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창업자 대상 각종 세액감면 제도 (조특법 관련)

스타트업 세무산책_05

▣ 에피소드


"대표님, 이번에 법인세 470만 원 납부하셔야 합니다."

IT 기반 콘텐츠 서비스를 운영하는 H대표. 창업 2년 차, 밤낮없이 고생한 끝에 처음으로 수억 원의 매출과 약간의 순이익이 발생했다. 그는 당연히 내야 할 세금이라 생각하고 고지서를 받아들었다. 그런데 얼마 후, 지인인 다른 스타트업 대표와의 대화에서 귀가 번쩍 뜨이는 소리를 들었다.

"어? 대표님, 창업중소기업 세액감면 신청 안 하셨어요? 저희는 이번에 법인세 100% 감면받았는데…"


뒤늦게 공인회계사를 찾아가 확인한 결과, H대표의 회사는 창업 당시부터 감면 요건을 모두 갖추고 있었다. 만 34세 이하의 청년 창업, 수도권 과밀억제권역 밖 창업, 감면 대상 업종. 모든 조건이 완벽했다. 만약 법인세 신고 시 신청서 한 장만 더 냈더라면, 470만 원의 세금은 전액 감면될 수 있었다.

그는 땅을 치며 말했다.

“세금은 그냥 내라고 하니까 내는 건 줄 알았지, 이렇게 깎아주는 제도가 있는 줄은 꿈에도 몰랐습니다…”


▣ 해설: '조세특례제한법'이 허락한 창업자의 세금 감면 권리


대한민국 세법, 특히 조세특례제한법(조특법)에는 기술과 아이디어로 무장한 창업기업을 위한 파격적인 세금 감면 제도가 존재한다. 이는 국가가 창업자의 초기 부담을 덜어주기 위해 마련한 '특별한 권리'다. 이 중 아래 3가지는 창업자의 권리이자, 반드시 챙겨야 할 필수 절세 전략이다.


그중 가장 대표적인 것이 바로 조특법 제6조의 '창업중소기업 등에 대한 세액감면'이다.


□ 패키지 1. 창업중소기업 세액감면 제도 완벽 해부 (조특법 제6조)

법인세 또는 소득세를 최대 100%까지 5년간 감면해주는, 스타트업에게 가장 강력한 혜택이다.

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*수도권 과밀억제권역: 서울특별시 전체 및 인천·경기 일부 지역. 수도권정비계획법 시행령 [별표 1]에서 확인 가능.


[심화] 감면을 받기 위한 3대 핵심 조건

'진짜' 창업일 것: 폐업 후 같은 업종으로 다시 사업을 시작하는 재창업은 원칙적으로 감면 대상에서 제외된다.

업종이 맞을 것: 제조업, 정보통신업(소프트웨어 개발 등), 전문·과학 및 기술 서비스업 등 법에서 정한 49개 업종에 해당해야 한다. (부동산 임대업, 유흥주점업 등 제외)

'스스로' 신청할 것: 세무서에서는 감면 대상인지 먼저 알려주지 않는다. 법인세/소득세 신고 시 반드시 신청서를 제출해야 한다.


□ 패키지 2. 통합고용세액공제 (조특법 제29조의8) - ‘사람이 재산’

직원 1명을 더 채용할 때마다 세금을 직접 깎아주는 제도로, 인재 확보가 중요한 스타트업에게 매우 유용하다.

공제금액 (1인당, 1년간):

- 청년, 장애인, 60세 이상 등: 수도권 내 1,300만원 / 수도권 외 1,450만원

- 기본 (그 외 상시근로자): 수도권 내 700만원 / 수도권 외 850만원

핵심 요건:

- 전년 대비 상시근로자 수가 증가해야 한다.

- 공제받은 후 1년간 고용 인원을 유지해야 한다. (유지 못하면 공제세액 추징)


□ 패키지 3. 연구·인력개발비(R&D) 세액공제 (조특법 제10조) - ‘기술이 무기’

기술 기반 스타트업의 심장과도 같은 제도입니다. R&D에 지출한 비용의 일부를 법인세에서 직접 공제해 준다.

공제율 (중소기업 기준): R&D 비용의 25% (기본) + α (신성장·원천기술 관련 시 추가 공제)

공제 대상 비용: 개발 인력의 인건비, 연구용 재료비, 장비 임차료, 기술 도입비, 위탁 개발비 등

핵심 요건:

- 세법상 인정되는 R&D 활동이어야 한다.

- '기업부설연구소' 또는 '연구개발전담부서' 인정을 받으면 세무조사 위험 감소 등 혜택이 크다.

- 연구노트, 개발계획서 등 R&D 활동을 입증할 증빙을 철저히 관리해야 한다.

[주의] 조특법의 대원칙은 '중복지원 배제'다. 예를 들어, 창업중소기업 감면(패키지1)과 R&D 세액공제(패키지3)를 동시에 적용받을 수는 없다. 따라서 우리 회사에 어떤 혜택이 더 큰지(감면액 vs 공제액)를 반드시 시뮬레이션해보고 유리한 쪽을 '선택'하여 신청해야 한다. (단, 고용세액공제는 중복 적용이 가능한 경우가 많아 별도 검토 필요)


▣ 실무 TIP: 놓친 감면도 다시 보자! 전문가의 절세 전략

놓쳤다고 포기하지 말자, '경정청구'가 있다!

만약 H대표처럼 감면 요건을 갖췄음에도 신청을 누락했다면, 5년 안에 '경정청구'라는 제도를 통해 감면을 소급 적용받고 이미 낸 세금을 환급받을 수 있다. '한 번 놓치면 끝'이 아니니, 지금이라도 과거 신고 내역을 꼭 확인해볼 것.

이익이 나는 첫해부터 감면을 시작하라! (감면 개시연도 선택)

창업 후 몇 년간은 이익이 없어 낼 세금이 없는 경우가 많다. 이때는 감면을 신청하지 않고 아껴둘 수 있다. 5년의 감면 기간은 '소득이 최초로 발생한 과세연도'부터 5년간 적용받을 수 있으므로, 낼 세금이 생긴 첫해부터 감면을 신청하는 것이 가장 유리하다.

사업자등록 전 '사전조회'는 필수!

사업장 주소가 수도권 과밀억제권역인지, 내 사업의 업종코드가 감면 대상인지 헷갈린다면, 국세청 홈택스에서 제공하는 '창업중소기업 세액감면 사전조회' 서비스를 이용해 미리 확인할 수 있다.


▣ 마무리 한 줄 요약

세법이 주는 창업자의 가장 큰 선물은 '세금 감면'이다. 아는 만큼 받고, 신청하는 만큼 아낄 수 있다.

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