인이 고의·중과실로 유출한 것이 아니라면 2차적 법률적 책임을 질 가능성은 낮다고 하겠습니다.
정리하면, 의료정보보관시스템을 활용함으로써 폐업 의료기관 개설자는 진료기록 이관 의무를 적법하게 완료하고, 이후 기록 보관 및 열람 대응에 관한 법적 책임을 면제받는 효과를 얻습니다. 이러한 제도적 장치는 폐업 의사의 부담을 경감시킴과 동시에 환자들의 권익을 보호하려는 취지이며, 실제 보건복지부도 “진료기록보관시스템 개통으로 개설자는 진료기록 보관 부담이 경감되고 환자는 편리성이 크게 향상될 것”이라고 평가하고 있습니다. 다만 면제가 곧 완전한 무책임을 의미하는 것은 아니므로, 폐업 시 규정된 절차를 성실히 이행하는 것이 중요합니다. 특히 시스템 이관을 선택한 경우에도 환자 안내, 제때 이관, 데이터 검증 등의 의무를 다해야 하며, 이를 준수할 때 비로소 법이 부여하는 책임면제의 혜택을 받을 수 있다는 점을 유념해야 합니다.
참고자료: 보건복지부 고시 제2025-524호(휴·폐업 의료기관 진료기록 이관 및 진료기록보관시스템 운영)
법무법인 비에이치에스엔 오승준 변호사
https://blog.naver.com/perro_law
