지식산업센터 아파트형공장: 세금과 회계

by 지식인의 서재 김근수

Nov 10. 2021

아파트형공장 또는 지식산업센터의 기장대리, 회계와 세무

다음은 아파트형공장 또는 지식산업센터 관련 세법과 관련된 국세청 예규 전체를 요약한 자료입니다.

실제로 실무적으로 적용할 때는 검토가 필요하니 당사의 자문을 받으시기 바랍니다.

●아파트형공장 또는 지식산업센터 건설에 대한 세금

•개요

아파트형공장의 설치자는 건물 사용검사 일부터 몇 년 동안 비업무용부동산으로 보지 않습니다.

아파트형공장을 분양받아 완공되면 실제 입주하여 사업을 운영하려고 하는 경우 입주 전에 영위하려는 사업자등록을 하여야 부가가치세부분을 환급받을 수 있습니다.

지식산업센터의 설립완료 신고는 등록면허세의 과세대상입니다.

지식산업센터 감면과 조세특례제한법의 다른 감면이 중복되는 경우 감면비율이 높은 규정을 적용 받을 수 있습니다.

•취득세 등의 감면

지식산업센터를 설립하는 자에 대해서는 시설용으로 직접 사용하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산과 사업시설용으로 중소기업을 대상으로 분양 또는 임대하기 위하여 신축 또는 증축하여 취득하는 부동산에 대해서는 2022년 12월 31일까지 취득세를 35% 경감해줍니다. 그러나 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 착공하지 아니한 경우나 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 분양ㆍ임대하는 경우에는 추징합니다(지방세법 제58조의 2 제1항 제1호).

아파트형공장을 설립하기 위하여 건축물을 취득한 후 아파트형 공장으로 용도변경 및 대수선공사 허가를 받고 1년 이내에 아파트형 공장으로 분양한 경우 면제대상입니다.

지식산업센터를 신축하여 취득세를 면제받은 후 사업시설용으로 임대하였다가 분양한 경우 추징대상에 해당되지 않을 수 있습니다.

지식산업센터의 설립승인에 대한 변경승인을 받는 경우 사업시행자가 변경되었다고 하더라도 문제가 없습니다.

설립승인을 받기 전에 취득세를 신고납부 한 이후 설립승인을 받아 지식산업센터로 사용한다 하더라도, 기 납부한 취득세는 환급대상이 되기는 곤란할 것으로 보입니다. 지식산업센터 설립자로서 설립승인을 받은 후에 취득해야 할 것 같습니다. 멸실하고 신축하거나 증축한 경우에는 적용될 수 있습니다.

아파트형공장 또는 지식산업센터 설립 승인을 받은 자가 토지신탁사업약정 및 권리의무승계계약을 맺었으나 그 수탁자가 설립에 대해 시장ㆍ군수 또는 구청장의 변경승인을 받지 아니한 경우 설립승인을 받은 자에 해당한다고 보기 어렵습니다. 지식산업센터 설립자 승인을 받은 후 신탁계약을 통하여 모든 권리와 의무를 수탁자에게 이전하였고, 수탁자가 지식산업센터의 설립자 변경 승인을 받아 당초 목적대로 지식산업센터를 신축한 경우 감면이 가능할 수 있는 경우가 있습니다. 그러나 지식산업센터 취득세를 경감 받은 자가 신탁회사로 소유권이전등기를 한 경우 추징한다는 사례도 있으니 유의하여야 합니다.

아파트형공장 설립목적으로 토지를 취득하여 취·등록세를 면제받은 후, 이를 신탁하여 신탁회사 명의로 공장을 설립한 경우 당초 목적대로 공장을 설립하였다면, 감면대상에 해당됩니다.

아파트형 공장의 건축으로 취득세와 등록세를 면제받은 후 다른 법인에게 흡수합병 되어 계속 아파트형공장 용도로 분양하는 경우 정당한 사유에 해당할 수 있습니다.

각각의 토지에 공동명의로 아파트형공장을 신축하여 사용승인을 받은 후 토지 지분만을 교환한 경우 추징대상이 아닐 수 있습니다.

인근주민의 민원제기와 관할관청의 건축심의 등에 따른 착공 지연은 법령에 의한 금지, 제한 또는 행정관청의 귀책사유 등 당해 법인으로서는 어쩔 수 없는 외부적으로 불가피한 ‘정당한 사유’로 보기는 어려울 수 있습니다. 아파트형공장 설립자의 자금사정은 정당한 사유가 아닙니다.

지식산업센터 설립자가 입주가 불가능한 업종을 영위하는 자와 분양계약을 체결한 경우 및 수분양자가 분양계약 체결 이후 임대업으로 변경하거나 직접 사용하지 않고 임대하는 경우에는 취득세가 추징될 수 있습니다.

분양계약 체결 당시 입주요건을 구비하지 않은 상태에서 분양한 후 분양받은 사업자가 임대한 경우 추징됩니다.

아파트형 공장을 분양받은 자가 다른 용도로 사용하였다고 하여 분양자에게 면제한 취득세 등을 부과할 수는 없다고 봅니다.

아파트형공장의 토지매입대금을 향후 건축할 아파트형공장으로 대물 변제하여 소유권이 이전될 경우 당해 물건이 계속 공장용도로 사용하는 경우라면 취득세 및 등록세가 추징되지 아니할 수 있습니다.

•취득세 감면에서 제외되는 부분

아파트형공장건물내의 지원시설인 근린생활시설은 입주업체의 생산 활동을 지원하기 위한 시설로써 감면대상이 되지 아니하며, 창고의 경우 입주법인이 공장을 운영하면서 사업특성상 필요로 하여 취득하는 경우라면 감면대상이 됩니다.

지식산업센터의 사업시설용만 감면하고 종업원의 복지증진을 위하여 필요한 시설은 사업시설용에서 제외합니다. 다만, 공용부분으로 사용되는 회의실 및 강당은 감면대상인 사업시설용으로 볼 수 있습니다.

아파트형공장을 최초로 분양받은 후 직원식당으로 사용하기 위하여 아파트형공장 인근의 근린시설을 취득등기 하는 경우는 면제되기 어렵습니다.

•정당한 사유의 범위

정당한 사유란 법령에 의한 금지ㆍ제한 등 외부적 사유는 물론 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적 사유도 포함합니다. 인근 주민들과 학교법인의 민원제기 및 건축허가 지연 등으로 인해 1년 이내 건축공사에 착공하지 아니한 경우가 이에 해당하는지 여부는 사실판단 할 문제입니다.

●아파트형공장 또는 지식산업센터 분양 취득자에 대한 취득세 감면

•감면의 내용

지식산업센터를 설립하는 자가 지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 중소기업 입주자에 대해서는 2022년 12월 31일까지 사업시설용으로 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 50%를 경감해줍니다. 다만, 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우나 그 취득일부터 5년 이내에 매각ㆍ증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우 추징됩니다(지방세법 제58조의 2 제2항 제1호). 또한 과세기준일 현재 사업시설용으로 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 37.5%를 2022년 12월 31일까지 경감해줍니다(지방세법 제58조의 2 제2항 제2호).

아파트형공장 설립자가 신축한 아파트형공장이 신탁회사에 신탁되어 신탁관계가 해지되지 않은 상태에서 신탁회사와 중소기업자간에 부동산매매계약이 체결된 경우 취득세 등 감면대상에 해당하지 않습니다.

아파트형공장을 분양받은 자가 정부정책의 변경으로 사업기간이 연장되어 사업시행자의 소유권보존등기가 지연된 경우 등록세 감면 유예기간 2년의 기산일은 사업시행자의 소유권보존등기일로 봅니다.

아파트형공장을 최초로 분양받은 자가 해약하여 새로 분양받는 경우 인정됩니다.

지식산업센터 설립과 관련하여 신탁관계에도 불구하고 당해 지식산업센터를 설립한 자로부터 최초로 분양받은 입주자로 보는 것이 입법취지 등에 비추어 합리적이라고 봅니다.

취득 부동산에 대하여 기업부설연구소 감면으로 취득세 등을 감면받은 후, 일부 기업부설연구소로 인정받지 못한 면적에 대해서 취득 당시부터 존재하였던 지식산업센터 감면요건을 충족하고 있다면, 지식산업센터 감면규정을 배제할 수는 없다는 의견입니다.

•감면에서 제외되는 경우

아파트형공장을 취득한 후 동 공장 내 창고를 임대한 경우 추징대상입니다.

자금사정, 수주물량 부족, 부도 등 회사 내부사정으로 인하여 임대하는 것은 정당한 사유가 아닙니다.

경찰수사를 받고 언론에 노출되어 영업상 어려워지는 것은 정당한 사유가 아닙니다.

경감 받은 법인이 지식산업센터 비 감면대상 업종을 겸업하고 있는 경우 기 면제한 취득세의 추징대상이 됩니다. 이때, 감면업종과 비 감면 업종으로 사용하는 면적을 안분하여 추징하는 것이 원칙이나 어려울 경우 다른 방법을 사용합니다.

직원뿐만 아니라 아파트형 공장에 입주한 다른 업체의 직원도 이용케 하는 경우 추징됩니다.

취득세 등을 면제받았으나 일부 면적을 임대함으로써 추징되는 경우 중과세될 수 있습니다.

지식산업센터를 취득한 날로부터 약 2년이 넘어 벤처기업 확인 유효기간이 종료되었으나 재차 벤처기업 확인 요청을 하지 않아 벤처기업 확인을 받지 않은 경우 감면된 취득세가 추징될 수 있습니다.

취득 후 흡수합병 되더라도 당초 목적에 사용하는 경우 문제가 없습니다.

아파트형 공장을 최초로 분양받아 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하지 아니하고 매각하는 경우라면 등록세의 중과세 추징대상이 되는 것이고, 취득한 날부터 2년 이상 당해 업종에 직접 사용하였으나 그 취득한 날부터 5년 이내에 매각하는 경우에는 기 면제한 등록세의 일반과세 추징대상이 됩니다.

아파트형 공장을 취득 후 동종업종의 다른 법인에게 흡수합병 되어 존속법인이 소멸법인의 사업을 포괄승계하고 합병으로 취득한 당해 부동산을 소멸법인이 취득한 목적대로 직접 사용하는 경우 인정됩니다.

•과점주주의 과세문제

아파트형공장을 취득할 당시에 취득세를 면제받았다 하여 당해 법인의 과점주주에게도 납세의무가 없는 것은 아닙니다.

●아파트형공장 또는 지식산업센터 분양과 부가가치세

지식산업센터를 신축ㆍ분양하는 경우 분양가액 중 토지와 건물가액의 구분은 분양계약상 합의된 실지거래가액에 따르는 것이며 실지거래가액으로 구분한 토지의 가액과 건물의 가액이 건물의 규모와 형태, 제3자간에 일반적으로 거래된 가격 등 사회통념에 비추어 합당하다고 인정되지 아니하여 불분명한 경우에는 그 건물의 가액은「부가가치세법」에 따라 계산합니다. 이 경우, 사업자가 토지와 건물의 가액을 구분하기 위하여 총 분양가액을「부가가치세법」에서 정한 방법으로 안분계산 할 때에 적용되는 토지의 기준시가는 건축허가 조건으로 공공용지로 기부채납 되는 토지를 제외한 지식산업센터 건설용 토지의 기준시가가 됩니다.

건물의 준공 전에 분양이 완료된 아파트형공장 건설 분양의 경우 분양이 완료되면 공급가액이 확정된 것으로 볼 수 있으므로 확정되는 과세기간은 분양이 완료된 과세기간이 됩니다. 과세ㆍ면세사업의 공급가액이 계속적으로 여러 과세기간에 걸쳐 발생되어 그 비율이 변동되는 경우의 총 공급가액은 공급가액이 발생된 전체과세기간의 공급가액 합계액을 말하는 것이므로 건물의 준공 전에 분양이 완료된 경우, 분양이 완료된 과세기간에 각 사업현장별 총 공통매입세액에 대하여 전체과세기간의 총 공급가액과 총 면세공급가액의 비율에 의하여 정산합니다.

아파트형공장 신축 분양 회사가 중간지급조건부로 세금계산서를 교부하면서 잔금은 분양계약서에 ‘별도통보로 하고 건물의 준공검사가 완료됨에 따라 분양받은 업체에게 입주기간을 정하고 그 기간 중 잔금을 불입하고 입주할 것을 통보하면, 입주기간 중 먼저 키를 받아 입점업체의 기호에 따른 인테리어공사를 하고 추후 실지 입주하는 경우에 언제를 세금계산서 발행일로 할지가 모호합니다. 이 경우 잔금청산일, 입주지정일, 실제입주일 등을 감안하여 발행일을 정합니다. 상세한 것은 당사와 상의하기 바랍니다.

지식산업센터를 신축 분양 허가를 받아 건설회사에서 신축대금을 부담하고 준공 후 분양대금에서 신축대금을 가져가고 신축공사가 완료되면 정산하여 발생한 이익금 중 건설회사에서 50%를 공사잔금에 추가하여 받아가는 조건으로 계약을 제안하고 있으며 손실발생시 동일한 비율로 손실을 부담하기로 한 경우 당해 사업자가 지급받거나 지급할 금액이 확정되는 때에 수정세금계산서를 교부합니다.

아파트형공장을 신축 분양하는 사업자가 중간지급조건부로 아파트형공장을 공급하는 경우에 있어서 입주지정기한까지 잔금을 받지 못한 상태에서 그 입주지정종료일에 잔금에 대하여 세금계산서를 교부한 경우로서, 당초 수분양자가 입주지정기간이 종료한 후에 잔금을 미납한 상태에서 타인에게 양도하는 경우, 당초 수분양자가 타인에게 전체를 양도한 것으로 보아 세금계산서를 교부합니다.

개인사업자가 동일번지 내에 2개의 사업자등록이 있는 상태에서 사업장이전 목적으로 아파트형공장을 취득하여 계약금 및 3차중도금까지는 A사업자번호로 교부받아 매입세액을 공제받고 잔금청산 시 분양회사에서 A사업장의 업종이 당해 아파트형공장과 맞지 않아 B사업자등록번호로 세금계산서를 교부받아 매입세액을 공제받은 경우로서 A사업장 및 B사업장은 아파트형공장으로 이전하여 사업자등록 정정신고를 한 경우는, 사업자가 자기의 사업과 관련하여 생산하거나 취득한 재화를 부가가치세가 과세되는 사업을 위하여 직접 사용ㆍ소비하는 경우에 해당합니다.

법인이 개인사업자가 최초로 분양받은 아파트형공장 분양계약에 대하여 분양권을 양수도하기로 계약을 체결하면서 잔금 지불 완료시 법인이 부동산에 관한 권리의무를 승계하기로 하였으나 잔금을 지급하지 아니한 경우 이용 가능하게 되는 때를 그 공급시기로 봅니다. 사업자가 취득한 아파트형공장 분양권을 양도 시 중간지급조건부 거래에 해당하지 아니하는 경우 그 공급 시기는 재화가 이용가능하게 되는 때로 잔금을 기준으로 합니다.

아파트형공장 분양은 과세와 면세가 함께 있으므로 분양수수료 등 매입세액은 전액 공제되는 것이 아닙니다.

●재산세의 경감

지식산업센터 사업시설용으로 직접 사용하거나 그 사업시설용으로 분양 또는 임대 업무에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 2022년 12월 31일까지 재산세의 37.5%를 경감해줍니다(지방세법 제58조의 2 제1항 제2호).

지식산업센터 지원시설용으로 건축 중인 토지에 대해서는 재산세 경감대상이 되지 않을 것 같습니다.

지식산업센터의 설립승인을 받은 자의 토지로서 지식산업센터 입주시설용로 직접 사용하거나 분양 또는 임대하기 위해 지식산업센터를 신축 또는 증축 중인 토지와 지식산업센터를 신축하거나 증축한 토지로서 지식산업센터 입주시설용으로 직접 사용(재산세 과세기준일 현재 60일 이상 휴업 중인 경우는 제외)하거나 분양 또는 임대할 목적으로 소유하고 있는 토지(임대한 토지를 포함)는 재산세를 분리과세 합니다. 다만, 지식산업센터의 설립승인을 받은 후 최초로 재산세 납세의무가 성립한 날부터 5년 이내로 한정하고, 증축의 경우에는 증축에 상당하는 토지 부분으로 한정합니다.

지식산업센터 설립승인을 받고, 착공하지 않은 경우에는 그렇지 않습니다.

기존부동산을 지식산업센터로 용도 변경하는 경우도 가능할 것으로 보입니다.

지식산업센터를 신축하거나 증축하여 설립한 자로부터 최초로 해당 지식산업센터를 분양받은 중소기업으로서 사업에 직접 사용(재산세 과세기준일 현재 60일 이상 휴업 중인 경우와 타인에게 임대한 부분은 제외)하는 토지(지식산업센터를 분양받은 후 최초로 재산세 납세의무가 성립한 날부터 5년 이내로 한정)에 대해서는 재산세를 분리과세 합니다(지방세법시행령 제102조 제8항 제6호).

지식산업센터 내에 있는 기숙사를 분양, 매매, 임대 할 수 있더라도 해당 기숙사는 종업원의 복지증진을 위한 시설로써 일반인의 자유로운 분양ㆍ매매ㆍ임대가 가능한 주택과 동일하게 재산세를 부과하지 않습니다.

●아파트형공장 또는 지식산업센터의 양도와 세금

사업자가 신축중인 아파트형 공장의 분양권을 계약금만 지급받고 중도금은 대출금을 승계하는 조건으로 양도하는 경우로서 당초 분양계약서상 권리의무승계일 이후 중도금에 대한 대출승계가 이루어진 경우, 해당 분양권 양도의 공급 시기는 해당 분양권이 이용가능하게 되는 때서 중도금에 대하여 대출승계가 이루어진 때입니다.

하나의 사업자등록번호로 2개 이상의 인접한 사업장에서 제조업과 아파트형공장 임대업을 각각 영위하다가 그 중 부동산임대업 사업장을 양도함에 있어 임차인의 권리 등 당해 부동산임대업 사업장에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 경우에는 당해 부동산임대업의 동일성을 상실하지 아니하는 범위 내에서 은행차입금 등 일부 부채를 제외하는 경우에도 사업의 양도로 볼 수 있습니다.

각 호별로 구분 등기된 아파트형공장을 하나의 사업자번호로 등록하여 하나의 임차인에게 임대하던 중에 반으로 나누어 임대차계약 및 임대보증금 등 임대사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 경우 사업양도로 볼 수 있습니다. 조심할 것은 아파트형공장을 임차인에게 승계하는 경우는 제외될 수 있습니다.

●관리용역업체 입주자대표회의 회계

아파트형공장의 관리용역업체가 용역비에 대한 세금계산서는 입주자 대표회의가 아니라 실제 관리용역을 공급받는 입주자가 받는 것입니다.

아파트형공장 입주자대표회의가 아파트형공장의 구분소유자들로부터 징수하여 적립한 장기수선충당금을 재원으로 그 구분소유자들을 대신하여 방수공사를 한 후 입주자대표회의 명의로 세금계산서를 발급받은 경우 해당 입주자대표회의는 발급받은 세금계산서의 공급가액 범위 안에서 실제로 해당 공사의 용역을 공급받은 구분소유자들에게 세금계산서를 발급할 수 있습니다. 그러나 사업자로 등록하지 않은 경우 가산세 대상이 아닙니다.

아파트형공장의 입주자들이 납세의무가 없는 자치관리 기구를 조직하여 고유번호를 부여받는 경우에 있어서 입주자들이 실지로 소비하는 재화 또는 용역에 대하여 명의자인 당해 공단의 자치관리기구가 세금계산서를 교부받은 경우에 당해 명의자인 자치관리 기구는 그 교부받은 세금계산서에 기재된 공급가액의 범위 안에서 당해 재화 또는 용역을 실지로 소비하는 입주자들에게 세금계산서를 교부할 수 있습니다. 이 경우 사업자인 입주자들은 당해 교부받은 세금계산서상의 매입세액에 대하여 매출세액에서 공제받을 수 있습니다.

전력을 공급받는 명의자가 일반과세자가 아닌 경우 세금계산서를 교부할 때에는 간이과세자등록번호ㆍ면세사업자등록번호 또는 고유번호 등을 기재하여 일반과세자의 세금계산서 교부요령에 따라 교부합니다.

아파트형공장 입주자들이 입주자조합을 구성하여 건물자체관리를 하면서 실지 소요된 비용만을 각 입주자에게 분배하여 징수하거나 전기료, 수도료 등 제세공과금 등 공공요금을 별도로 구분 징수하여 단순히 납입만을 대행하는 경우에는 사업자에 해당하지 않습니다. 다만 주차장관리나 건물 수리 등 재화나 용역을 제공하는 경우에는 사업자에 해당합니다.

아파트형공장의 입주회사 대표들이 관리공단협의회를 구성하여 별도의 관리 동을 두고 자치관리를 함에 있어서 당해 관리 동으로 사용하는 건물 공간 중 관리사무소로 사용되는 공간을 제외한 나머지 건물공간을 당해 아파트형공장의 입주회사에게 공판장, 전시장, 강당 등으로 사용하게 하고 사용료를 받는 경우에는 용역의 공급에 해당됩니다.

아파트형공장 관리사무소가 입주자들이 모여 만든 비영리 자치단체로서 고유번호를 부여받고 아파트형공장 입주자로부터 관리비 외에 별도로 징수하는 주차료는 비영리법인의 수익사업에 해당됩니다. 따라서 일반사업자와 같은 취급을 받으므로 고유번호를 반납해야 합니다. 이렇게 상가 관리업무와 주차장 과세사업을 겸하는 경우 주차장운영관련 매입세액 중 과세사업과 관련된 매입세액은 일반사업자와 동일하게 취급됩니다.