[판결] 전산시스템 개발비 세액공제 불가
대법원, 금융사의 전산시스템 개발비 연구개발비 세액공제 불인정 판결
2024년 12월 24일 대법원은 금융지주회사가 차세대 전산시스템 개발을 위해 지급한 비용이 연구개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는다고 판결했다(2021두55203). 이번 판결은 연구개발비 세액공제 적용 요건과 과학기술활동의 정의를 명확히 하여 기업의 연구개발비 세액공제 청구에 대한 기준을 제시한 중요한 판례로 평가된다.
사건 개요
금융지주회사인 甲 주식회사는 금융보험업을 영위하는 乙 주식회사 등을 연결자법인으로 하여 연결납세방식을 적용해 법인세를 신고해왔다. 이후 관할 세무서장에게 乙 회사가 차세대 전산시스템 개발을 수탁업체에 위탁하면서 지급한 운영 소프트웨어 개발비 및 인건비가 연구·인력개발비 세액공제 대상에 해당한다고 주장하며 법인세 일부 환급을 요청하는 경정청구를 하였으나, 세무서장은 이를 거부했다.
법원의 판단
대법원은 연구개발비 세액공제 대상이 되기 위해서는 해당 개발 활동이 조세특례제한법에서 규정한 ‘과학기술활동’에 해당해야 하며, 단순한 업무 효율성 개선이나 기존 기술 활용은 세액공제 대상이 될 수 없다고 판시했다. 주요 판단 근거는 다음과 같다.
과학기술활동의 정의 연구개발비 세액공제 대상이 되려면 ‘과학기술 분야의 지식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위한 창조적 활동’이어야 한다. 조세특례제한법 제9조 제5항에서 정한 ‘과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동’이란, 과학기술 분야에서 체계적인 연구개발을 통해 불확실성을 해소하고 새로운 기술을 개발하는 과정까지 포함해야 한다. 단순한 정보기술(IT) 적용이나 기존 시스템의 효율화 작업은 연구개발 활동으로 볼 수 없다.
전산시스템 개발과 연구개발비 세액공제의 관계 금융회사의 차세대 전산시스템 개발은 기존 업무를 보다 효율적으로 운영하고 고객 서비스를 개선하는 것이 주요 목적이다. 해당 시스템은 이미 존재하는 정보기술을 활용한 것이며, 새로운 과학기술적 진전을 이루려는 연구개발 활동으로 보기 어렵다. 따라서, 전산시스템 개발은 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하는 연구개발활동에 해당하지 않으며, 이에 따라 연구개발비 세액공제를 적용받을 수 없다.
조세특례제한법의 취지 연구개발비 세액공제는 기업이 과학기술 연구개발을 통해 새로운 기술을 창출하는 데 따르는 위험을 완화하기 위한 세제 지원책이다. 따라서 연구개발비 세액공제의 적용을 받기 위해서는 연구개발 활동 자체가 실질적인 과학기술 발전에 기여해야 한다. 기업이 업무 효율성 향상을 위해 IT 시스템을 개발하는 것은 연구개발비 세액공제 취지에 부합하지 않는다.
결론 및 의미
대법원의 이번 판결은 연구개발비 세액공제의 적용 범위를 엄격하게 해석함으로써, 기업이 단순한 시스템 개발이나 운영 개선을 연구개발로 간주하여 세액공제를 받는 것을 제한했다. 이는 향후 기업들이 연구개발비 세액공제를 청구할 때 과학기술적 불확실성을 해소하는 창조적인 연구개발활동임을 입증해야 한다는 점을 강조하는 중요한 판례로 작용할 전망이다.
