법인보유 주택을 특수 관계자에게 무상 또는 저렴하게 제공한 경우 부당행위가 적용된다. 다만, 주주가 아닌 임원, 소액주주 임원 및 직원에게 사택을 제공하는 경우는 그렇지 않다(법인세법시행령 제88조 제1항 제6호 나목). 또한 법인의 업무를 수행하기 위하여 초청된 외국인에게 사택 등을 무상으로 제공한 경우에는 적용하지 않는다(법인세법기본통칙 52-88…3 제1호). 소액주주란 발행주식 총수의 1% 미만 주식을 소유한 주주로 지배주주의 특수 관계인이 아니 자를 말한다(법인세법시행령 제50조 제2항).
사택에는 임차사택을 포함한다. 임차사택이란 법인이 직접 임차하여 임직원에게 무상으로 제공하는 주택으로서 임차기간 동안 직원 등이 거주하고 있는 주택을 말한다. 그러나 입주한 임직원이 전근ㆍ퇴직 또는 이사한 후에 해당 법인의 임직원 중에서 입주 희망자가 없는 경우와 해당 임차사택의 계약 잔여기간이 1년 이하인 경우로서 주택임대인이 주택 임대차계약의 갱신을 거부하는 경우에는 거주하지 않을 수 있다(법인세법시행령 제50조 제2항, 법인세법시행규칙 제42조의 3).
법인의 주주(소액주주 제외)인 임원 또는 그 친족이 사용하고 있는 사택의 유지비와 관리비, 사용료와 이와 관련되는 지출금은 업무와 관련 없는 비용으로 보아 손금으로 인정되지 않는다(법인세법시행령 제50조 제1항 제2호).
법인보유 주택을 주주임원이나 그 특수 관계인이 사용하는 경우 국세청에서 ‘주의’ 안내가 온다. 부당행위 부인이 적용되고 업무와 관련이 없는 경우 비용이 부인될 수 있으니 유의하여야 한다.