과거로 시간여행을 하여 악당 외계인과 싸우는 MIB 요원
<맨 인 블랙 3>은 2편이 나온 지 10년 후인 2012년에 제작되었다. 이 영화는 맨 인 블랙에 등장하는 주인공들의 이력을 보여주고 있어, 제목을 <라이징 오브 맨 인 블랙>(The Rising of MIB)라 붙여도 좋을 것 같다.
여러 사건을 해결한 케이와 제이는 평화스러운 나날을 보내고 있다. 그런데 어느 날 제이가 MIB 본부에 출근을 하였는데, 단짝인 케이가 보이지 않는다. 처음에는 그러려니 해서 지났는데, 도통 보이지 않자 주위 동료들에게 케이가 어디로 갔는지 물어본다. 그러자 주위 사람들은 모두 그런 사람을 모른다고 한다. 제이는 참 기가 찰 노릇이다. 지금까지 자신과 활약해 왔던 케이를 MIB 직원들이 아무도 모른다고 하다니.... 그래서 고참으로서 MIB 대표인 요원 오(O)에게 케이의 행방을 물어본다. 그러자 오는 케이가 벌써 오래전에 죽었지 않느냐고 반문한다.
<맨 인 블랙> 1편에서 제이와 케이에게 체포되어 달에 있는 감옥에 갇혀 있던 보리스가 탈출하였다. 보리스는 이제 지구를 정복하려 하고 있다. 보리스에게는 자신을 체포한 케이가 가장 걸림돌이다. 그래서 보리스는 과거로 돌아가서 케이를 죽여버린 것이었다. 과거 케이가 보리스를 제압하고는 그를 죽이지 않고 체포하였는데, 그 덕에 살아남은 보리스가 다시 과거로 돌아가 케이를 죽인 것이다.
지구를 위기에서 구하기 위해서는 보리스를 제거하지 않으면 안 된다. 그리고 케이도 살려내야 한다. 그러기 위해서는 과거로 돌아가서 보리스를 체포하지 않고 죽여버리면 지구의 위기와 케이의 죽음 두 가지를 모두 해결할 수 있다. 이 임무를 위해 제이는 타임머신을 이용하여 1969년으로 되돌아간다.
1969년에 도착한 제이는 케이를 만나러 MIB를 찾아간다. 그곳에서 제이는 나중에 MIB 국장이 된 요원 오를 만나기도 한다. 제이는 케이를 만나 자초지종을 이야기하지만 케이는 무슨 엉뚱한 소리냐고 미래에서 왔다는 제이의 말을 믿지 않는다. 그렇지만 제이는 여러 가지 증거를 내세워 겨우 케이를 설득한다. 그리고 케이와 오가 마음속으로 서로를 좋아하고 있다는 사실도 알게 된다.
제이는 미래 예지능력을 가진 그리핀이라는 외계인을 알게 된다. 그리핀은 보리스가 아크 넷을 이용하여 지구를 점령하려 하고 있다고 하면서, 자신이 가진 아크 넷을 제이에게 주며 이것을 우주로 날려 보내라고 조언한다. 곧 달 탐험선 아폴로 11호 발사 계획이 잡혀있다. 제이와 케이는 아크 넷을 우주선에 부착하여 우주로 날려 보내려 한다. 아폴로 11호 발사를 6시간 앞두고 제이와 케이는 로켓 발사기지에 잠입한다. 그런데 경비병들이 와서 이들을 체포하려 하는데, 그리핀이 미래 예지 능력을 이용하여 경비대장인 흑인 대령에게 자신들이 찾아온 이유를 설명한다. 이 말을 믿은 경비대장은 제이와 케이를 발사기지 안으로 들여보내 준다.
제이는 아크 넷을 무사히 우주선에 부착하였다. 이때 보리스가 이를 탈취하기 위해 나타난다. 여기 나타난 보리스는 2명이다. 하나는 과거 케이와 싸운 보리스이고, 다른 하나는 제이가 활약하던 시절에 탈옥하였던 보리스로서, 그도 타임머신을 타고 과거로 돌아온 것이다. 이제 브리스를 상대로 제이와 케이는 한판 대결을 벌인다. 제이는 자신의 세계에서 되돌아온 보리스와 케이는 과거의 보리스와 대결을 한다.
그런데 제이에게는 털어놓을 수 없는 고민이 있다. 그리핀으로부터 이번 싸움에서 케이가 죽게 된다는 것이다. 케이를 복귀시킨 제이로서는 셀레나를 물리치는 것도 중요하지만 케이를 죽게 할 수는 없다. 그리핀의 예언에 따르면 케이는 외계인 악당 브리스를 죽이지 않고 체포하려다 오히려 브리스의 손에 죽게 된다고 한다. 그래서 만약 제이와 케이가 브리스를 죽인다면, 케이가 죽지 않을 수 있다.
케이와 브리스의 마지막 대결은 까마득한 공중의 철탑 위에서 벌어지게 된다. 브리스와의 싸움에서 고전하면서 제이는 케이에게 브리스를 죽이지 않으면 케이가 죽게 된다는 외계인의 예언을 알려준다. 제이와 케이는 몇 번의 죽을 고비를 넘기지만 결국은 브리스를 죽인다. 이로서 죽을 것으로 예정되어 있는 케이는 죽음에서 벗어난다. 그러나 이때 브리스가 죽기 전 그의 손에서 총알이 발사되며, 그 유탄은 제이와 케이를 들여보내준 장교의 가슴에 맞아 그 장교는 죽고 만다. 케이를 살린 대신 미군 장교가 죽은 것이다. 그리고 그 죽은 장교가 바로 제이의 아버지였다는 사실을 은연중 암시한다.
이로서 <맨 인 블랙 3>에서는 제이의 가족사와 그의 아버지의 사망, 케이와 오의 이루어지지 못한 사랑, 그리고 나중에 MIB의 국장이 된 요원 오의 과거에 대한 수수께끼가 모두 풀린다.