입주권(승계조합원) 보유 및 거주기간 이렇게 계산합니다

May 12. 2025

입주권이나 분양권과 관련된 양도세 계산은 주택 양도세보다 더 복잡하고 헷갈리는 경우가 많다.

며칠 전 고객 분과 진행한 상담에서는 입주권을 매매로 취득하여 승계조합원이 된 후, 해당 입주권이 주택으로 변환된 이후에 매각 시 1세대 1주택 비과세 판단 및 양도세 계산 사례가 주된 상담 내용이었다.

양천구 세무사 김철종 세무사

우선 입주권은 원조합원과 승계조합원으로 나눠볼 수 있다. 원조합원은 과거 구축 아파트를 보유하다가 재건축이 진행됨에 따라 입주권으로 변환된 분들을 의미하고, 승계조합원은 주택에서 입주권으로 변환되는 기준일인 관리처분계획인가일 이후 입주권을 취득하는 분들을 의미한다. 원조합원과 승계조합원으로 나누는 이유는 세법 적용에 있어 비과세 판단, 보유기간 등 많은 부분에서 차이가 있기 때문이다.

승계조합원의 보유기간 산정

상담 사례와 같이 관리처분계획인가일 이후 입주권을 취득한 승계조합원이 해당 입주권이 신축 주택으로 변환된 이후 해당 주택 매각 시 보유기간은 신축 주택의 사용승인일(정확하게는 사용승인일, 임시사용승인일, 사실상 사용일 중 빠른 날)부터 양도일까지의 기간으로 계산한다.

승계조합원의 1세대 1주택 비과세 판정

1세대 1주택 비과세는 양도일 기준 거주자가 1세대 1주택을 2년 이상 보유 또는 거주하고 매각해야 적용이 가능하다.

입주권을 취득하였다가 신축 주택으로 변환된 이후 해당 주택 매각 시 비과세 판단은 보유기간 및 거주기간 산정이 포인트다.

보유기간은 앞서 살펴본 것과 같이 신축 주택의 사용승인일, 임시사용승인일, 사실상 사용일 중 빠른 날부터 기산한다.

이와 함께, 주택 취득 시점에 소재 지역이 조정대상지역이라면 2년 이상 거주해야만 1세대 1주택 비과세 요건을 갖추게 되는데, 만약 입주권 취득 시점에는 조정대상지역이 아니었으나 주택으로 변환되는 시점에 조정대상지역으로 지정된 상태라면 어떻게 될까? 2년 이상 거주해야만 비과세 적용이 가능할까?

관련 예규 (기획재정부재산-1422, 2022.11.14) 등 유권해석에 따르면 조정대상지역 공고일 이전 무주택 세대가 조합원입주권을 매매계약으로 취득한 경우에는 1세대 1주택 비과세 판정 시 거주요건이 적용되지 않는다.

양천구 세무사 김철종 세무사

장기보유특별공제

장기보유특별공제 역시 신축 주택의 사용승인일부터 양도일까지의 보유기간을 기준으로 공제율을 산정한다.

세율

주택의 경우 보유기간에 따라 세율이 달리 적용된다. 입주권 취득하여 신축주택으로 변환된 이후 매각한다면, 사용승인일부터 보유기간을 기산한다.

보유기간 1년 미만인 상태에서 매각 시 77%, 1년 이상 2년 미만인 경우 66%, 2년 이상인 경우 기본세율이 적용된다.

입주권 관련해서는 세법상 이슈가 발생할 수 있는 케이스가 매우 다양하다. 구축 주택을 보유하다가 입주권으로 변환된 상태에서 매각하는 경우도 있고, 입주권을 취득했다가 입주권 상태로 매각할 수도 있고, 입주권을 취득했다가 신축 주택으로 매각할 수도 있고, 구축 주택을 보유하다가 재건축 기간이 끝난 후 신축 주택을 받은 이후 매각할 수도 있다.