리처드 도킨스가 과학으로 종교를 부정하지만 스티븐 제이 굴드(Stephen Jay Gould, 1941~2002) 같은 사람은 과학과 종교는 그 영역이 다르다는 분리주의 입장이다. 설령 과학이 종교의 기원을 진화론이나 뇌인지 과학으로 설명하려고 하더라도 여전히 종교는 과학과는 다른 영역이라는 주장이다. 자연과학이 그 방법에 충실하려면, 자연과학은 경험의 지평을 넘어 확대하여 판단하는 일이 없어야 한다는 입장이다. 궁극적인 실재—그리스도교는 그것을 하느님이라고 부른다.—는 확인할 수 없고 분석할 수 없다. 방법론상으로 자연과학의 연구대상에서 제외하는 것이 당연하다. 반대로 종교와 신앙에 근거하여 과학의 영역을 판단하는 우를 범해서도 안 된다.
데카르트와 토마스 아퀴나스도 신앙과 이성을 분리시켜야 한다는 입장이었다. 쉽게 말해 알아야 할 것이 무엇이고 믿어야 할 것이 무엇인지 구분하여야 한다는 것이다. 지식의 영역과 믿음의 영역은 다르다. 특히 기독교인들은 알아야 할 지식의 영역과 신앙의 영역을 구분하지 못하는 우를 범한다. 지구가 태양을 도는지 아니면 태양이 지구를 도는지는 지식의 영역이다. 기독교 신앙은 자연과학 같은 학문의 독립과 ‘자율’을 반대할 까닭이 없다. 오히려 적극적으로 수용하고 받아들여야 한다. 기독교인들은 세속적이고 ‘비종교적’으로 되어버린 세상에서도 믿음을 가지고 신앙인으로서 살아갈 수 있다.