교회 내의 창조론도 이견이 많다.

신이 언제 어떻게 창조했는지 아무도 본적이 없다. 단지 인간의 상상과 논리에 근거하여 무로부터의 창조라는 믿음을 만들었다. 사람마다 생각이 같을 수 없으니 논쟁이 일어났고 의견이 일치하지도 않았다. 신학자들끼리도 의견을 달리했다.

중세의 대표적인 신학자인 토마스 아퀴나스(Thomas Aquinas, 1224~1274)는 창조는 입증될 수 없다고 하였다. 당연한 말이다. 어떻게 그것을 입증하거나 반증할 수 있단 말인가. ‘세계는 영원하다.’는 것도 ‘세계는 창조되었다.’는 것은 입증할 수 없다. 붓다도 우주의 창조에 대하여 알 수도 없으며 그것에 대하여 논쟁해봤자 결론이 나지 않는다고 주장했다. 한편 아우구스티누스(Augustinus , 354~430)를 따랐던 사람들은 세계의 창조 전에는 아무 것도 없었다고 주장했다. 토마스 아퀴나스가 보기에는 어처구니없는 주장이다. 아무도 신이 창조하는 것을 본적이 없다. 창조는 ‘믿음’이며 그것을 사람의 머리로 증명할 경우에는 ‘웃음거리’가 될 뿐이다. 신앙은 입증의 대상이 아니라 믿음의 대상이다. 창조과학 같은 기독교의 논증은 웃음거리가 되고 있다. 자연과 우주에 대한 연구는 과학자의 일이다.    

교회는 지동설을 5백년 이상 거부하였다. 지금은 지동설에 대하여 논란을 벌이는 일은 거의 없다. 우리나라의 보수적이고 근본주의적인 개신교는 진화론을 거부한다. 1859년에 다윈이 진화론을 책으로 냈으니 5백 년 뒤인 2359년이 되어서나 진화론을 수용할 것 같다. 역사적으로 교회는 과학에 시비를 걸어 단 한 번도 이긴 적이 없다. 그럼에도 여전히 과학에 사사건건 시비를 건다. 가톨릭은 2000년대에 들어와 진화론을 적극적으로 수용하였다. 교황 비오 12세는 1950년에 진화론을 유용한 과학적 접근이라고 언급하였다. 교황 요한 바오로 2세도 진화론을 ‘가설 이상의 것’으로 평가하였다. 2009년 로마 가톨릭은 다윈의 진화론이 그리스도교 신앙과 양립할 수 있고 진화론과 창조론은 상호 보완적인 것이라고 언급하였다. 교황청은 다윈 탄생 150주년 기념 학술회의를 개최하기로 하면서 ‘지적 설계론’이 ‘빈약한 신학’이자 ‘빈약한 과학’임을 비판하기 위해 마련했다고 말했다. 그럼에도 불구하고 보수적 그리고 근본주의적인 개신교를 중심으로 한 창조론 논쟁은 여전하다. 2017년 박성진 중소벤처기업부 장관후보자는 인사청문회에서 지구의 나이는  6000년이라고 신앙적으로 믿고 있다고 말한 것이다. 세상은 교회에 반 지성주의라는 딱지를 붙였다. 2021년 조사에 의하면 개신교에 대한 신뢰도는 10%도 되지 않는다.