고시원인 줄 알았는데 주택이라 중과세?

'취득 시기' 하나로 양도세 환급받은 비결

by 김미래 변호사

부동산을 양도할 때 가장 무서운 것이 바로 '양도소득세 중과'입니다. 특히 근린생활시설(고시원 등)로 등기되어 있지만 실제로는 주택(원룸)으로 사용하여 다주택자 중과세를 맞는 경우가 비일비재합니다.


오늘은 "고시원을 주택으로 보아 세금 폭탄을 맞았지만, '취득 시기'라는 결정적 카드를 찾아내어 일반세율 적용(환급)을 이끌어낸 최신 승소 사례를 소개해 드리고자 합니다.


이 사건은 이미 한 차례 소송에서 패소했음에도 불구하고, 새로운 법리로 접근하여 대반전을 이뤄낸 의미 있는 판결입니다.


1. 사건의 발단: 고시원인가, 주택인가? (세금 폭탄의 시작)


원고들은 2002년 땅을 사서 2011년 11월, 지상 5층짜리 건물을 신축했습니다. 이 건물의 2~4층은 공부상 고시원(근린생활시설)이었지만, 실제로는 각 호실에 싱크대, 세탁기, 화장실 등을 넣어 '원룸형 주택'으로 임대하여 왔습니다.


원고들은 2018년 건물을 매도하고, 위 건물을 '상가(고시원)'로 보아 일반세율로 양도세를 신고했습니다.


하지만 세무서(피고)는 "실질이 주택(원룸)이니 이는 다주택자가 주택을 판 것이다"라며 장기보유특별공제를 배제하고 중과세율을 적용해 거액의 세금을 부과했습니다. 의뢰인은 이에 불복해 소송을 제기했으나, '실질과세 원칙'에 따라 1차 소송에서 패소(대법원 기각)하고 말았습니다.


2. 반전의 서막: "2009년~2012년 사이, 그때 무슨 일이 있었나?"


핵심 법리: 소득세법 부칙 제14조


과거 부동산 경기 침체기였던 2009. 3. 16. ~ 2012. 12. 31. 사이에 취득한 자산은, 나중에 팔 때 다주택자라 하더라도 무조건 일반세율을 적용한다는 특례 조항이 있었습니다.


원고들은 이 조항을 근거로 "설령 이 건물이 주택이라 하더라도, 취득 시기가 특례 기간인 2011년이므로 중과세가 아닌 일반세율을 적용해야 한다"며 다시 경정청구를 신청했습니다.


3. 세무서의 거부처분과 법원의 판단


세무서는 환급을 거부했습니다. 이유는 두 가지였습니다.


"기존 건물을 부수고 새로 지은(재축) 것이므로, 진정한 의미의 '취득'으로 볼 수 없다."
"이미 소송에서 졌는데 이제 와서 또 따지는 것은 안 된다."


하지만 서울행정법원은 납세자의 손을 들어주었습니다.


① 재건축도 '취득'이다 (승소 이유 1)


법원은 "세법을 엄격하게 해석해야 한다"며, 특례 조항이 '취득'의 형태를 제한하지 않았으므로 건물을 신축하여 원시취득한 경우도 당연히 포함된다고 보았습니다. 옛 건물을 헐고 새로 지었다고 해서 혜택을 배제할 법적 근거가 없다는 것입니다.


② 실질이 주택이면 혜택도 주택으로 (승소 이유 2)


세무서가 중과세를 할 때는 "실질이 주택이다"라고 해놓고, 혜택을 줄 때는 "공부상 고시원이었으니 주택 취득이 아니다"라고 하는 것은 모순이라고 보았습니다. 법원은 "신축 당시(2011년)부터 취사시설 등을 갖춘 주택이었으므로, 특례 기간 내에 '주택'을 취득한 것이 맞다"고 판단했습니다.


③ 절차적 정당성 (승소 이유 3)


비록 1차 소송에서 '주택 여부'를 다퉈 패소했더라도, 경정청구 기간(5년) 내라면 '세율 적용의 착오'를 이유로 다시 바로잡아 달라고 청구할 권리가 있다고 판시했습니다.


4. 시사점: 끝날 때까지 끝난 게 아니다


이번 사건은 '사실관계(주택인가 상가인가)'에서 졌더라도, '법리(특례 조항 적용)'를 꼼꼼히 검토하면 결과를 뒤집을 수 있음을 보여준 사례입니다.


매수/신축 시기 체크: 본인이 소유한 부동산(특히 주택)이 2009. 3. 16. ~ 2012. 12. 31. 사이에 취득(잔금 청산 또는 사용승인)한 것인지 확인해보세요. 다주택자 중과세가 배제되는 '황금 티켓'일 수 있습니다.


용도변경 리스크 관리: 근린생활시설을 주택으로 개조해 사용하는 경우, 양도세 폭탄의 위험이 큽니다. 하지만 이 경우에도 위와 같은 특례 기간 취득 자산이라면 일반세율 방어가 가능합니다.


포기하지 않는 대응: 과세 예고 통지를 받았거나 1차 불복에서 졌더라도, 세법의 부칙이나 특례 규정을 면밀히 살피면 구제받을 길은 열려 있습니다.


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