안정적으로 연구에 매진할 여건이 마련된 소수와는 달리 대부분의 박사 연구자가 기약 없는 취업 준비생으로 전락한 상황이지만, 자연과학 대학원생들은 대학원에서 학게 이외의 다른 진로에 대해 충분히 교육받지 못하면서,[29] 박사 인력이 학계로 쏠리는 현상을 부추기는 것이다. 한겨레신문과 생물학연구정보센터(BRIC)이 2013년 주최한 생물학관련 분야 대학원생 처우 설문조사에 따르면, 응답자들은 본인의 장래 진로(취업, 진학 등)에 대하여 매우 혹은 일부 불안감을 느끼고 있으나(94%, 459명), 취업 지원 프로그램에 참가하지 못했고(95%, 459명), 참여하였더라도 별로 혹은 전혀 도움이 되지 않았다(84%, 22명)고 응답했다.[30]

연구가 하고싶다-> 박사를 받는다-> 경쟁이 치열하므로 어디선가 2년짜리 포닥을 한다-> 반복한다-> 언젠가 일자리를 얻는다.

반면에 바이오 벤처 기업 관계자들은 한 목소리로 생명과학 연구 인력의 공급 부족을 호소하고 있다.[31] 스타트업과 구직자 사이의 인식 불일치가 심각하게 나타나고 있는 것이다. 또한 바이오 의학-의료기기 등 최근 새롭게 떠오른 생명공학 산업 분야의 인력 수급난이 심각한 반면,[32] 국내 생명과학 연구는 전반적으로 기초학문을 다루는 연구실이 50% 이상으로 나타나 대학원 교육이 산업적 수요에 맞지 않는 인력을 양성하고 있는 상황이다.[33] 이는 고용불안정과 산업 경쟁력 약화를 야기하며, 정부지원과 생명과학 전공 인력, 인재추천-연구 권한이 소수에게 집중되어 대학원의 양분화된 구조로 인한 문제가 계속 악화되는 결과를 낳고 있다.

그 수가 급격히 증가한 대학원생들에게 지급되는 인건비를 지도교수가 도맡아 관리하는 구조로 인해 발생하는 불안정한 연구 환경 문제도 꾸준히 제기되고 있다.

이공계 대학원에서는 연구용역에 따른 인건비 지급을 지도교수가 관리하며, 이 제도를 인건비 풀링(pooling)제도라고 부른다.[25] 프로젝트를 실행중인 실험실에 속한 대학원생은 연구비의 일정 금액을 인건비로 수령한다. 구체적인 금액은 실험실에서 진행하는 프로젝트에 대한 개개인의 참여 정도에 의거해 책정된다. 프로젝트는 정부 주도의 국가정책 관련 또는 기업과의 협력으로 이뤄지는 연구과제 등을 말하며, 프로젝트를 진행함으로써 지원되는 연구비로 실험실 살림을 꾸려나가는 것이 일반적이다. 그런데 인건비 관리를 교수가 맡고, 그를 감독할 수 있는 주체도 없어 교수가 무소불위의 권력을 휘두를 수 있는 수단이 되어 왔다. 학생이라는 이유로, 임금과 근로조건을 담은 근로계약서를 작성하지 않고 4대 보험도 제공받지 못하는 등, 교수-학생 간 갈등의 원인이 되고 있다.[26]

또한, 교수와 학생으로 양분된 대학원 구조가 고착화되면서 대학원생 인권 침해 사건이 발생했을 때에도 쉽게 고발하지 못하는 원인이 되고 있다.[27] 이러한 경우 교수에게서 자유롭지 못한 대학원생들이 인권침해 공론화를 꺼려 피해 학생을 비난한 사례도 있었다.[28]