한총련의 5·18 기념식장 기습시위는 한총련 합법화에 찬물을 끼얹었다. 그러나 노무현 정부는 한총련 수배해제에 대한 검토를 이어나갔다. 대한민국 최초의 여성, 비(非)검찰 출신 법무부장관 강금실은 이에 대한 포석으로 공안수사 경험이 전무한 이기배 법무연수원 기획부장을 대검찰청 공안부장으로 임명했다. 대검 공안부장은 전국 일선의 공안검사들을 총지휘하는 검찰 권력의 핵심으로 대한민국 체제수호의 야전사령관으로 불린다. 특히 1997년 대검 공안부장을 역임한 주선회는 5기 한총련 간부 전원에게 국가보안법상 이적단체 구성죄를 적용하여 한총련 조직 와해의 1등 공신이 되었다.
2003년 7월 25일, 대검찰청이 5~10기 한총련 수배자에 대한 전면적인 수배 해제를 발표했다. 지명수배 혹은 내사 중이던 한총련 관련자 152명 중 79명의 수배가 해제되었다. 검찰은 한총련 대의원을 대상으로 한 일괄 수배 방침도 폐기했다. 이로써 한총련과 국가권력의 전면적인 충돌은 사실상 일단락되었다. 그러나 한총련은 이미 학내에서도 고립무원의 처지에 놓여있었다. 2003년 11월, '반미구국의 철옹성'으로 불리던 전남대학교의 한총련 세력이 '反운동권'을 선본명으로 내걸고 출마한 반권 후보에게 간단히 패배한 것 역시 이에 대한 방증이 아닐 수 없다.
2004년, 전국 주요 대학 학생회의 77%가 '비(非)운동권'으로 채워졌다. 이들은 앞다투어 한총련 탈퇴를 선언했다. 2005년 이후 한총련에는 전남대 총학을 제외하고는 이렇다 할 세력이 남아있지 않았다.
2004년 11월에 치러진 2005년도 전남대 총학생회 선거에서는 또다시 NL 세력의 박한균 후보가 총학생회장으로 당선되었다. 애초에 이들 이외의 후보가 선거에 출마하는 경우 자체가 드물었기 때문에 다른 후보가 선거에서 승리하더라도 2년을 유지하기가 어려웠다. 그러나 1997년 이후의 전남대 총학생회장은 명예도 긍지도 아니었다. 특정 이념에 경도되어 어리석은 행동만을 일삼는 이들이 기존에 형성된 '돈'과 '세력'을 바탕으로 바통 터치를 하는 것에 지나지 않았다. 1997년부터 2017년까지의 전남대 총학생회장은 모두 20명이다. 그러나 이 중 '경선'을 통해 총학생회장으로 당선된 이는 6명에 불과하다. 나머지 14명은 단독 입후보한 후 찬반투표를 통해 당선되었다. 당연한 이야기지만, 찬반투표는 지는 것이 더 어렵다. 그러나 6번에 불과했던 '경선'을 분석해보면 이야기가 달라진다. NL 세력은 6번의 경선 중 과반수에 해당하는 4차례의 선거에서 패배했다. 1998년, 1999년, 2004년, 2011년에 총학생회장을 맡은 4명은 모두 기성의 적폐 세력을 비판했고, 돈과 세력에 있어서 크게 밀렸지만 학생들의 높은 지지를 받고 당선되었다.
결론적으로 전남대학교의 NL 세력이 학생들의 높은 지지를 받았다는 생각은 착각에 불과하다. 이들은 학생들의 지지가 아닌, '돈'과 '노동력'을 비롯한 강력한 사회적 기반을 바탕으로 학생회를 독점해왔다.
오랫동안 전남대 총학생회를 주도해온 세력은 한국 사회를 미제국주의에 종속된 식민지로 바라보았다. 이들은 한국 사회의 성격을 식민지 반(半) 자본주의 사회로 규정했던 NL 세력이다. 1980년대 후반 이후 북한의 주체사상을 수용한 이들이 NL 세력의 주류를 이루었다. 이들은 '주체사상'을 새로운 세상의 설계도로 수용했지만, 이는 명백한 오류였다. NL 세력은 혁명의 방법으로 민족해방 민중민주주의 혁명론 (NLPDR)을 주장했다. 그러나 이들은 과학적 이론과는 거리가 먼 맹목적이고 교조적인 믿음에만 사로잡힌 채 앞으로 나아가지 못했다. 이들은 특히 반미투쟁에 집중했다. 전남대 총학생회를 오랫동안 주도해온 우리 학생회 역시 학내문제보다는 반미투쟁에 주력했다. 2005년 5월 13일, 전남대 총학생회 주최로 5.13 반미(反美) 공동행동의 날 행사가 진행되었다. 박한균 총학생회장은 "2005년을 주한미군 철수 원년을 맞이하는 해로 만들겠다"고 발표했다. 이 당시에도 학생들의 반응은 싸늘했다. 그해 여름 부총학생회장은 송정리 미사일 기지에서 시위를 주도한 혐의로 연행되기도 했다.
그러나 2005년도 전남대 총학생회는 2004년도 총학생회장 선거의 뼈 아픈 패배를 교훈 삼아 등록금 문제를 비롯한 학내활동을 병행했다. 등록금 문제는 학생들의 높은 공감을 받을 수 있는 의제였다. 이들은 2004년에 비해 등록금이 8.4% 인상되자 이에 대한 반대를 표방하고 '민주납부 운동'을 전개했다. 이들이 주장한 '민주납부'는 본부에 등록금을 내지 않고, 총학생회에서 개설한 계좌에 전년도 등록금을 납부하여 학생들의 의지를 보여주는 활동이다. 2005년 3월, 총학생회가 3,000여 명의 미등록 학생에게 민주납부 운동을 고지했다. 이 중 백여 명이 운동에 참여하여 등록금을 일시적으로 납부하지 않았다. 144명은 납부기한인 4월을 넘겨 6월까지도 등록금을 납부하지 않고 본부 측과의 대립을 지속했다.
본부 측은 6월 14일을 최종시한으로 제시했다. 이에 135명이 등록금을 본부에 일괄로 납부했으며 대표단 9명만 납부 거부를 지속했다. 학생처장은 "납부 기간이 끝났음에도 학생들의 제적을 바라지 않았기에 기간을 연장해주었지만 기말고사 기간까지 등록금이 납부되지 않았다"며 이들 9명을 미등록 처리했다. 총학생회는 즉각 총장실을 점거했다. 결국 학생처는 공식적인 사과를 표명했다. 미등록 처리된 이들은 행정절차가 있기 때문에 재입학 절차를 밟기로 했다. 해당 활동은 상당한 정치적 성과를 이루어냈다. 물론 이미 확정된 등록금 상승을 막지는 못했지만 등록금 문제를 환기시켜 학생들의 호응을 받았다. 2005년 11월, 2006년도 총학생회장을 선출하는 선거가 열렸다. 선거는 경선으로 진행되었고 3팀이 선거에 나섰다. NL 세력은 장송회, 류선민을 각각 총학생회장과 부총학생회장 후보로 내세웠다. 안청섭, 이선영 후보가 '반올림' 선본으로 이에 대항했지만 선거 결과 장송회, 류선민의 우리 학생회가 또다시 당선되었다. 이 선거 과정에서 훗날 전남대 총학생회에 파란을 불러일으키는 박은철 후보가 출마를 준비하기도 했으나 완주하지는 못했다.
2005년 4월 30일, 21세기 한국대학생연합(한대련)이 출범했다. 한대련은 학생운동이 학생들의 외면을 받는 현 상황을 진단하고 등록금 등 대학생들의 생활 문제에 대한 적극적인 개입을 표방했다. 2005년 11월, 각각 전남대 총학생회장 및 부총학생회장으로 선출된 장송회, 류선민은 2006년도부터 연이어 한총련 의장으로 선출된다. 그러나 이 시점의 한총련은 과거의 거대한 조직이 아닌, 이미 그 시효를 다한 폐허에 불과했다. 결국 한국의 학생운동은 빠르게 21세기 한국대학생연합을 중심으로 재편된다.