유학알선용역을 공급하고 그 대가로 수수료를 받기로 한 경우에는 당해 수수료에 해당하는 금액이 매출이 된다.
유학원의 알선수수료와 학생이 부담할 학비 등을 구분하여 계약하지 않으면 전체금액을 매출로 신고하여야 한다.
고객으로부터 받은 금액이 유학원에 귀속될 금액과 제3자에게 지급할 금액을 구분되지 않거나 수입금액에 일괄 계상된 경우에는 전액을 부가가치세 과세표준으로 본다(국세심판원).
유학원은 수수료를 받고 해외유학에 필요한 수속을 밟아준다. 보통 상담 완료 후 제반서류를 외국에 송부하면 입학허가서가 유학원에 송부되는 것이 아니고 유학을 희망하는 학생에게 직접 송부된다. 그 후 유학생 스스로가 차후 절차를 밝을 수 있다.
외국의 교환학생 프로그램을 운영하는 외국기관과 동 프로그램에 참가할 학생의 모집, 학생에 대한 참가절차 안내, 지원서 제출 등의 용역을 제공하고 그 대가를 2회에 걸쳐 나누어 받는 경우 거래 시기는 용역제공이 완료된 때 거래한 것으로 본다. 즉 그 때 세금계산서를 발행하고 부가가치세 신고를 한다. 대가를 프로그램 참가자로부터 받는 경우에는 영세율을 적용하지 않는다.
세무조사를 한 세무서는 유학원이 입학허가를 얻기 위한 제반서류가 외국으로 송부된 때에 용역의 제공이 완료된 것으로 보아 부가가치세 신고를 하여야 한다고 판단했다. 조세심판에서도 이를 인정하였다(국심84서759, 1984.7.28.). 일부 유학원은 해외유학 알선수수료 수입은 등록 시(상담을 거쳐 학교의 선택과 함께 서류를 갖추어 유학을 의뢰하는 때)에, 대금을 전액 받은 경우에 매출로 계상한다. 일부 유학원은 학생이 입학허가서를 받아서 알선대가의 잔금을 수령하는 때에 부가가치세를 신고한다. 그러나 대금을 일부만 받은 경우에도 매출로 계상하여야 한다. 일부 대금을 선수금 계상하였다가 잔금 수령 시에 매출로 계상하면 안 된다.
일부 유학원들은 차명계좌로 돈을 받다가 발각된다. 국세청 전산망에는 모든 사람과 기업의 금융거래를 보관한다. 전산망에 의하여 정밀하게 분석되고 탈세혐의를 포착하기 때문에 유학원들이 걸려 세무조사를 받는다. 또한 검찰조사도 받는다. 결국 탈세로 조세범으로 유죄판결을 받았다(대법원 1999. 11. 26. 선고 98두10424 판결 등 참조). 차명으로 입금된 금액은 특별한 사정이 없는 한 매출누락으로 본다. 또한 받은 금액 상당부분을 유학생들의 학비, 항공료 등이라고 하더라도 장부를 부실하게 작성하고 증빙서류 또한 충분하지 않으면 인정되지도 않았다(서울행법2014구합16583, 2017.6.9.). 고등법원에 항고했지만 당초 판결은 인정되었다(서울고법2017누66338, 2018.6.14.).